První oficiální let Bolívie byl krátký. Podle španělské Wikipedie, která čerpá z historického shrnutí letectva od Ministerstva obrany, americký kapitán Donald Hudson pilotoval 17. dubna 1920 trojplošník Curtiss 18 po dobu deseti minut poblíž dnešního El Alto. Vláda již v roce 1916 vyslala důstojníky do Argentiny a Chile, aby se učili létat, a v listopadu 1921 se prvním bolivijským pilotem stal Juan Mendoza y Nernuldes.

Dne 12. října 1923 založil prezident Bautista Saavedra v El Alto vojenskou leteckou školu Escuela Militar de Aviación. Letectvo považuje tento den za datum svého založení, přestože se nezávislou službou stalo až 26. září 1957. Jeho prvními školními letadly bylo sedm cvičných letounů Morane-Saulnier MS.35. Článek o letišti na anglické Wikipedii zmiňuje vojenskou leteckou školu již v roce 1916, což se neshoduje s datem 1923; letectvo slaví právě rok založení.

Charakteristickým znakem El Alto je jeho výška. Anglická Wikipedie uvádí nadmořskou výšku 4 061,5 metrů; od svého otevření 18. června 1965 až do roku 1994 bylo nejvýše položeným letištěm na světě a dodnes je označováno za nejvýše položené mezinárodní letiště. Řídký vzduch snižuje výkon motorů a vztlak, a proto je hlavní ranvej 10R/28L dlouhá 4 000 metrů s 2 050 metrů dlouhým travnatým pásem podél, který španělská Wikipedie popisuje jako pomocnou nouzovou ranvej.

Letiště bylo poprvé pojmenováno po Johnu F. Kennedym, ačkoli tento název nebyl nikdy veřejně použit; zákon z roku 1944, vydaný za prezidenta Huga Banzera, z něj udělal Mezinárodní letiště El Alto. Dnes jej provozuje civilní agentura NAABOL, založená v březnu 2022.

Kontrast se zbytkem mapy letectva je do očí bijící. Letiště Jorge Wilstermanna v Cochabambě leží ve výšce 2 548 metrů a El Trompillo v Santa Cruz, kde byly v roce 2016 předány první cvičné letouny Zlín Z 242 L, ve výšce 418 metrů; hlavní letecká výcviková skupina se nachází v nížinách u Villamontes. El Alto je rodištěm letectva, ale většina létání se odehrává hluboko pod ním.

Španělská Wikipedie uvádí tři vojenské okupanty: I. Brigádu Aérea, Grupo Aéreo Presidencial a základnu Aérea Bartolina Sisa. Anglická Wikipedie uvádí El Alto jako sídlo První letecké brigády, jedné ze šesti. Historie dopravy letectva je viditelná v seznamu nehod letiště: TAM DC-3 (TAM-17) poškozený neopravitelně dne 14. července 1970 a TAM C-47 (TAM-22), který havaroval po vzletu s nákladním letem 4. května 1971. Samotné TAM vzniklo z C-47, které dorazily v roce 1945. Od té doby se stalo veřejným podnikem podřízeným ministerstvu obrany a létá s letounem Avro RJ70; španělská Wikipedie datuje jeho restart k 31. květnu 2024.

Základna slouží také jako ceremoniální centrum. Státní tisková agentura ABI informovala, že přehlídka k 201. výročí ozbrojených sil, která se bude konat 7. srpna 2026, se bude konat v letecké brigádě v El Alto a bude otevřena pro veřejnost.

Dne 27. února 2026 sjel letoun C-130H FAB-81, který létal pro nákladní společnost Transportes Aéreos Bolivianos (TAB) leteckého letectva ze Santa Cruz s měnou pro Centrální banku Bolívie, při přistání z ranveje na ulici před letištěm a narazil do několika vozidel. Většina obětí byla na zemi. Počty obětí se liší: Infodefensa 2. března hlásila 22 mrtvých a 37 zraněných; anglická Wikipedie uvádí nejméně 22 mrtvých a 29 zraněných; ABI 16. dubna napsala o více než 10 mrtvých a nejméně 28 zraněných.

Letectvo svolalo vyšetřovací komisi pro nehodu a zajistilo záznamník hlasu z kokpitu. Dne 16. dubna 2026 jeho velitel, generál Sergio Lora, podal státním zástupcům výpověď jako svědek a uvedl, že pojištění bylo aktivováno a že dodržuje zákon o odškodnění. Do 1. října 2026 nebyla zveřejněna žádná příčina.