建設は1937年後半に始まったが、基地の開設時期については資料によって食い違いがある。地元の航空史に関する2つの資料では1940年11月4日としている一方、RAFメモリアル・フライト・クラブでは1941年1月7日を公式開設日としており、RAFの基地ページには1941年としか記載されていない。これらの日付はどれも一致していないため、このページでは1940年11月4日から1941年1月7日までとしている。いずれにせよ、コニングスビー基地は爆撃機軍団第5グループの基地として開設された。.

第106飛行隊は1941年2月下旬にハンプデン爆撃機を携えて到着した。3月1日から2日にかけて行われたケルンへの初作戦は、出撃が難航した。8機が配備されたものの、離陸できたのはわずか5機だった。その2日後、同基地は最初の機体であるハンプデンX3002を乗員4名とともに失った。第97飛行隊は3月にアブロ・マンチェスター爆撃機を携えて到着し、両飛行隊はコニングスビーでランカスター爆撃機への機種転換を行った。.

ガイ・ギブソンは1942年春にコニングスビーの第106飛行隊に加わり、4月22日に同飛行隊で初のマンチェスター作戦に参加し、7月にはランカスター爆撃機を操縦した。同飛行隊は1942年9月と10月の変わり目（資料によっては9月30日と10月1日）にRAFサイアーストン基地へ移動した。その後、コニングスビー基地は1942年9月から1943年8月まで事実上閉鎖され、その間に最長1,950ヤードの3本の舗装滑走路が敷設された。.

再建された飛行場は、1943年8月30日に第617飛行隊を受け入れた。9月14日から15日にかけて、同飛行隊のランカスター爆撃機はドルトムント・エムス運河に向けて出撃したが、悪天候のため引き返した。デイビッド・マルトビーの機体は、ほぼ間違いなくモスキートとの衝突により失われた。翌晩、8機が12,000ポンド爆弾を携えて再び出撃を試みたが、新指揮官のジョージ・ホールデンを含む5機が失われた。運河は無傷だった。同飛行隊は1944年1月にウッドホール・スパに移り、4月からは第83飛行隊と第97飛行隊が第5グループの先導機としてコニングスビーから1946年まで飛行した。.

戦後、この基地では短期間リンカーン、1950年3月までモスキート、1950年から1953年までボーイング・ワシントン、イギリス空軍のB-29、そして1953年から1961年までイングリッシュ・エレクトリック・キャンベラが運用された。キャンベラはコニングスビーにジェット爆撃をもたらしたが、冷戦のより永続的な遺産は、フェンスのすぐ外にあるブラック・ホルトと呼ばれる場所にある。ヒストリック・イングランドの記録によると、ここはイギリスの原子兵器の補助保管場所の1つとして選ばれた場所である。.

1950年代初頭、ブラック・ホルトは、全長7.3メートル、重量4トンのイギリス初の運用可能な原子爆弾「ブルー・ダニューブ」の補助保管場所に転用された。爆弾は盛り土された鉄筋コンクリート製の建物に保管され、核分裂性物質は別々に保管された。その後、イエロー・サン・マーク1に至るまで、様々な兵器が保管された。ヒストリック・イングランドは、保管ベイを24箇所と数え、その数はコニングスビーに配備されていた8機編成のV爆撃機3個飛行隊と関連付けている。.

これらの飛行隊は1962年に配備されたバルカン爆撃機を運用していた。RAF博物館のバルカンXM598の記録によると、同機は1963年9月4日にコニングスビーの第12飛行隊に納入された。1964年3月1日、第9、第12、第35飛行隊はコニングスビー航空団に統合され、同年11月7日、航空団はRAFコッテスモアに移転し、コニングスビーの短いバルカン爆撃機部隊時代は幕を閉じた。.

ブラックホルトは爆撃機の時代を生き延びた。1980年代、主要な飛行場が核・生物・化学兵器攻撃への耐性を強化するにつれ、その丘陵地にある試験施設の一つが安全指揮所となった。この施設は1990年代に閉鎖され、民間の手に渡り、2020年2月24日、ヒストリック・イングランドはかつての試験施設をグレードIIに指定した。RAFコニングスビー自体は、閉鎖後もずっと運用され続けた。.

コニングスビーはマクドネル・ダグラス・ファントムFGR2を配備した戦闘機基地となった。1968年8月、同基地に第228運用転換訓練部隊が最初のファントム部隊として編成され、続いて1969年5月に第6飛行隊、同年9月に第54飛行隊、1972年4月に第41飛行隊が編成された。コニングスビー基地のファントムは当初地上攻撃任務に従事していたが、ジャガーが地上攻撃任務を引き継ぐと防空任務へと移行した。.

ファントム時代は、同基地にとって平時における最悪の損失をもたらした。1974年8月9日、基地司令官のデイビッド・ブルーク大佐が操縦する第41飛行隊のファントムが、ノーフォーク上空で農薬散布機と衝突し、ブルーク大佐、航法士のテレンス・カークランド中尉、そしてポーニー基地のパイロット、ポール・ヒックモット（24歳）が死亡した。事故調査官は、軍用機と民間機の低空飛行を調整するシステムがなかったことが原因だと結論付けた。.

航空史料局によると、防空トーネードは暫定型のF2として1984年に就役し、最初のトーネードF3は1986年7月にコニングスビー基地に到着した。第229運用訓練部隊（OCU）は同月、F3の乗員訓練を開始し、最初のF3運用部隊である第29飛行隊は1987年4月にコニングスビー基地でF3を運用開始した。1990年までに、F3は5つの飛行隊に配備され、いずれもイギリス国内に拠点を置いていた。.

