O aeródromo começou como Oroku, uma base da Marinha Imperial Japonesa inaugurada em 1933 em uma área baixa a sudoeste de Naha. Foi tomado pelas forças americanas durante a Batalha de Okinawa, e um depósito aéreo dos EUA se instalou no local em 16 de agosto de 1945, de acordo com a Wikipédia em inglês. Sob a administração americana de Okinawa, tornou-se a Base Aérea de Naha e, a partir de 1954, também funcionou como aeroporto civil da ilha.

Durante um quarto de século, Naha foi uma base aérea de caças americana. A Wikipédia lista o 51º Grupo de Caça e o 16º Esquadrão de Caça com F-80s a partir de 1947, o 4º Esquadrão de Caça (para todos os climas) com P-61s e F-82s, e a partir de 1º de agosto de 1954 a 51ª Ala de Caça-Interceptação, cujo 16º Esquadrão de Caça-Interceptação operou F-86s e depois F-102 Delta Daggers até 31 de maio de 1971, quando o controle da Força Aérea dos EUA terminou.

Okinawa retornou à administração japonesa em 1972, e a Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) seguiu os americanos para o campo de batalha. As fontes divergem quanto à data em que o próprio aeródromo militar foi entregue: o artigo sobre a Base Aérea de Naha indica 1979, enquanto o artigo sobre o Aeroporto de Naha menciona 1982. Ambos são da Wikipédia; nenhuma das datas foi confirmada em uma página oficial, portanto, o conjunto de dados indica o período da JASDF a partir de 1972, sem especificar a data de entrega.

Os primeiros caças da Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) em Okinawa foram os F-104J Starfighters; a última unidade de F-104J em serviço, o 207º Esquadrão, foi desmobilizada em Naha em 1986, de acordo com a Wikipédia japonesa. Os F-4EJ Phantoms do 302º Esquadrão chegaram de Chitose em 26 de novembro de 1985 e mantiveram a vigilância aérea de Okinawa por mais de 23 anos.

Em 9 de dezembro de 1987, esses Phantoms fizeram história. Um bombardeiro soviético Tu-16 cruzou o espaço aéreo japonês sobre Okinawa, e os F-4EJ dispararam tiros de advertência em duas ocasiões, os primeiros tiros de advertência já disparados pelas Forças de Autodefesa, de acordo com o relato da Wikipédia em inglês sobre o esquadrão.

Em 13 de março de 2009, o 302º Esquadrão trocou de lugar com o 204º Esquadrão, equipado com F-15, de Hyakuri, dando a Okinawa a Águia. Com o aumento da atividade chinesa, um esquadrão já não era suficiente: em janeiro de 2016, o 304º Esquadrão veio de Tsuiki e os dois formaram a 9ª Ala Aérea. Em julho de 2017, o próprio comando regional foi elevado à categoria de Força Aérea de Defesa do Sudoeste, passando da Divisão Aérea Composta do Sudoeste para a Força Aérea de Defesa do Sudoeste, de acordo com a Força Aérea de Defesa do Japão (JASDF).

O Estado-Maior Conjunto publica dados sobre interceptações por região, e o sudoeste lidera o ranking há uma década. No ano fiscal de 2025, a Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) realizou 595 interceptações, número inferior ao pico de 1.168 no ano fiscal de 2016; a Força de Defesa Aérea do Sudoeste realizou 348 delas, contra 165 no norte, 46 no oeste e 36 no centro. Cerca de 61% foram contra aeronaves chinesas e 36% contra aeronaves russas. De abril a junho de 2026, o total subiu para 181, sendo 106 delas provenientes do sudoeste, e a participação chinesa aumentou para cerca de 77%.

As ilhas correspondentes a esses números são disputadas. Em 13 de dezembro de 2012, uma aeronave do governo chinês entrou no espaço aéreo sobre as Ilhas Senkaku, administradas pelo Japão, a primeira violação desse tipo por uma aeronave chinesa desde que os registros começaram em 1958; o Japão enviou oito caças F-15 e uma aeronave de alerta aéreo antecipado, de acordo com a Wikipédia em inglês. A posição do Japão é de que não existe disputa territorial; a República Popular da China, que chama as ilhas de Diaoyu, e a República da China em Taiwan, que as chama de Tiaoyutai, reivindicam o território.

O Estado-Maior Conjunto também registra os incidentes que moldaram o trabalho da base desde então. Em dezembro de 2025, um porta-aviões chinês operou a leste de Okinawa pela primeira vez e seus caças J-15 detectaram F-15 da Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) com seus radares; naquele mês, bombardeiros chineses e russos voaram conjuntamente do Mar da China Oriental, entre Okinawa e Miyako, até o Pacífico. Em 27 de junho de 2026, bombardeiros chineses H-6 e russos Tu-95 realizaram outro longo voo conjunto.

Naha é um aeroporto civil-militar, e isso fica evidente. A Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) conta com 13 unidades de todas as três forças armadas na base, incluindo aeronaves como F-15, T-4, E-2C e E-2D de alerta aéreo antecipado, helicópteros de resgate UH-60J, aeronaves de busca U-125A e helicópteros CH-47J. Ao redor deles, operam os aviões comerciais de um dos aeroportos domésticos mais movimentados do Japão.

Durante décadas, os dois aeroportos compartilharam a mesma pista. A segunda, com 2.700 m de comprimento e 60 m de largura, foi inaugurada em março de 2020, ao lado da pista original de 3.000 m. A Wikipédia em inglês registra o quão apertada era a situação: em 3 de junho de 2015, um Boeing 737 da All Nippon Airways abortou a decolagem porque um helicóptero da Força Aérea de Autodefesa do Japão (JASDF) estava cruzando à sua frente. Ninguém ficou ferido.