El aeródromo comenzó llamándose Oroku, un campo de la Armada Imperial Japonesa inaugurado en 1933 en la llanura al suroeste de Naha. Fue tomado por las fuerzas estadounidenses durante la Batalla de Okinawa, y un depósito aéreo estadounidense se instaló allí el 16 de agosto de 1945, según la Wikipedia en inglés. Bajo la administración estadounidense de Okinawa, se convirtió en la Base Aérea de Naha, y desde 1954 también fue el aeropuerto civil de la isla.

Durante un cuarto de siglo, Naha fue una base de cazas estadounidense. Wikipedia menciona el 51.er Grupo de Caza y el 16.º Escuadrón de Caza con F-80 desde 1947, el 4.º Escuadrón de Caza (para todo tiempo) con P-61 y F-82, y desde el 1 de agosto de 1954 la 51.ª Ala de Caza-Interceptora, cuyo 16.º Escuadrón de Caza-Interceptora voló F-86 y luego F-102 Delta Dagger hasta el 31 de mayo de 1971, cuando finalizó el control de la USAF.

Okinawa volvió a estar bajo administración japonesa en 1972, y la Fuerza Aérea de Autodefensa de Japón (JASDF) siguió a los estadounidenses al campo de batalla. Las fuentes discrepan sobre la fecha de entrega del aeródromo militar: el artículo sobre la Base Aérea de Naha indica 1979, mientras que el del Aeropuerto de Naha menciona 1982. Ambos artículos provienen de Wikipedia; ninguna fecha fue confirmada en una página oficial, por lo que la información disponible indica que la JASDF operaba desde 1972 sin una fecha de entrega específica.

Los primeros cazas de la Fuerza Aérea de Autodefensa de Japón (JASDF) en Okinawa fueron los F-104J Starfighter; la última unidad de F-104J en servicio, el Escuadrón 207, se disolvió en Naha en 1986, según la Wikipedia japonesa. Los F-4EJ Phantom del Escuadrón 302 llegaron de Chitose el 26 de noviembre de 1985 y mantuvieron la alerta en Okinawa durante más de 23 años.

El 9 de diciembre de 1987, esos Phantom hicieron historia. Un bombardero soviético Tu-16 cruzó al espacio aéreo japonés sobre Okinawa, y los F-4EJ dispararon tiros de advertencia en dos ocasiones, los primeros disparos de advertencia jamás realizados por las Fuerzas de Autodefensa, según el relato del escuadrón en la Wikipedia en inglés.

El 13 de marzo de 2009, el 302.º Escuadrón intercambió su lugar con el 204.º Escuadrón, equipado con F-15, procedente de Hyakuri, lo que le dio a Okinawa el escuadrón Eagle. Con el aumento de la actividad china, un solo escuadrón ya no era suficiente: en enero de 2016, el 304.º Escuadrón llegó desde Tsuiki y ambos formaron la 9.ª Ala Aérea. En julio de 2017, el propio comando regional fue elevado de categoría, pasando de ser la División Aérea Compuesta del Suroeste a la Fuerza de Defensa Aérea del Suroeste, según la JASDF.

El Estado Mayor Conjunto publica cifras de despliegues aéreos por región, y el suroeste ha liderado estos despliegues durante una década. En el año fiscal 2025, la Fuerza Aérea de Autodefensa de Japón (JASDF) realizó 595 despliegues, una disminución con respecto al máximo de 1168 alcanzado en el año fiscal 2016; la Fuerza Aérea de Defensa del Sudoeste realizó 348 de ellos, frente a 165 en el norte, 46 en el oeste y 36 en el centro. Aproximadamente el 61 % fueron contra aeronaves chinas y el 36 % contra aeronaves rusas. Entre abril y junio de 2026, el total aumentó a 181, 106 de ellos procedentes del suroeste, y la proporción de aeronaves chinas aumentó a aproximadamente el 77 %.

Las islas a las que se refieren esas cifras son objeto de disputa. El 13 de diciembre de 2012, un avión del gobierno chino entró en el espacio aéreo de las islas Senkaku, administradas por Japón, siendo esta la primera violación de este tipo por parte de una aeronave china desde que se tienen registros en 1958. Japón desplegó ocho F-15 y un avión de alerta temprana, según la Wikipedia en inglés. La postura de Japón es que no existe ninguna disputa territorial; tanto la República Popular China, que denomina a las islas Diaoyu, como la República de China en Taiwán, que las denomina Tiaoyutai, las reclaman como propias.

El Estado Mayor Conjunto también registra los incidentes que han marcado el funcionamiento de la base desde entonces. En diciembre de 2025, un portaaviones chino operó al este de Okinawa por primera vez y sus cazas J-15 iluminaron con su radar a los F-15 de la JASDF; ese mismo mes, bombarderos chinos y rusos volaron conjuntamente desde el Mar de China Oriental, entre Okinawa y Miyako, hasta el Pacífico. El 27 de junio de 2026, bombarderos chinos H-6 y rusos Tu-95 realizaron otro largo vuelo conjunto.

Naha es un aeropuerto civil-militar, y eso se nota. La Fuerza Aérea de Autodefensa de Japón (JASDF) cuenta con 13 unidades de las tres ramas de las Fuerzas Armadas en la base, incluyendo aviones de alerta temprana F-15 y T-4, aviones de alerta temprana E-2C y E-2D, helicópteros de rescate UH-60J, aviones de búsqueda U-125A y helicópteros CH-47J. A su alrededor, operan los aviones comerciales de uno de los aeropuertos nacionales más transitados de Japón.

Durante décadas, ambos aeropuertos compartieron una sola pista. La segunda, de 2700 m de largo y 60 m de ancho, se inauguró en marzo de 2020, junto a la pista original de 3000 m. Wikipedia en inglés documenta lo ajustada que podía ser la situación: el 3 de junio de 2015, un Boeing 737 de All Nippon Airways abortó su despegue porque un helicóptero de la JASDF cruzaba por delante. No hubo heridos.