ボリビア初の公式飛行は短いものだった。国防省の空軍史概要を基にしたスペイン語版ウィキペディアによると、アメリカ人のドナルド・ハドソン大尉が1920年4月17日、現在のエル・アルト近郊でカーチス18三葉機を10分間飛行した。政府はすでに1916年にアルゼンチンとチリに将校を派遣して飛行訓練を行っており、1921年11月にはフアン・メンドーサ・イ・ネルヌルデスがボリビア初のパイロットとなった。.

1923年10月12日、バウティスタ・サアベドラ大統領はエル・アルトに軍用航空学校を設立した。空軍はこの日を創設日としているが、独立した軍種となったのは1957年9月26日である。最初の訓練機はモラーヌ・ソルニエMS.35練習機7機だった。英語版ウィキペディアの空港に関する記事には、1916年には既に軍用航空学校が存在していたと記載されているが、これは1923年とは一致しない。空軍が記念しているのは1923年の創設である。.

エル・アルト空港の最大の特徴はその標高です。英語版ウィキペディアによると標高は4,061.5メートルで、1965年6月18日の開港から1994年まで世界で最も標高の高い空港であり、現在でも世界で最も標高の高い国際空港として知られています。空気が薄いためエンジンの出力と揚力が低下するため、メイン滑走路10R/28Lは4,000メートルの長さで、その横に2,050メートルの草地滑走路があり、スペイン語版ウィキペディアではこれを補助緊急滑走路と説明しています。.

この空港は当初ジョン・F・ケネディにちなんで名付けられましたが、その名前が公に使われることはありませんでした。1999年、ウゴ・バンセル大統領の下で制定された法律第1944号により、正式名称はエル・アルト国際空港となりました。現在は、2022年3月に設立された民間機関NAABOLによって運営されています。.

空軍の他の地域との対比は際立っている。コチャバンバのホルヘ・ウィルステルマン空港は標高2,548メートル、サンタクルスのエル・トロンピージョ空港は標高418メートルに位置し、エル・トロンピージョ空港では2016年に最初のズリンZ242L練習機が引き渡された。主要な飛行訓練部隊はビジャモンテスの低地にある。エル・アルトは空軍発祥の地だが、飛行訓練のほとんどはエル・アルトよりはるか下で行われている。.

スペイン語版ウィキペディアには、第 1 航空旅団、大統領航空グループ、バルトリーナ・シサ航空基地の 3 つの軍事拠点が記載されています。英語版ウィキペディアには、エル アルトは 6 つの航空旅団のうちの第 1 旅団の拠点であると記載されています。空軍の輸送の歴史は、空港の事故リストに見られます。1970 年 7 月 14 日に修復不可能な損傷を受けた TAM DC-3 (TAM-17) と、1971 年 5 月 4 日に貨物便として離陸後に墜落した TAM C-47 (TAM-22) です。TAM 自体は、1945 年に到着した C-47 から発展しました。その後、国防省傘下の公営企業となり、アブロ RJ70 を運航しています。スペイン語版ウィキペディアでは、再開日は 2024 年 5 月 31 日とされています。.

この基地は儀式センターとしても利用されている。国営通信社ABIは、2026年8月7日に行われる軍創設201周年記念パレードがエル・アルトの空軍基地で開催され、一般公開されると報じた。.

2026年2月27日、ボリビア中央銀行の通貨を積んでサンタクルスから空軍の貨物輸送会社トランスポルテス・アエレオス・ボリビアノス（TAB）のために飛行していたC-130H FAB-81が着陸時に滑走路を逸脱し、空港外の道路に突っ込み、複数の車両に衝突した。犠牲者のほとんどは地上にいた。死傷者数は異なる。Infodefensaは3月2日に22人の死者と37人の負傷者を報告。英語版ウィキペディアは少なくとも22人の死者と29人の負傷者としている。ABIは4月16日に10人以上の死者と少なくとも28人の負傷者と報じた。.

空軍は事故調査委員会を招集し、コックピットボイスレコーダーを回収した。2026年4月16日、空軍司令官のセルジオ・ロラ将軍は証人として検察官に供述し、保険が発動されており、賠償に関する法律を遵守していると述べた。2026年10月1日現在、事故原因は公表されていない。.