כוחות ההגנה האסטוניים מתארכים את שדה התעופה לשנים 1940–1941, כאשר ברית המועצות, שכבשה את אסטוניה, הקימה במקום שדה צבאי. לאחר מלחמת העולם השנייה הוא שימש כשדה תעופה עתודה, ובשנת 1952 הפך לשדה תעופה ראשי. ויקיפדיה האנגלית, בהסתמך על מקורות רוסיים, אומרת שבשנת 1945 הוקם כאן שדה תעופה עתודה ימי עבור מטוסי קטלינה דו-חיים ומטוסי ליווי מדגם Yak-9P של רגימנט סיור ארוך טווח.

מסוף שנות ה-60 היה אמארי בסיס תקיפה בחזית. ויקיפדיה מפרטת את רגימנט מטוסי הקרב-מפציצים ה-88 מנובמבר 1967 עד אוגוסט 1984, שטס במטוסי מיג-17, לאחר מכן במטוסי מיג-21 PFM ולבסוף במטוסי מיג-27, לפני שעבר לקנטובו באוקראינה; היא גם מציינת רגימנט 321 שטס במטוס ה-Su-7B והוסב ל-Su-24 בשנת 1987, ורגימנט שטורמוביקים ימיים על ה-Su-24. כוחות ההגנה מאשרים את עיקרי הדברים: מטוסי תקיפה ותובלה ימיים מדגם Su-24 טסו מכאן בשנות ה-70 וה-80. מספרי הרגימנטים הם של ויקיפדיה ולא נבדקו מול מקור רשמי.

הבסיס נוהל על ידי רוסיה עד שנות ה-90. צבא ההגנה אומר שאסטוניה השתלטה על שדה התעופה בשנת 1994 והעבירה אותו למשרד ההגנה בשנת 1996; ויקיפדיה אומרת שחיל האוויר הרוסי ניהל אותו עד 1996. כך או כך, מה שאסטוניה ירשה היה מסלול המראה גדול והרבה בטון מתפורר, לא חיל אוויר.

בסיס האוויר הוקם רשמית כיחידה של חיל האוויר האסטוני ב-15 במאי 1997. הצי הראשון שלו היה צנוע: כוחות ההגנה רשמו שני מטוסי דו-כנפיים מדגם An-2, שלושה מסוקי Mi-2, מטוס וילגה 35A אחד וחמישה דאונים באמארי באותה שנה. טייסת משטרה צבאית שמרה על הבסיס עד 2004; כיום הוא מאויש על ידי אנשי צוות בשירות פעיל ואזרחים.

ההשקעה החשובה יותר הייתה בקרקע. אגף המעקב האווירי הוקם כאן ב-1 בינואר 1998, מרכז מבצעי ריבונות אווירית בשנת 2000 התפתח לתמונה אווירית 24 שעות ביממה עד 2001 וצבר יכולת שליטה במטוסי קרב עד 2006, ומכ"מים חדשים החליפו את מטוסי ה-P-37 הסובייטיים: TPS-77 בקלאברה בשנת 2003, ASR-8 באמרי בשנת 2004 ומטוסי Ground Master 403 בשנים 2013 ו-2015. מסוקי רובינסון R44 הגיעו בשנת 2002, וחכרו מטוסי L-39 משנת 2006.

בין השנים 2008 ל-2012 שופץ אמארי מקצה לקצה, כאשר מסלול המראה חדש נפתח בסתיו 2010. העניין לא היה מטוסים אסטוניים, שלעולם לא יזדקקו למסלול המראה באורך 2,750 מטר, אלא מטוסים של בעלות הברית: הבסיס הוכן כשדה תעופה של נאט"ו למקרה שתגבורות יצטרכו להגיע.

אסטוניה הצטרפה לנאט"ו ב-29 במרץ 2004, ולוחמים של בעלות הברית פיקחו מאז על שמי הים הבלטי משאולי שבליטא. לאחר שרוסיה כבשה את קרים ב-2014, חיזק נאט"ו את המשימה. ב-30 באפריל 2014 נחתו ארבעה מטוסי F-16 של חיל האוויר המלכותי הדני באמארי לסיור של ארבעה חודשים, ו"אסטוניה וורלד" דיווח על פתיחת בסיס האוויר הבלטי השני של נאט"ו יומיים לאחר מכן. מאז ה-1 במאי 2014 ממוקמת כאן יחידת התרעה מהירה של נאט"ו.

טבלת הרוטציות של כוחות ההגנה נראית כמו מסדר של הברית. מטוסי הטייפון של גרמניה עקבו אחר הדנים באוגוסט 2014; ספרד, בריטניה, בלגיה, איטליה, צרפת, צ'כיה, פולין, הולנד ופורטוגל באו בעקבותיהם בעשור שלאחר מכן, וטורקיה הגיעה בשנת 2026. איטליה הביאה מטוסי F-35A במאי 2021, והולנד הביאה מטוסי F-35A בדצמבר 2024. הטבלה מונה שנים עשר חילות אוויר בסך הכל.

