Первый официальный полёт Боливии был коротким. Согласно испанской Википедии, которая опирается на исторический обзор военно-воздушных сил, подготовленный Министерством обороны, американский капитан Дональд Хадсон 17 апреля 1920 года совершил десятиминутный полёт на триплане Curtiss 18 недалеко от современного Эль-Альто. Правительство уже направило офицеров в Аргентину и Чили для обучения пилотированию в 1916 году, и в ноябре 1921 года Хуан Мендоса-и-Нернульдес стал первым боливийским пилотом.

12 октября 1923 года президент Баутиста Сааведра основал Военную авиационную школу в Эль-Альто. Военно-воздушные силы считают этот день датой своего основания, хотя и стали независимым видом вооруженных сил только 26 сентября 1957 года. Первыми учебными самолетами школы стали семь учебно-тренировочных самолетов Morane-Saulnier MS.35. В статье об аэропортах в английской Википедии упоминается военная авиационная школа еще в 1916 году, что не совпадает с датой 1923 года; именно 1923 год является датой основания, которую отмечают военно-воздушные силы.

Главная особенность аэропорта Эль-Альто — его высота. Английская Википедия указывает высоту 4061,5 метра; с момента открытия 18 июня 1965 года до 1994 года это был самый высокогорный аэропорт в мире, и он до сих пор считается самым высокогорным международным аэропортом. Разреженный воздух снижает мощность двигателей и подъемную силу, поэтому основная взлетно-посадочная полоса, 10R/28L, имеет длину 4000 метров, а рядом с ней расположена травяная полоса длиной 2050 метров, которую испанская Википедия описывает как вспомогательную аварийную взлетно-посадочную полосу.

Первоначально аэропорт был назван в честь Джона Ф. Кеннеди, хотя это название никогда не использовалось публично; Законом 1944 от 1999 года, принятым при президенте Уго Бансере, он был переименован в Международный аэропорт Эль-Альто. Сегодня им управляет гражданское агентство NAABOL, созданное в марте 2022 года.

Контраст с остальной частью карты ВВС разителен. Аэропорт имени Хорхе Вильстермана в Кочабамбе расположен на высоте 2548 метров, а Эль-Тромпильо в Санта-Крус, где в 2016 году были переданы первые учебно-тренировочные самолеты Zlín Z 242 L, — на высоте 418 метров; основная группа летной подготовки находится в низинах, в Вильямонтесе. Эль-Альто — родина ВВС, но большая часть полетов осуществляется значительно ниже.

В испанской Википедии указаны три военных объекта: I Воздушная бригада, Президентская авиационная группа и Воздушная база Бартолина Сиса. В английской Википедии Эль-Альто указан как место дислокации Первой авиационной бригады, одной из шести. История транспортных перевозок ВВС видна в списке аварий аэропорта: поврежденный до неузнаваемости TAM DC-3 (TAM-17) 14 июля 1970 года и TAM C-47 (TAM-22), разбившийся после взлета во время грузового рейса 4 мая 1971 года. Сам аэропорт TAM вырос из самолетов C-47, прибывших в 1945 году. С тех пор он был преобразован в государственное предприятие при Министерстве обороны и эксплуатирует Avro RJ70; испанская Википедия датирует его возобновление работы 31 мая 2024 года.

База также является церемониальным центром. Государственное информационное агентство ABI сообщило, что парад 7 августа 2026 года, посвященный 201-й годовщине создания вооруженных сил, пройдет на территории авиационной бригады в Эль-Альто и будет открыт для публики.

27 февраля 2026 года самолет C-130H FAB-81, выполнявший рейс грузовой компании ВВС США Transportes Aéreos Bolivianos (TAB) из Санта-Крус с валютой для Центрального банка Боливии, выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы при посадке и вылетел на проспект за пределами аэропорта, задев несколько автомобилей. Большинство жертв находились на земле. Данные разнятся: Infodefensa сообщила о 22 погибших и 37 раненых 2 марта; английская Википедия указывает как минимум 22 погибших и 29 раненых; ABI 16 апреля написала о более чем 10 погибших и как минимум 28 раненых.

Военно-воздушные силы созвали комиссию по расследованию авиакатастрофы и изъяли бортовой самописец. 16 апреля 2026 года командующий комиссией, генерал Серджио Лора, дал показания прокуратуре в качестве свидетеля, заявив, что страховка активирована и что он соблюдает закон о компенсации. К 1 октября 2026 года причина аварии так и не была обнародована.