エストニア国防軍によると、この飛行場は1940年から1941年にかけて、エストニアを占領していたソ連がこの場所に軍用飛行場を建設した際に開設された。第二次世界大戦後、予備飛行場として使用され、1952年に主要飛行場となった。英語版ウィキペディアは、ロシア語の情報源に基づき、1945年に長距離偵察連隊のカタリナ水陸両用機とYak-9P護衛戦闘機のための海軍予備飛行場がここに設置されたと述べている。.

1960年代後半から、アマリは最前線の攻撃基地でした。ウィキペディアには、1967年11月から1984年8月までMiG-17、その後MiG-21PFM、そして最後にMiG-27を運用し、その後ウクライナのカナトヴォに移転した第88戦闘爆撃航空連隊が記載されています。また、Su-7Bを運用し、1987年にSu-24に機種転換した第321連隊と、Su-24を運用する海軍のシュトゥルモヴィク連隊についても記載されています。国防軍は、1970年代と1980年代にここから海軍のSu-24攻撃機と輸送機が飛び立ったという基本的な事実を確認しています。連隊番号はウィキペディアによるもので、公式の情報源と照合されていません。.

この基地は1990年代までロシアによって運営されていた。国防軍は、エストニアが1994年に飛行場を引き継ぎ、1996年に国防省の管轄下に置いたと主張している。一方、ウィキペディアには、1996年までロシア空軍が管理していたと記されている。いずれにせよ、エストニアが引き継いだのは、空軍ではなく、大きな滑走路と大量の老朽化したコンクリートだった。.

この空軍基地は、1997年5月15日にエストニア空軍の部隊として正式に設立された。当初の保有機材は小規模で、国防軍の記録によると、同年アマリ基地にはAn-2複葉機2機、Mi-2ヘリコプター3機、Wilga 35Aグライダー1機、グライダー5機が配備されていた。2004年までは憲兵隊が基地を警備していたが、現在は現役軍人と民間人が勤務している。.

より重要な投資は地上設備に向けられた。1998年1月1日に航空監視航空団がここで編成され、2000年に設立された領空主権作戦センターは2001年までに24時間体制の航空状況監視体制へと発展し、2006年までに戦闘機管制能力を獲得した。また、ソ連製のP-37レーダーは新型レーダーに置き換えられ、2003年にはケラヴェレにTPS-77、2004年にはアマリにASR-8、2013年と2015年にはグラウンドマスター403が導入された。2002年にはロビンソンR44ヘリコプターが到着し、2006年からはL-39ジェット機がリースされた。.

2008年から2012年にかけて、アマリ基地は全面的に改修され、2010年秋には新しい滑走路が開通した。重要なのは、2,750メートルの滑走路を必要とすることのないエストニアの航空機ではなく、同盟国の航空機だった。この基地は、増援部隊が飛来する必要が生じた場合に備えて、NATOの飛行場として準備されていたのだ。.

エストニアは2004年3月29日にNATOに加盟し、それ以来、同盟国の戦闘機がリトアニアのシャウレイからバルト海の空域を警備してきた。2014年にロシアがクリミアを併合した後、NATOは任務を強化した。2014年4月30日、デンマーク空軍のF-16戦闘機4機が4ヶ月間の哨戒任務のためアマリに着陸し、2日後にはエストニア・ワールドがNATOの2番目のバルト海空軍基地の開設を報じた。2014年5月1日からは、NATOの即応警戒部隊がここに駐留している。.

防衛軍のローテーション表は、まるで同盟国の点呼のようだ。ドイツのタイフーンは2014年8月にデンマークに続いて配備され、その後10年間でスペイン、イギリス、ベルギー、イタリア、フランス、チェコ共和国、ポーランド、オランダ、ポルトガルが続き、トルコは2026年に到着した。イタリアは2021年5月にF-35Aを、オランダは2024年12月にF-35Aを配備した。この表には合計12の空軍が記載されている。.

ほとんどのローテーションは約4ヶ月間続き、4機から8機の戦闘機とその地上整備員が派遣される。エストニア側の役割はホスト役を務めることであり、基地の飛行隊が滑走路、燃料、宿舎、警備を提供し、航空監視航空団が空中のジェット機を管制する。この分業体制こそが、エストニア空軍の防空理論の根幹を成すものである。.

同盟国は、使用する基地の大部分の費用を負担している。ERRは2017年12月に、米国が2014年6月に開始された欧州抑止イニシアチブの下でアマリにすでに14兆3200万ユーロ以上を投資しており、2017年12月12日に署名された2018年国防権限法により、戦闘機駐機場と燃料施設の拡張のために14兆1390万ユーロが追加されたと報じた。.

2024年までに、2010年に敷設された滑走路は再舗装が必要となった。エストニア国防投資センターは、滑走路、誘導路、エプロン、標識、照明の改修に1,850万ユーロを契約し、2024年1月、ルクセンブルクのユリコ・バッケス国防相は、そのうち1,200万ユーロを支払う契約に署名した。アマリは2024年3月から戦闘機の運用が停止され、NATOの部隊はラトビアのリエルヴァルデに移転し、ドイツのユーロファイターがそこから任務を遂行する最初のNATOジェット機となった。一方、エストニアの航空機はパルヌに移転した。アマリは同盟国のヘリコプターのみを使用し、ドイツの展開可能な管制・報告センターが3月から6月まで基地から運用された。.

滑走路は2024年11月8日に再開され、新しい食堂と兵舎が建設中である。基地司令官のマアヌス・ニグル中佐は、目標はエストニアとNATOの領空の不可侵性を確保することだと述べた。オランダ軍のF-35戦闘機は、最初の交代部隊として2024年12月1日に到着した。.

2025年に入ると状況は一変した。3月、オランダ空軍基地のF-35戦闘機がルチャ沖で標的ドローンにAIM-9ミサイルを発射し、ロシア機に対する識別飛行を10回実施したと報告した。2025年9月19日朝、ロシアのMiG-31戦闘機3機がヴァインドロー島付近のエストニア領空に侵入し、飛行計画もトランスポンダーも無線連絡もなしに約12分間滞空したと国防軍は発表した。イタリア空軍基地のF-35戦闘機が緊急発進して護衛し、エストニア・ワールド紙はスウェーデンのグリペン戦闘機がバルト海上空で追跡したと報じた。これは同年4度目のロシアによる領空侵犯だった。.

エストニアはNATO条約第4条に基づく協議を要請し、ロシアの臨時代理大使を召喚した。ロイターの報道をウィキペディアが要約しているように、ロシアの立場は、ジェット機は中立空域を飛行しており、何ら違反行為はしていないというものだった。エストニアの国会議員エーリク＝ニーレス・クロス氏は、ヴァインドロー付近の航空管制区域は国境線に正確に沿っていないと指摘し、エストニアは自国の戦闘機をリースすべきだと主張した。.

2025年11月、空軍はドローン対策として、イタリアのタイフーン戦闘機とイタリアのSAMP/T砲台を地上に配置し、航空監視および防空部隊を基地から分散させる作戦を開始した。最初のIRIS-T SLM発射部隊は2026年6月22日にアマリに到着した。2026年7月31日、ポルトガルのF-16戦闘機はトルコの第181飛行隊に引き渡され、トルコ軍によるアマリからの最初の交代となった。翌日、NATOは任務名をバルト海防空に変更し、名目上も実際上も22年以上続いた航空警備に終止符を打った。.