O primeiro voo oficial da Bolívia foi curto. De acordo com a Wikipédia em espanhol, que se baseia no resumo histórico da força aérea do Ministério da Defesa, o capitão americano Donald Hudson pilotou um triplano Curtiss 18 por dez minutos perto da atual El Alto, em 17 de abril de 1920. O governo já havia enviado oficiais à Argentina e ao Chile para aprender a voar em 1916, e em novembro de 1921 Juan Mendoza y Nernuldes tornou-se o primeiro piloto boliviano.

Em 12 de outubro de 1923, o presidente Bautista Saavedra fundou a Escola Militar de Aviação em El Alto. A Força Aérea considera essa data como a de sua fundação, embora só tenha se tornado um ramo independente das Forças Armadas em 26 de setembro de 1957. Suas primeiras aeronaves-escola foram sete aviões de treinamento Morane-Saulnier MS.35. O artigo da Wikipédia em inglês sobre aeroportos menciona uma escola de aviação militar já em 1916, o que não coincide com a data de 1923; a fundação em 1923 é a que a Força Aérea celebra.

O que define El Alto é a sua altitude. A Wikipédia em inglês indica uma altitude de 4.061,5 metros; desde a sua inauguração em 18 de junho de 1965 até 1994, foi o aeroporto mais alto do mundo, e ainda hoje é considerado o aeroporto internacional mais alto. O ar rarefeito reduz a potência dos motores e a sustentação, razão pela qual a pista principal, 10R/28L, tem 4.000 metros de comprimento, com uma faixa de grama de 2.050 metros ao lado, que a Wikipédia em espanhol descreve como pista auxiliar de emergência.

Inicialmente, o aeroporto recebeu o nome de John F. Kennedy, embora o nome nunca tenha sido usado publicamente; a Lei 1944 de 1999, sob a presidência de Hugo Banzer, o renomeou para Aeroporto Internacional El Alto. Atualmente, é administrado pela agência civil NAABOL, criada em março de 2022.

O contraste com o restante do mapa da força aérea é gritante. O aeroporto Jorge Wilstermann, em Cochabamba, fica a 2.548 metros de altitude, e El Trompillo, em Santa Cruz, onde os primeiros aviões de treinamento Zlín Z 242 L foram entregues em 2016, a 418 metros; o principal grupo de treinamento de voo está localizado nas terras baixas de Villamontes. El Alto é o berço da força aérea, mas a maior parte de seus voos é realizada bem abaixo dessa altitude.

A Wikipédia espanhola lista três ocupantes militares: a I Brigada Aérea, o Grupo Aéreo Presidencial e a Base Aérea Bartolina Sisa. A Wikipédia inglesa lista El Alto como sede da Primeira Brigada Aérea, uma das seis existentes. A história do transporte aéreo da Força Aérea é visível na lista de acidentes do aeroporto: um TAM DC-3 (TAM-17) danificado irreparavelmente em 14 de julho de 1970 e um TAM C-47 (TAM-22) que caiu após a decolagem em um voo de carga em 4 de maio de 1971. A própria TAM surgiu a partir dos C-47 que chegaram em 1945. Desde então, tornou-se uma empresa pública sob o Ministério da Defesa e opera um Avro RJ70; a Wikipédia espanhola data sua retomada das operações em 31 de maio de 2024.

A base também funciona como centro cerimonial. A agência de notícias estatal ABI informou que o desfile de 7 de agosto de 2026, em comemoração ao 201º aniversário das Forças Armadas, será realizado na Brigada Aérea em El Alto e aberto ao público.

Em 27 de fevereiro de 2026, o C-130H FAB-81, da empresa de transporte aéreo da Força Aérea Boliviana (TAB), que operava a partir de Santa Cruz com dinheiro destinado ao Banco Central da Bolívia, saiu da pista durante o pouso e invadiu uma avenida nos arredores do aeroporto, atingindo vários veículos. A maioria das vítimas estava em solo. Os números divergem: a Infodefensa reportou 22 mortos e 37 feridos em 2 de março; a Wikipédia em inglês indica pelo menos 22 mortos e 29 feridos; a ABI (Air Bureau of Investigation) publicou em 16 de abril mais de 10 mortos e pelo menos 28 feridos.

A Força Aérea convocou uma comissão de investigação de acidentes e recuperou o gravador de voz da cabine. Em 16 de abril de 2026, o comandante da aeronave, General Sergio Lora, prestou depoimento à promotoria como testemunha, afirmando que o seguro havia sido acionado e que ele estava cumprindo a legislação sobre indenizações. Até 1º de outubro de 2026, nenhuma causa havia sido divulgada.