Bolivya'nın ilk resmi uçuşu kısa bir uçuştu. Savunma Bakanlığı'nın hava kuvvetlerinin tarihsel özetine dayanan İspanyolca Vikipedi'ye göre, Amerikalı kaptan Donald Hudson, 17 Nisan 1920'de günümüz El Alto yakınlarında on dakika boyunca bir Curtiss 18 üç kanatlı uçağı uçurdu. Hükümet, 1916'da Arjantin ve Şili'ye uçmayı öğrenmeleri için subaylar göndermişti ve Kasım 1921'de Juan Mendoza y Nernuldes ilk Bolivyalı pilot oldu.

12 Ekim 1923'te Başkan Bautista Saavedra, El Alto'da Askeri Havacılık Okulu'nu kurdu. Hava kuvvetleri, 26 Eylül 1957'ye kadar bağımsız bir hizmet birimi haline gelmemiş olsa da, bu günü kuruluş tarihi olarak kabul eder. Okulun ilk uçakları yedi adet Morane-Saulnier MS.35 eğitim uçağıydı. İngilizce Vikipedi'deki havaalanı makalesinde 1916 gibi erken bir tarihte askeri havacılık okulundan bahsediliyor, bu da 1923 tarihiyle uyuşmuyor; hava kuvvetlerinin kutladığı kuruluş tarihi 1923'tür.

El Alto'nun en belirleyici özelliği yüksekliğidir. İngilizce Wikipedia'ya göre yüksekliği 4.061,5 metredir; 18 Haziran 1965'teki açılışından 1994 yılına kadar dünyanın en yüksek havalimanıydı ve hala en yüksek uluslararası havalimanı olarak tanımlanmaktadır. İnce hava motor gücünü ve kaldırma kuvvetini azaltır; bu nedenle ana pist olan 10R/28L, 4.000 metre uzunluğundadır ve İspanyolca Wikipedia'nın yardımcı acil durum pisti olarak tanımladığı 2.050 metrelik bir çim şeridi de yanında yer almaktadır.

Havalimanına ilk olarak John F. Kennedy'nin adı verilmişti, ancak bu isim hiçbir zaman kamuoyunda kullanılmadı; Başkan Hugo Banzer döneminde 1999 yılında çıkarılan 1944 sayılı Kanun ile adı Aeropuerto Internacional El Alto olarak değiştirildi. Bugün ise Mart 2022'de kurulan sivil kuruluş NAABOL tarafından işletilmektedir.

Hava kuvvetlerinin haritasının geri kalanıyla tezatlık çok belirgin. Cochabamba'daki Jorge Wilstermann havaalanı 2.548 metrede, ilk Zlín Z 242 L eğitim uçaklarının 2016'da teslim edildiği Santa Cruz'daki El Trompillo ise 418 metrede yer alıyor; ana uçuş eğitim grubu ise alçak rakımlı Villamontes'te bulunuyor. El Alto, hava kuvvetlerinin doğduğu yer olsa da, uçuşlarının çoğu çok daha aşağıda gerçekleştiriliyor.

İspanyolca Vikipedi'de üç askeri birliğin burada bulunduğu belirtiliyor: Birinci Hava Tugayı (I Brigada Aérea), Başkanlık Hava Grupları (Grupo Aéreo Presidencial) ve Bartolina Sisa Hava Üssü (Base Aérea Bartolina Sisa). İngilizce Vikipedi'de ise El Alto, altı hava tugayından biri olan Birinci Hava Tugayı'nın (First Air Brigada) merkezi olarak listeleniyor. Hava kuvvetlerinin ulaşım geçmişi, havaalanının kaza listesinde görülebiliyor: 14 Temmuz 1970'te onarılamayacak şekilde hasar gören bir TAM DC-3 (TAM-17) ve 4 Mayıs 1971'de kargo uçuşu için kalkıştan sonra düşen bir TAM C-47 (TAM-22). TAM'ın kendisi, 1945'te gelen C-47'lerden doğdu. O zamandan beri Savunma Bakanlığı'na bağlı bir kamu kuruluşu haline geldi ve Avro RJ70 uçakları kullanıyor; İspanyolca Vikipedi'ye göre yeniden faaliyete geçiş tarihi 31 Mayıs 2024.

Üs aynı zamanda bir tören merkezi olarak da hizmet veriyor. Devlet haber ajansı ABI, silahlı kuvvetlerin 201. yıldönümü için 7 Ağustos 2026'da El Alto'daki hava tugayında düzenlenecek geçit töreninin halka açık olacağını bildirdi.

27 Şubat 2026'da, Bolivya Merkez Bankası için döviz taşıyan ve hava kuvvetlerinin kargo şirketi Transportes Aéreos Bolivianos (TAB) adına Santa Cruz'dan uçan C-130H FAB-81 tipi uçak, iniş sırasında pistten çıkarak havaalanı dışındaki bir caddeye girdi ve birkaç araca çarptı. Kurbanların çoğu yerdeydi. Sayılar farklılık gösteriyor: Infodefensa 2 Mart'ta 22 ölü ve 37 yaralı bildirdi; İngilizce Wikipedia en az 22 ölü ve 29 yaralı veriyor; ABI ise 16 Nisan'da 10'dan fazla ölü ve en az 28 yaralı olduğunu yazdı.

Hava kuvvetleri bir kaza soruşturma kurulu oluşturdu ve kokpit ses kayıt cihazını kurtardı. 16 Nisan 2026'da komutanı General Sergio Lora, savcılara tanık olarak ifade verdi ve sigortanın devreye sokulduğunu ve tazminatla ilgili yasalara uyduğunu söyledi. 1 Ekim 2026 itibariyle herhangi bir gerekçe açıklanmamıştı.