Het vliegveld begon als Oroku, een vliegveld van de Keizerlijke Japanse Marine dat in 1933 werd geopend op het laagland ten zuidwesten van Naha. Het werd tijdens de Slag om Okinawa ingenomen door Amerikaanse troepen en op 16 augustus 1945 vestigde zich er een Amerikaans luchtmachtdepot, aldus de Engelstalige Wikipedia. Onder het Amerikaanse bestuur van Okinawa werd het Naha Air Base en vanaf 1954 fungeerde het ook als burgerluchthaven van het eiland.

Naha was een kwart eeuw lang een Amerikaanse gevechtsvliegbasis. Wikipedia vermeldt de 51st Fighter Group en het 16th Fighter Squadron met F-80's vanaf 1947, het 4th Fighter (All-Weather) Squadron met P-61's en F-82's, en vanaf 1 augustus 1954 de 51st Fighter-Interceptor Wing, waarvan het 16th Fighter-Interceptor Squadron met F-86's en vervolgens met F-102 Delta Daggers vloog tot 31 mei 1971, toen de controle van de USAF eindigde.

Okinawa keerde in 1972 terug onder Japans bestuur en de Japanse luchtmacht (JASDF) volgde de Amerikanen naar het vliegveld. De bronnen verschillen van mening over de datum waarop het militaire vliegveld zelf werd overgedragen: het artikel over de luchtmachtbasis Naha noemt 1979, het artikel over de luchthaven van Naha 1982. Beide data zijn afkomstig van Wikipedia; geen van beide is bevestigd op een officiële pagina, dus de gegevens geven de JASDF-periode weer vanaf 1972 zonder een overdrachtsdatum.

De eerste gevechtsvliegtuigen van de Japanse luchtmacht (JASDF) op Okinawa waren F-104J Starfighters; de laatste F-104J-eenheid in dienst, het 207e Squadron, werd in 1986 in Naha ontbonden, volgens de Japanse Wikipedia. De F-4EJ Phantoms van het 302e Squadron waren op 26 november 1985 vanuit Chitose aangekomen en hielden Okinawa meer dan 23 jaar lang paraat.

Op 9 december 1987 schreven die Phantoms geschiedenis. Een Sovjet-bommenwerper van het type Tu-16 vloog het Japanse luchtruim boven Okinawa binnen, waarop de F-4EJ's tweemaal waarschuwingsschoten afvuurden. Volgens het Engelstalige Wikipedia-artikel over het squadron waren dit de eerste waarschuwingsschoten ooit afgevuurd door de Japanse Zelfverdedigingsmacht.

Op 13 maart 2009 ruilde het 302e squadron van plaats met het met F-15's uitgeruste 204e squadron van Hyakuri, waardoor Okinawa de Eagle kreeg. Naarmate de Chinese activiteiten toenamen, was één squadron niet langer voldoende: in januari 2016 kwam het 304e squadron van Tsuiki en vormden de twee samen de 9e Luchtvleugel. In juli 2017 werd het regionale commando zelf opgewaardeerd van de Southwestern Composite Air Division naar de Southwestern Air Defense Force, aldus de Japanse Luchtmacht.

De gezamenlijke staf publiceert cijfers over luchtaanvallen per regio, en het zuidwesten voert al tien jaar de lijst aan. In fiscaal jaar 2025 voerde de Japanse luchtmacht 595 luchtaanvallen uit, een daling ten opzichte van een piek van 1.168 in fiscaal jaar 2016; de luchtverdediging van het zuidwesten voerde er 348 uit, tegenover 165 in het noorden, 46 in het westen en 36 in het centrum. Ongeveer 61 procent was tegen Chinese vliegtuigen en 36 procent tegen Russische. In april-juni 2026 steeg het totaal naar 181, waarvan 106 vanuit het zuidwesten, en het Chinese aandeel steeg naar ongeveer 77 procent.

De eilanden achter die getallen zijn omstreden. Op 13 december 2012 drong een Chinees regeringsvliegtuig het luchtruim boven de Senkaku-eilanden binnen, die onder Japans bestuur vallen. Dit was de eerste schending door een Chinees vliegtuig sinds de registratie begon in 1958. Japan stuurde acht F-15's en een AWACS-vliegtuig de lucht in, aldus de Engelstalige Wikipedia. Japan stelt dat er geen territoriaal geschil bestaat; zowel de Volksrepubliek China, die de eilanden Diaoyu noemt, als de Republiek China op Taiwan, die ze Tiaoyutai noemt, claimen ze.

De gezamenlijke staf registreert ook de incidenten die sindsdien het werk op de basis hebben gevormd. In december 2025 opereerde een Chinees vliegdekschip voor het eerst ten oosten van Okinawa en verlichtten de J-15 gevechtsvliegtuigen van het Chinese vliegdekschip de F-15's van de Japanse luchtmacht met hun radar; diezelfde maand vlogen Chinese en Russische bommenwerpers gezamenlijk van de Oost-Chinese Zee tussen Okinawa en Miyako naar de Stille Oceaan. Op 27 juni 2026 voerden Chinese H-6 en Russische Tu-95 bommenwerpers opnieuw een lange gezamenlijke vlucht uit.

Naha is een civiel-militair vliegveld, en dat is te merken. De Japanse luchtmacht (JASDF) heeft er 13 eenheden gestationeerd, van alle drie de krijgsmachtonderdelen, waaronder F-15's, T-4's, E-2C en E-2D AWACS-vliegtuigen, UH-60J reddingshelikopters, U-125A verkenningsvliegtuigen en CH-47J helikopters. Rondom deze vliegtuigen bevinden zich de passagiersvliegtuigen van een van de drukste binnenlandse vliegvelden van Japan.

Decennialang deelden de twee één landingsbaan. De tweede, 2700 meter lang en 60 meter breed, werd in maart 2020 geopend, naast de oorspronkelijke landingsbaan van 3000 meter. De Engelstalige Wikipedia beschrijft hoe krap het delen van de landingsbaan kon zijn: op 3 juni 2015 brak een Boeing 737 van All Nippon Airways de start af omdat een helikopter van de Japanse luchtmacht (JASDF) voor het toestel langs vloog. Niemand raakte gewond.