ההיסטוריה של התעופה בג'ובה מתחילה בתקופה הקולוניאלית. על פי ויקיפדיה האנגלית, שדה התעופה הראשון נוקה בשנת 1929, ובשנת 1931 חברת של בנתה מסלול המראה של לטריט כתוש. בפברואר 1931 חברת אימפריאל איירווייז פתחה את הקו שלה מכף-קהיר, עם מקום עגינה לסירות המעופפות שלה מכלכותה על הנילוס ליד רג'ף, ובשנת 1934 הורחב שדה התעופה ותושבים מקומיים עברו מהאתר.

השדה גדל באיטיות. דיווח ויקיפדיה על סקר משנת 1976 מתאר מסלול אספלט בגודל 2,400 על 45 מטר, דרכי גישה שכמעט והיו בלתי עבירות בעונת הגשמים, משואת רדיו ישנה מאוד, רדיו VHF חלש והיעדר תאורת שדה. בתחילת פברואר 1977, שדה התעופה נקלע לניסיון הפיכה כושל של לוחמי אניניה לשעבר.

העצמאות הביאה עמה כסף. במאי 2011 הורחבו הטרמינל, מתקני המטען וחידוש מסלולי ההמראה, וביולי 2011 הופעלה מערכת תאורה חדשה הכוללת אורות גישה, אורות מסלול הסעה, PAPI ומשואה מסתובבת. הטרמינל נותר ידוע לשמצה: בין 2016 ל-2019 הוא דורג בין הגרועים בעולם, בשלב מסוים שני אוהלים סמוכים, עד שנפתח טרמינל שנבנה בסין ב-29 באוקטובר 2018. מסלול ההמראה היחיד, 13/31, הוא כעת באורך 3,100 מטרים.

האסיפה המחוקקת של דרום סודאן הקימה חיל אוויר על הנייר ביוני 2008, אך לג'ובה לא היו מטוסים צבאיים עד סוף 2010. במאי 2010 הודיע הגנרל קואל דים קואל מה-SPLA כי הצבא הקים "חיל אוויר וצי גרעיניים", ו-SPLA רכשה את האצווה הראשונה שלה של עשרה מסוקי Mi-17 מקאזאן שברוסיה.

ויקיפדיה מתעדת ששמונת המטוסים הראשונים סופקו עד דצמבר 2010, הוטסו לשדה התעופה ג'ובה בתוך מטוסי תובלה מדגם אנטונוב An-124, ושני האחרונים הגיעו בינואר 2011. ב-11 בינואר 2011, בשבוע של משאל העם על העצמאות, השיק הנשיא סלבה קיר את חיל האוויר של דרום סודן בטקס בו השתתפו בכירים בממשלת דרום סודן ודיפלומטים זרים. ויקיפדיה מציינת את ג'ובה כמיקום מטה חיל האוויר, אותו היא מכנה בסיס חיל האוויר ג'ובה.

התיאור הציבורי המפורט ביותר של הצד הצבאי של ג'ובה מגיע מפאנל המומחים של האו"ם בנושא דרום סודן. בדו"ח הסופי שלו מינואר 2016, הפאנל אמר כי צפה "במספר הזדמנויות" בתחזוקת מסוקי הממשלה בג'ובה, כאשר לפחות עשרה אנשים לבנים ושלושה אפריקאים נכחו באירוע אחד, ב-26 בנובמבר 2015. נכון לאמצע דצמבר 2015, דיווח הפאנל, לממשלה היו לפחות שלושה מסוקי קרב מדגם Mi-24 פעילים והיא ממתינה לאחד נוסף, ומשרד ההגנה ביקש תשלום סופי עבור ארבעה מסוקי קרב נוספים בסכום כולל של 1.443.5 מיליון דולר.

מיולי 2015, הוועדה צפו במטוס מודיעין, מעקב וסיור מדגם Diamond 42 מתוצרת אוסטריה בשדה התעופה הצבאי בג'ובה, שסיפק, במילותיו, "יכולות סיור אוויריות משולבות מתקדמות ומיקוד". כמו כן, הוועדה מצאה כי הממשלה התקשרה עם חברת Norwegian Development General Trading, שבסיסה בדובאי, לבנות שני האנגרים למסוקים תמורת סכום כולל של 1.44 מיליון טראנספורט אמריקאי. הוועדה תיארה את המסוקים כמרכזיים להגנת ג'ובה ומתקני הנפט בפאלואיץ'. הממשלה לא פרסמה את דיווחה על רכישות אלו.

ביולי 2016 פרצו קרבות בג'ובה בין כוחות הממשלה לכוחותיו של סגן הנשיא הראשון ריק מצ'אר. ימים ספורים קודם לכן, ב-7 ביולי, הודיע דובר ה-SPLA כי שני מטוסי קרב יטוסו במופע אווירי לכבוד יום העצמאות החמישי עד ה-9 ביולי וביקש מהציבור "לא להיכנס לפאניקה"; בהצהרתו, כפי שדווח ברדיו Eye, לא נאמר לאן הם יטוסו.

דיווח ויקיפדיה על הקרב, המצטט את העיתונאי פיטר מרטל, מציין כי מטוסי קרב ומסוקי תקיפה ממשלתיים תקפו כוחות אופוזיציה ב-10 ביולי, וה"יפן טיימס" דיווח כי מחנות אופוזיציה בג'בל הופצצו על ידי מסוקים ממשלתיים. פיצוצים פגעו בטומפינג, האזור בו נמצאים שדה התעופה, שגרירויות ובסיס של האו"ם, ושני כוחות שמירת שלום סינים נהרגו ושמונה נפצעו כאשר נגמ"ש שלהם נפגע בתוך בסיס האו"ם. ב-15 ביולי, שני מטוסי C-17 גלובמאסטר של חיל האוויר ההודי הטיסו 143 בני אדם במסגרת מבצע סנקט מוצ'אן. נתוני הנפגעים וביצוע התקיפות האוויריות הם כפי שדווחו על ידי מקורות אלה; הממשלה לא פרסמה דיווח משלה על פעולות אוויריות בג'ובה.