De eerste officiële vlucht van Bolivia was een korte. Volgens de Spaanse Wikipedia, die gebruikmaakt van het historische overzicht van de luchtmacht van het Ministerie van Defensie, vloog de Amerikaanse kapitein Donald Hudson op 17 april 1920 tien minuten lang in een Curtiss 18 driedekker in de buurt van het huidige El Alto. De regering had in 1916 al officieren naar Argentinië en Chili gestuurd om te leren vliegen, en in november 1921 werd Juan Mendoza y Nernuldes de eerste Boliviaanse piloot.

Op 12 oktober 1923 richtte president Bautista Saavedra de Escuela Militar de Aviación op in El Alto. De luchtmacht beschouwt die dag als haar oprichtingsdatum, hoewel ze pas op 26 september 1957 een zelfstandige krijgsmacht werd. De eerste lesvliegtuigen waren zeven Morane-Saulnier MS.35 trainingsvliegtuigen. Het Engelstalige Wikipedia-artikel over luchthavens vermeldt al in 1916 een militaire vliegschool, wat niet overeenkomt met de datum van 1923; de luchtmacht viert de oprichting in 1923.

Het meest opvallende kenmerk van El Alto is de hoogte. De Engelstalige Wikipedia vermeldt een hoogte van 4.061,5 meter; van de opening op 18 juni 1965 tot 1994 was het de hoogste luchthaven ter wereld, en het wordt nog steeds beschreven als de hoogste internationale luchthaven. Door de ijle lucht is het motorvermogen en de liftkracht beperkt, vandaar dat de hoofdstartbaan, 10R/28L, 4.000 meter lang is, met daarnaast een grasstrook van 2.050 meter die volgens de Spaanse Wikipedia een hulpstartbaan voor noodgevallen is.

De luchthaven was aanvankelijk vernoemd naar John F. Kennedy, hoewel die naam nooit publiekelijk werd gebruikt. Wet 1944 uit 1999, onder president Hugo Banzer, veranderde de naam in Aeropuerto Internacional El Alto. Tegenwoordig wordt de luchthaven beheerd door het burgeragentschap NAABOL, dat in maart 2022 werd opgericht.

Het contrast met de rest van de kaart van de luchtmacht is enorm. Het vliegveld Jorge Wilstermann in Cochabamba ligt op 2.548 meter hoogte en El Trompillo in Santa Cruz, waar in 2016 de eerste Zlín Z 242 L-trainingsvliegtuigen werden overgedragen, op 418 meter; de belangrijkste vliegopleidingsgroep bevindt zich in het laagland bij Villamontes. El Alto is de geboorteplaats van de luchtmacht, maar het grootste deel van de vliegactiviteiten vindt ver beneden plaats.

De Spaanse Wikipedia vermeldt drie militaire eenheden op El Alto: de I Brigada Aérea, de Grupo Aéreo Presidencial en de Base Aérea Bartolina Sisa. De Engelse Wikipedia noemt El Alto als de zetel van de Eerste Luchtbrigade, een van de zes. De transportgeschiedenis van de luchtmacht is terug te zien in de ongevallenlijst van de luchthaven: een TAM DC-3 (TAM-17) die op 14 juli 1970 onherstelbaar beschadigd raakte en een TAM C-47 (TAM-22) die op 4 mei 1971 na het opstijgen neerstortte tijdens een vrachtvlucht. TAM zelf is voortgekomen uit de C-47's die in 1945 arriveerden. Het is sindsdien een staatsbedrijf onder het Ministerie van Defensie en vliegt met een Avro RJ70; de Spaanse Wikipedia vermeldt de herstart op 31 mei 2024.

De basis is tevens een ceremonieel centrum. Het staatsnieuwsagentschap ABI meldde dat de parade op 7 augustus 2026 ter gelegenheid van het 201-jarig bestaan van de strijdkrachten zou plaatsvinden bij de luchtmachtbasis in El Alto en toegankelijk zou zijn voor het publiek.

Op 27 februari 2026 raakte de C-130H FAB-81, die voor de vrachtmaatschappij Transportes Aéreos Bolivianos (TAB) van de luchtmacht vloog vanuit Santa Cruz met geld voor de Centrale Bank van Bolivia, bij de landing van de landingsbaan en belandde op een laan buiten de luchthaven, waarbij meerdere voertuigen werden geraakt. De meeste slachtoffers bevonden zich op de grond. De aantallen lopen uiteen: Infodefensa meldde op 2 maart 22 doden en 37 gewonden; de Engelstalige Wikipedia spreekt van minstens 22 doden en 29 gewonden; ABI schreef op 16 april over meer dan 10 doden en minstens 28 gewonden.

De luchtmacht stelde een onderzoekscommissie in en nam de cockpitvoicerecorder in beslag. Op 16 april 2026 legde de commandant, generaal Sergio Lora, een verklaring af aan het Openbaar Ministerie als getuige en zei dat de verzekering was geactiveerd en dat hij zich hield aan de wetgeving inzake schadevergoeding. Op 1 oktober 2026 was er nog geen oorzaak bekendgemaakt.