El primer vuelo oficial de Bolivia fue breve. Según la Wikipedia en español, que se basa en el resumen histórico de la fuerza aérea del Ministerio de Defensa, el capitán estadounidense Donald Hudson voló un triplano Curtiss 18 durante diez minutos cerca de la actual El Alto el 17 de abril de 1920. El gobierno ya había enviado oficiales a Argentina y Chile para aprender a volar en 1916, y en noviembre de 1921 Juan Mendoza y Nernuldes se convirtió en el primer piloto boliviano.

El 12 de octubre de 1923, el presidente Bautista Saavedra fundó la Escuela Militar de Aviación en El Alto. La fuerza aérea considera esa fecha como su fecha de fundación, aunque no se convirtió en un servicio independiente hasta el 26 de septiembre de 1957. Sus primeros aviones de entrenamiento fueron siete Morane-Saulnier MS.35. El artículo sobre aeropuertos de la Wikipedia en inglés menciona una escuela de aviación militar ya en 1916, lo cual no coincide con la fecha de 1923; la fundación de 1923 es la que celebra la fuerza aérea.

La característica más distintiva del aeropuerto de El Alto es su altura. La Wikipedia en inglés indica una elevación de 4061,5 metros; desde su inauguración el 18 de junio de 1965 hasta 1994 fue el aeropuerto más alto del mundo, y aún hoy se le describe como el aeropuerto internacional más alto. La baja densidad del aire reduce la potencia de los motores y la sustentación, razón por la cual la pista principal, 10R/28L, tiene 4000 metros de longitud, con una franja de césped de 2050 metros a su lado que la Wikipedia en español describe como una pista auxiliar de emergencia.

El aeropuerto fue bautizado inicialmente con el nombre de John F. Kennedy, aunque este nunca se utilizó públicamente; la Ley 1944 de 1999, promulgada bajo la presidencia de Hugo Banzer, lo convirtió en Aeropuerto Internacional El Alto. Actualmente, su gestión corre a cargo de la agencia civil NAABOL, creada en marzo de 2022.

El contraste con el resto del mapa de la fuerza aérea es evidente. El aeropuerto Jorge Wilstermann de Cochabamba se encuentra a 2548 metros de altitud, y El Trompillo de Santa Cruz, donde se entregaron los primeros aviones de entrenamiento Zlín Z 242 L en 2016, a 418 metros; el grupo principal de entrenamiento de vuelo está en las tierras bajas de Villamontes. El Alto es la cuna de la fuerza aérea, pero la mayor parte de sus vuelos se realizan mucho más abajo.

La Wikipedia en español enumera tres ocupantes militares: la I Brigada Aérea, el Grupo Aéreo Presidencial y la Base Aérea Bartolina Sisa. La Wikipedia en inglés menciona a El Alto como sede de la Primera Brigada Aérea, una de las seis existentes. La historia del transporte aéreo de la fuerza aérea se refleja en el historial de accidentes del aeropuerto: un TAM DC-3 (TAM-17) dañado irreparablemente el 14 de julio de 1970 y un TAM C-47 (TAM-22) que se estrelló tras el despegue en un vuelo de carga el 4 de mayo de 1971. TAM surgió a partir de los C-47 que llegaron en 1945. Posteriormente se convirtió en una empresa pública dependiente del Ministerio de Defensa y opera un Avro RJ70; la Wikipedia en español sitúa su reinicio el 31 de mayo de 2024.

La base también funciona como centro ceremonial. La agencia estatal de noticias ABI informó que el desfile del 7 de agosto de 2026, con motivo del 201.º aniversario de las fuerzas armadas, se celebraría en la brigada aérea de El Alto y estaría abierto al público.

El 27 de febrero de 2026, el C-130H FAB-81, operado por la compañía de carga de la Fuerza Aérea, Transportes Aéreos Bolivianos (TAB), desde Santa Cruz con divisas para el Banco Central de Bolivia, se salió de la pista al aterrizar y se precipitó a una avenida fuera del aeropuerto, impactando varios vehículos. La mayoría de las víctimas se encontraban en tierra. Las cifras difieren: Infodefensa reportó 22 muertos y 37 heridos el 2 de marzo; la Wikipedia en inglés indica al menos 22 muertos y 29 heridos; ABI informó el 16 de abril de más de 10 muertos y al menos 28 heridos.

La fuerza aérea convocó una comisión de investigación de accidentes y recuperó la grabadora de voz de la cabina. El 16 de abril de 2026, su comandante, el general Sergio Lora, declaró ante la fiscalía como testigo y afirmó que se había activado el seguro y que estaba cumpliendo con la ley de indemnización. Hasta el 1 de octubre de 2026, no se había publicado ninguna resolución sobre el accidente.