Letiště původně bylo Oroku, letiště Japonského císařského námořnictva, otevřené v roce 1933 v nížině jihozápadně od Nahy. Během bitvy o Okinawu jej dobyly americké síly a 16. srpna 1945 se na něj, jak uvádí anglická Wikipedie, nastěhovalo americké letecké depo. Pod americkou správou Okinawy se z něj stala letecká základna Naha a od roku 1954 také civilní letiště na ostrově.

Po čtvrt století byla Naha americkou stíhací základnou. Wikipedie uvádí 51. stíhací skupinu a 16. stíhací peruť s letouny F-80 od roku 1947, 4. stíhací (celopovětrnostní) peruť s letouny P-61 a F-82 a od 1. srpna 1954 51. stíhací stíhací křídlo, jehož 16. stíhací stíhací peruť létala na letounech F-86 a poté na F-102 Delta Daggers až do 31. května 1971, kdy skončila kontrola USAF.

Okinawa se vrátila pod japonskou správu v roce 1972 a JASDF následovaly Američany na letišti. Zdroje se neshodují v datu předání vojenského letiště: článek o letecké základně Naha uvádí rok 1979, článek o letišti Naha 1982. Obě data pocházejí z Wikipedie; ani jedno z těchto dat nebylo potvrzeno na oficiální stránce, takže datová sada uvádí éru JASDF od roku 1972 bez data předání.

Prvními stíhačkami JASDF na Okinawě byly F-104J Starfighter; poslední jednotka F-104J v provozu, 207. peruť, byla podle japonské Wikipedie rozpuštěna v Naha v roce 1986. F-4EJ Phantomy 302. perutě dorazily z Čitose 26. listopadu 1985 a držely Okinawu v pohotovosti více než 23 let.

Dne 9. prosince 1987 se tyto Phantomy zapsaly do historie. Sovětský bombardér Tu-16 vletěl do japonského vzdušného prostoru nad Okinawou a F-4EJ dvakrát vypálily varovné výstřely, což byly první varovné výstřely, které kdy vypálily síly sebeobrany, uvádí anglická Wikipedie o této peruti.

Dne 13. března 2009 si 302. peruť vyměnila místo s 204. perutí vybavenou F-15 z Hjakuri, čímž Okinawa získala titul Eagle. S rostoucí čínskou aktivitou už jedna peruť nestačila: v lednu 2016 přiletěla 304. peruť z Tsuiki a obě vytvořily 9. letecké křídlo. V červenci 2017 bylo samotné regionální velení podle JASDF povýšeno z Jihozápadní kompozitní letecké divize na Jihozápadní síly protivzdušné obrany.

Společný štáb zveřejňuje údaje o počtu zasažených letounů podle regionů a jihozápad v nich již deset let vede. Ve fiskálním roce 2025 provedly JASDF 595 zasažených letounů, což je pokles z maxima 1 168 ve fiskálním roce 2016; Jihozápadní protivzdušné obranné síly jich létaly 348, oproti 165 na severu, 46 na západě a 36 ve střední části země. Přibližně 61 procent bylo proti čínským letadlům a 36 procent proti ruským. V období duben–červn 2026 se celkový počet zvýšil na 181, z toho 106 z jihozápadu, a čínský podíl vzrostl na přibližně 77 procent.

Ostrovy uvedené za těmito čísly jsou sporné. Dne 13. prosince 2012 vstoupilo čínské vládní letadlo do vzdušného prostoru nad ostrovy Senkaku, které spravuje Japonsko, což je první takové narušení čínským letadlem od roku 1958, kdy se začaly vést záznamy. Japonsko podle anglické Wikipedie vzlétlo osm stíhaček F-15 a jeden letoun včasné varovné signalizace. Japonsko zastává názor, že žádný územní spor neexistuje; nárok na ně si nárokuje Čínská lidová republika, která ostrovy nazývá Diaoyu, a Čínská republika na Tchaj-wanu, která je nazývá Tiaoyutai.

Společný štáb také zaznamenává incidenty, které od té doby formovaly práci základny. V prosinci 2025 čínská letadlová loď poprvé operovala východně od Okinawy a její stíhačky J-15 osvětlily radarem stíhačky JASDF F-15; v témže měsíci čínské a ruské bombardéry společně letěly z Východočínského moře mezi Okinawou a Mijakem do Pacifiku. Dne 27. června 2026 čínské bombardéry H-6 a ruské bombardéry Tu-95 podnikly další dlouhý společný let.

Letiště Naha je civilně-vojenské, což je znát. JASDF na základně eviduje 13 jednotek Sil sebeobrany ze všech tří složek a uvádí stíhačky F-15, T-4, letouny včasné výstrahy E-2C a E-2D, záchranné vrtulníky UH-60J, pátrací letouny U-125A a vrtulníky CH-47J. Kolem nich létají letadla jednoho z nejrušnějších japonských vnitrostátních letišť.

Po celá desetiletí sdílely obě dráhy jednu ranvej. Druhá, 2 700 m dlouhá a 60 m široká, byla otevřena v březnu 2020, vedle původního 3 000 m dlouhého pásu. Anglická Wikipedie zaznamenává, jak těsné mohlo být sdílení: 3. června 2015 Boeing 737 společnosti All Nippon Airways přerušil vzlet, protože před ním křižoval vrtulník JASDF. Nikdo nebyl zraněn.