マフラクはアンマンからシリアへ北上する旧道沿いに位置しており、それがイギリスがそこを欲した理由である。英語版ウィキペディアは、CGジェフォードの標準的な参考書であるRAF飛行隊に関する記述に基づき、1920年代にイギリス空軍がそこに装甲車を配備し、第14飛行隊が1920年2月から1924年6月まで分遣隊としてブリストルF.2戦闘機をそこから出撃させていたと記録している。トランスヨルダンでは、イラクと同様にイギリス空軍がイギリスの支配の主要な手段であり、空軍力は駐屯部隊よりも安価であった。.

ジェット機の時代に飛行場は拡張した。1951年には新しい建物とコンクリートの滑走路を備えて再建され、同年4月には第249飛行隊がヴァンパイアFB.5を配備した。第6飛行隊の分遣隊は1954年10月から1955年9月までヴェノムをここで運用し、第32飛行隊のヴェノムFB.1はスエズ危機の時期である1956年10月から1957年1月までマフラクに駐留していた。その後、ヨルダンの政治がRAFを凌駕するようになった。フセイン国王は1956年3月1日にグルブ・パシャを解任し、1957年5月31日にはRAFマフラクは撤退し、ヨルダン政府に引き渡された。.

1959年6月、この基地は、自身もパイロットであったフセイン国王にちなんでキング・フセイン空軍基地と改名された。1960年には第4飛行隊がチップマンク戦闘機による飛行訓練を開始し、英語版ウィキペディアには初期の頃にハンター戦闘機とヴァンパイア戦闘機の飛行隊がここに駐留していたと記載されている。マフラクはヨルダンの戦闘機が配備されていた場所であり、イスラエルとの衝突が最初に感じられた場所となった。.

1966年11月13日、イスラエルは戦車を含む大規模な地上部隊を、当時ヨルダンの支配下にあったヨルダン川西岸のサム村に派遣した。英語版ウィキペディアのこの襲撃に関する記述によると、マフラク基地から8機のヨルダン空軍ハンター戦闘機が出撃し、4機のイスラエル空軍ミラージュIII戦闘機と遭遇した。ハンター戦闘機1機が撃墜され、パイロットが死亡、イスラエル空軍機1機が損傷し、着陸を余儀なくされた。パイロットはムワファク・サルティ中尉で、後に空軍は彼の名をアズラク基地に付けた。11月25日、国連安全保障理事会は決議228号でイスラエルのこの襲撃を非難した。.

7か月後、この基地は攻撃の標的となった。1967年6月5日、ヨルダンのハンター戦闘機がネタニヤを攻撃した後、イスラエル空軍はヨルダンの空軍基地を2波に分けて攻撃した。第1波では滑走路にクレーターができ、管制塔が破壊され、第2波ではイスラエル側の発表によると、ヨルダンのハンター戦闘機21機、輸送機6機、ヘリコプター2機が破壊された。英語版ウィキペディアの同基地に関する記事には、マフラクの格納庫1棟、航空機数機、滑走路1本が破壊されたと記されている。これらの数字はイスラエル側のものであり、マフラク単独のヨルダン側の数字は見つかっていない。.

1967年以降、航空機を失ったヨルダン空軍はゆっくりと再建を進め、マフラク基地は空軍の訓練校となった。英語版ウィキペディアによると、ヨルダンにおける本格的なパイロット訓練は1974年に同基地で始まり、最初の卒業生は1975年に輩出された。それまでヨルダン人パイロットは主に海外で訓練を受けていた。1978年、同基地はキング・フセイン空軍大学と改称された。1979年には参謀学校が設立され、1990年には空軍指揮幕僚大学が設立されたが、後に解散した。.

同校で最も有名な卒業生はムアズ・アル・カサスベである。英語版ウィキペディアによると、彼は2009年にキング・フセイン航空大学を卒業し、F-16の資格を取得し、2012年にはムワファク・サルティ空軍基地から飛行していた。2014年12月24日、彼の乗機がラッカ近郊で墜落した際に捕らえられ、イスラム国によって殺害された。同校は空軍とともに変化しており、2020年には初の女子士官候補生が卒業し、2022年11月には、Breaking Defenseの報道によると、空軍はロビンソンR44に代わるベル505訓練ヘリコプター10機を同校に発注し、航空科学、航法、航空交通管制の3年間のプログラムを支援することになった。.

現在マフラクでどのような航空機が運用されているかは、空軍がこのページで確認できるような形で公表していない。ウィキペディアのRJAFの記事では、空軍のウェブサイトを引用して、訓練飛行隊と飛行教官学校がここにあるとしており、空軍のピラタスPC-21とグロブG 120TP練習機が有力候補だが、これらの機体の基地がここにあるかどうかは確認されていない。.