海軍がヘリコプターを再び活用し始めたのは1975年のことで、海軍自身の歴史によれば、アテネの旧空港であるエリニコに4機のエアロスパシアル・アルエットIIIが配備され、海軍ヘリコプター飛行隊が編成された。1979年から1982年にかけて、アグスタ社は11機のAB 212ASWと2機のAB 212EWヘリコプターを納入した。これらはギリシャ軍艦から潜水艦を捜索できる最初のヘリコプターであり、1980年にはスカラマンガのアムフィアリ海軍基地に海軍ヘリコプター司令部が設置された。.

1986年、司令部はマラトンの北西にあるコトロニ海軍要塞に移転し、飛行場を運営するためにギリシャ海軍ヘリコプター基地が設立された。海軍が列挙する基地の任務は、航空管制、警備・防衛、インフラ整備、消防、憲兵、兵站であり、飛行は各飛行隊の管轄である。アンフィアリは現在も海軍ヘリポートとして、航空司令部の傘下施設リストに残っている。.

1997年、海軍は2つのヘリコプター飛行隊を編成した。第1飛行隊はAB 212を運用し、2004年までは電子戦型、2013年まではアルエットIIIを運用した。タツノオトシゴと潜水艦のエンブレムは対潜任務を象徴しており、海軍によれば、これらの機体は7万時間以上飛行している。1997年11月17日に編成された第2飛行隊は、1991年12月20日にシコルスキー社に発注されたシーホークの派生型であるS-70B-6エーゲアンホークを運用した。最初の機体であるHN 51は1994年3月22日に初飛行し、1995年3月18日に納入された。2005年までに11機が運用された。.

第3世代はMH-60Rです。ギリシャは2020年7月に4機、2021年4月に3機を発注し、ギリシャシティタイムズによると、最初の3機は2024年3月20日にコトロニ基地に配備されました。海軍は、ヘルファイアミサイル、APKWSロケット、Mk 46魚雷、7.62mm機関銃、潜水艦捜索用のディッピングソナーとソノブイを兵装として挙げています。さらに4機が2026年までに配備される予定でしたが、このページでは到着が確認されていません。英語版ウィキペディアでは、両ヘリコプター飛行隊はエレフシス基地に配備されていますが、海軍のページと報道では、ヘリコプターとその指揮所はコトロニ基地に配備されています。.

海軍のヘリコプターはフリゲート艦から発進するが、最も有名な任務は損失という結果に終わった。1996年1月31日未明、イミア危機の間、フリゲート艦ナヴァリノから発進したAB 212ヘリコプターが、ギリシャがギリシャ領とみなし、トルコがカルダック島と呼ぶ島々の上空を夜間偵察飛行していた。ヘリコプターは墜落し、クリストドゥロス・カラタナシス中佐、パナギオティス・ヴラハコス中尉、ヘクター・ギアロプソス下士官が死亡した。ウィキペディアにはトルコ軍の砲撃が原因との憶測が記されているが、両政府による公式な確認は見つかっていない。.

20年後、海軍は再びヘリコプターを失った。Militaire.grは、2016年2月11日にPN-28が失われ、3人が死亡したと報じたが、公式情報源から状況は確認されていない。2026年1月、イミア事件30周年に、キリアコス・ミツォタキス首相は1996年の3人のパイロットに敬意を表した。.

コトロニ基地から出撃するヘリコプター部隊の任務の大部分は捜索救助である。第2ヘリコプター飛行隊は、対水上戦および対潜水艦戦を第一に挙げているが、捜索救助、医療搬送、垂直補給、特殊作戦なども行っており、2014年以降、3,000時間以上の飛行時間と450人以上の救助実績を誇る。同隊の記録には、炎上したフェリー「ノーマン・アトランティック」からの救助活動や、2023年9月の暴風雨「ダニエル」後のテッサリア地方の洪水救援活動が特筆されている。.

MH-60Rは、基地の海上における活動範囲を大きく広げる。海軍は、パイロット2名とシステムオペレーター1名からなる乗員、T700-GE-401Cエンジン2基、最大離陸重量10,700kg、レーダー、ディッピングソナー、ソノブイ発射装置、電気光学砲塔、データリンク、自己防御システムを装備した。兵装は、ヘルファイアミサイル、APKWSレーザー誘導ロケット、Mk 46魚雷、7.62mm機関銃である。MH-60Rが加わるS-70Bエーゲアンホークはペンギン対艦ミサイルを搭載しており、海軍の同飛行隊のエンブレムにはミサイルのシルエットが描かれている。.