רוב הסבבים נמשכים כארבעה חודשים ומביאים ארבעה עד שמונה מטוסי קרב יחד עם צוותי הקרקע שלהם. המשימה האסטונית היא להיות המארחת: טייסות הבסיס מספקות את מסלול ההמראה, הדלק, הדיור והאבטחה, וכנף המעקב האווירית שולטת במטוסי הסילון באוויר. חלוקת עבודה זו היא כל התיאוריה של חיל האוויר האסטוני להגנה אווירית.

בעלות הברית שילמו עבור חלק ניכר מהבסיס בו הן משתמשות. ERR דיווח בדצמבר 2017 כי ארצות הברית כבר השקיעה יותר מ-1432 מיליון פונט (4.32 ש"ח) באמארי במסגרת יוזמת ההרתעה האירופית, שהושקה ביוני 2014, וכי חוק הרשאת ההגנה הלאומית משנת 2018, שנחתם ב-12 בדצמבר 2017, הוסיף 143.9 מיליון פונט (4.33 ש"ח) להרחבת אזור הקרב ומתקני הדלק.

עד שנת 2024, המסלול שהונח בשנת 2010 נזקק לחידוש ריצוף. המרכז האסטוני להשקעות ביטחוניות חתם על חוזה שיפוץ של מסלול ההמראה, מסלולי ההסעה, הסינון, הסימונים והתאורה בסכום של 18.5 מיליון אירו, ובינואר 2024 שרת ההגנה של לוקסמבורג, יוריקו בקס, חתמה על הסכם לתשלום 12 מיליון אירו מהסכום. אמארי נסגר למטוסי קרב החל ממרץ 2024; יחידת נאט"ו עברה ללילווארדה בלטביה, כאשר מטוסי יורופייטר גרמניים היו מטוסי נאט"ו הראשונים שטסו במשימה משם, בעוד שמטוסי אסטוניה עברו לפארנו. רק מסוקים של בעלות הברית השתמשו באמארי, ומרכז בקרה ודיווח גרמני פעל מהבסיס ממרץ עד יוני.

המסלול נפתח מחדש ב-8 בנובמבר 2024, כאשר מתקן הסעדה חדש וצריפים נמצאים בבנייה. מפקד הבסיס, סגן אלוף מאנוס ניגול, אמר שהמטרה היא להבטיח את חסינות המרחב האווירי של אסטוניה ונאט"ו. מטוסי F-35 הולנדים הגיעו ב-1 בדצמבר 2024 כסבב הראשון שחזר.

הקצב השתנה בשנת 2025. במרץ, מטוסי F-35 הולנדים מאמארי ירו טילי AIM-9 לעבר רחפנים מול רות'ה ודיווחו על 10 טיסות זיהוי נגד מטוסים רוסיים. בבוקר ה-19 בספטמבר 2025, שלושה מטוסי מיג-31 רוסיים נכנסו למרחב האווירי האסטוני ליד האי ויינדלו ונשארו כ-12 דקות, ללא תוכניות טיסה, משיבים כבויים וללא קשר רדיו, על פי כוחות ההגנה. מטוסי F-35 איטלקיים מאמארי טסלו וליוו אותם החוצה; Estonian World מדווח כי מטוסי גריפן שוודיים עקבו אחריהם מעל הים הבלטי. זו הייתה ההפרה הרביעית של רוסיה השנה.

אסטוניה ביקשה התייעצויות לפי סעיף 4 של נאט"ו וזימנה את נציגי רוסיה. עמדתה של רוסיה, כפי שוויקיפדיה מסכמת בדיווח של רויטרס, הייתה שהמטוסים טסו במרחב אווירי ניטרלי ולא הפרו דבר. חבר הפרלמנט האסטוני, איריק-ניילס קרוס, ציין כי אזורי הפיקוח האווירי ליד ויינדלו אינם עוקבים בדיוק אחר גבול המדינה, וטען כי אסטוניה צריכה לחכור מטוסי קרב משלה.

בנובמבר 2025 חיל האוויר פתח במבצע לפיזור יחידות מעקב אווירי והגנה אווירית הרחק מבסיסיהן נגד רחפנים, כאשר טייפון איטלקי באוויר וסוללת SAMP/T איטלקית על הקרקע. יחידת הירי הראשונה מדגם IRIS-T SLM הגיעה לאמארי ב-22 ביוני 2026. ב-31 ביולי 2026, מטוסי ה-F-16 של פורטוגל הועברו לטייסת 181 של טורקיה, הסבב הטורקי הראשון מאמארי, ולמחרת נאט"ו שינה את שם המשימה להגנה אווירית בלטית, ובכך סיימה יותר מ-22 שנות שיטור אווירי הן מבחינה טכנית והן מבחינה מעשית.