Havaalanı, 1933'te Naha'nın güneybatısındaki alçak arazide açılan Japon İmparatorluk Donanması'na ait Oroku adlı bir havaalanı olarak başladı. İngilizce Wikipedia'ya göre, Okinawa Savaşı sırasında Amerikan kuvvetleri tarafından ele geçirildi ve 16 Ağustos 1945'te bir ABD hava üssü buraya taşındı. Okinawa'nın ABD yönetimi altında Naha Hava Üssü oldu ve 1954'ten itibaren adanın sivil havaalanı olarak da hizmet verdi.

Çeyrek yüzyıl boyunca Naha, Amerikan savaş uçağı üssüydü. Wikipedia'da 1947'den itibaren F-80'lerle 51. Savaş Grubu ve 16. Savaş Filosu, P-61 ve F-82'lerle 4. Savaş (Her Hava Koşulunda) Filosu ve 1 Ağustos 1954'ten itibaren 51. Savaş-Önleme Kanadı listeleniyor; bu kanada bağlı 16. Savaş-Önleme Filosu, 31 Mayıs 1971'de ABD Hava Kuvvetleri kontrolünün sona ermesine kadar F-86'lar ve ardından F-102 Delta Dagger'lar uçurdu.

Okinawa 1972'de Japon yönetimine geri döndü ve Japon Hava Öz Savunma Kuvvetleri (JASDF) Amerikalıları takip ederek sahaya girdi. Askeri havaalanının teslim tarihi konusunda kaynaklar arasında görüş ayrılığı var: Naha Hava Üssü makalesi 1979, Naha Havaalanı makalesi ise 1982 tarihini veriyor. Her ikisi de Wikipedia'dan; resmi bir sayfada bu tarihlerden hiçbiri doğrulanmadığı için, veri seti teslim tarihi belirtilmeden 1972'den itibaren JASDF dönemini gösteriyor.

Okinawa'daki ilk JASDF savaş uçakları F-104J Starfighter'lardı; Japonca Wikipedia'ya göre, hizmetteki son F-104J birimi olan 207. Filo, 1986'da Naha'da dağıtıldı. 302. Filo'nun F-4EJ Phantom'ları 26 Kasım 1985'te Chitose'den gelmiş ve 23 yıldan fazla bir süre Okinawa'nın teyakkuz halini korumuştu.

9 Aralık 1987'de bu Phantom'lar tarihe geçti. Sovyet yapımı bir Tu-16 bombardıman uçağı Okinawa üzerinde Japon hava sahasına girdi ve F-4EJ'ler iki kez uyarı ateşi açtı; İngilizce Wikipedia'daki filo hakkındaki bilgilere göre bunlar, Japonya Öz Savunma Kuvvetleri tarafından atılan ilk uyarı ateşleriydi.

13 Mart 2009'da 302. Filo, Hyakuri'den F-15'lerle donatılmış 204. Filo ile yer değiştirdi ve Okinawa'ya Kartal'ı kazandırdı. Çin'in faaliyetleri arttıkça, tek bir filo artık yeterli değildi: Ocak 2016'da 304. Filo Tsuiki'den geldi ve iki filo 9. Hava Kanadı'nı oluşturdu. JASDF'ye göre, Temmuz 2017'de bölgesel komutanlık, Güneybatı Karma Hava Tümeni'nden Güneybatı Hava Savunma Kuvveti'ne yükseltildi.

Genelkurmay Başkanlığı bölgelere göre acil durum operasyonları rakamlarını yayınlıyor ve güneybatı on yıldır bu konuda başı çekiyor. 2025 mali yılında Japon Hava Savunma Kuvvetleri (JASDF) 595 acil durum operasyonu gerçekleştirdi; bu rakam 2016 mali yılındaki 1.168'lik zirve noktasından düşüş gösterdi. Güneybatı Hava Savunma Kuvvetleri bu operasyonların 348'ini gerçekleştirirken, kuzey 165, batı 46 ve merkez 36 operasyon gerçekleştirdi. Operasyonların yaklaşık 'i Çin uçaklarına, 'sı ise Rus uçaklarına karşı yapıldı. Nisan-Haziran 2026 döneminde toplam sayı 181'e yükseldi, bunların 106'sı güneybatıdan geldi ve Çin'in payı yaklaşık 'ye çıktı.

Bu rakamların ardındaki adalar tartışmalıdır. 13 Aralık 2012'de Çin hükümetine ait bir uçak, Japonya'nın yönetimi altındaki Senkaku Adaları'nın hava sahasına girdi; bu, 1958'den beri kayıtların tutulmaya başlanmasından bu yana bir Çin uçağı tarafından yapılan ilk ihlaldi; İngilizce Wikipedia'ya göre Japonya sekiz F-15 ve bir erken uyarı uçağını havalandırdı. Japonya'nın pozisyonu, herhangi bir toprak anlaşmazlığının olmadığı yönündedir; adaları Diaoyu olarak adlandıran Çin Halk Cumhuriyeti ve adaları Tiaoyutai olarak adlandıran Tayvan'daki Çin Cumhuriyeti de adalar üzerinde hak iddia etmektedir.

Genelkurmay Başkanlığı ayrıca, üssün çalışmalarını şekillendiren olayları da kaydeder. Aralık 2025'te bir Çin uçak gemisi ilk kez Okinawa'nın doğusunda faaliyet gösterdi ve J-15 savaş uçakları, radarlarıyla JASDF'nin F-15'lerini aydınlattı; aynı ay Çin ve Rus bombardıman uçakları, Okinawa ve Miyako arasındaki Doğu Çin Denizi'nden Pasifik'e ortak uçuşlar gerçekleştirdi. 27 Haziran 2026'da Çin H-6 ve Rus Tu-95 bombardıman uçakları bir başka uzun ortak uçuş gerçekleştirdi.

Naha, sivil-askeri bir havaalanı ve bu durum kendini gösteriyor. Japonya Hava Öz Savunma Kuvvetleri (JASDF), üste üç kuvvetten de 13 adet Öz Savunma Kuvveti birimini sayıyor ve F-15'ler, T-4'ler, E-2C ve E-2D erken uyarı uçakları, UH-60J kurtarma helikopterleri, U-125A arama uçakları ve CH-47J helikopterleri listeliyor. Bunların etrafında ise Japonya'nın en işlek iç hat havaalanlarından birinin yolcu uçakları uçuyor.

On yıllarca iki havaalanı tek bir pisti paylaştı. 2.700 metre uzunluğunda ve 60 metre genişliğindeki ikinci pist, orijinal 3.000 metrelik pistin yanına Mart 2020'de açıldı. İngilizce Wikipedia, paylaşımın ne kadar sıkışık olabileceğini şöyle kaydediyor: 3 Haziran 2015'te bir All Nippon Airways Boeing 737, önünden bir JASDF helikopteri geçtiği için kalkışını iptal etti. Kimse yaralanmadı.