1990年8月にイラクがクウェートに侵攻した際、第5飛行隊と第29飛行隊の乗組員はキプロスの兵器訓練キャンプにおり、そのままダーランに派遣された。航空史料部は、8月11日までに12機のF3がダーランに配備され、9月22日までに18機が配備されたと記録している。グランビー作戦中、複数の基地から集められたF3部隊は2,666回の出撃を行い、そのうち698回は砂漠の嵐作戦中の戦闘出撃であった。.

コニングスビーは、タイフーンを最前線で運用した最初のイギリス空軍基地でした。2003年に再編成された第29飛行隊は、同機を受領した2番目のイギリス空軍飛行隊であり、初期のタイフーン部隊は2005年にBAEシステムズのウォートン飛行場から移転してきました。第3（戦闘）飛行隊は2006年に最初の最前線タイフーン飛行隊として到着し、第XI（戦闘）飛行隊は2007年に多用途タイフーン飛行隊として編成されました。.

2007年6月29日、第3（戦闘）飛行隊がトーネードF3からコニングスビー基地の即応警戒任務を引き継いだことで、タイフーン戦闘機が運用開始となった。当時、同基地には43機のタイフーンが納入されていた。コニングスビー基地は任務の南半分を、ロスシーマス空軍基地は北半分を担当している。2012年、英国空軍はパイロットが月に1～2回、24時間体制の即応警戒任務に就いていると発表した。.

国防省は正確な発射回数を公表していない。2020年には、両基地を合わせた英国QRA航空機の発射日数のみを公表した。2015年から2019年までの日数は、それぞれ12日、12日、6日、9日、14日だった。発射音は地上でも聞こえることがある。2021年1月12日、コニングスビー基地のタイフーン戦闘機が通信途絶した民間航空機に到達するため超音速で飛行し、その轟音はロンドンと東部諸州にまで届いた。.

現在、英国空軍は第3（戦闘）飛行隊と第11（戦闘）飛行隊を最前線部隊として挙げており、第29飛行隊はタイフーンパイロットの訓練を担当している。第12飛行隊は2018年7月に英国空軍とカタール首長国空軍の合同タイフーン飛行隊として再編成され、2020年にコニングスビーで共同作戦を開始した。第11（戦闘）飛行隊は、タイフーンの戦闘デビュー戦であるリビア2011の戦功章を継承している。.

この飛行隊は、1957年7月11日にRAFビギンヒルでRAF歴史航空機飛行隊として発足し、バトル・オブ・ブリテン飛行隊となり、1969年に現在の名称となった。1959年から1965年の間、同飛行隊はスピットファイアPM631とハリケーンLF363の計1機のみを保有しており、両機とも現在も現役である。1976年3月1日にRAFコルティシャルからコニングスビーに移駐し、2026年には同基地が同飛行隊の本拠地となって50周年を迎えた。.

英国空軍は、保有する機体をスピットファイア5機、ハリケーンLF363とPZ865、ランカスターPA474、ダコタZA947、チップマンクWG486とWK518の2機としている。飛行隊は、現在世界で飛行可能なハリケーンは12機、ランカスターは2機しか残っていないと指摘している。格納庫はビジターセンターを通じて一般公開されており、リンカンシャー州議会との提携により最近改装された。2018年の英国空軍創設100周年には、格納庫には英国空軍博物館のホーカー・タイフーンMN235も展示された。これは同型機で唯一現存する機体である。.

1991年9月11日、ハリケーンLF363は、コニングスビーからジャージー島へランカスターとスピットファイアと共に編隊飛行中、カムシャフトの故障に見舞われた。エンジンはウィッタリング空軍基地への着陸進入中に停止し、機体は飛行場に墜落した。パイロットは足首の骨折と軽度の火傷で済んだ。修復には数年を要し、飛行隊は修復費用を捻出するためスピットファイアPS853を売却した。LF363は1998年9月29日に再び飛行した。.

BBMFの事故で死亡者が出たのは1件のみである。2024年5月25日、1944年製のスピットファイアMK356がコニングスビー近郊で墜落し、マーク・ロング少佐（43歳）が死亡した。FlightGlobalは、1957年以来BBMF機による初の死亡事故として報じた。BBMFは飛行停止となった。2025年3月、調査が続く中、イギリス空軍はスピットファイアとハリケーンの飛行再開を許可した。.

現在タイフーンの戦術をテストしているこの飛行隊は、長い戦闘実績を持つ。1916年に王立飛行隊第41飛行隊として編成され、フランスに派遣された同飛行隊は、スピットファイアを操縦してダンケルクやバトル・オブ・ブリテンを戦い抜いた。バトル・オブ・ブリテンでは、イギリス空軍で最も多くの戦果を挙げたパイロット、エリック・ロックが同飛行隊に所属していた。1944年には、わずか9週間で53発のV-1飛行爆弾を撃墜した。.

同飛行隊がコニングスビー基地と初めて関わりを持ったのは1972年4月1日で、ファントムFGR2で再編成された時だった。1974年8月にノーフォーク上空で発生した致命的な衝突事故で基地司令官が操縦していたのは、同飛行隊のファントムのうちの1機だった。同飛行隊は1977年にジャガーに機種転換し、コニングスビー基地からのファントム運用は5年間で終了した。同飛行隊のモットーは「探し出して破壊せよ」である。.

2006年、第一線部隊としての解散の危機に直面した同部隊は、第41（予備）飛行隊、高速ジェット機および兵器運用評価部隊となった。2013年には第41（予備）試験評価飛行隊となり、初のタイフーン戦闘機を受領した。現在は第41試験評価飛行隊と表記され、RAFワディントン基地に本部を置く航空宇宙戦センターに所属しており、RAFは同部隊の主な任務をタイフーンの能力および戦術開発としている。.