ワディ・セイドナの存在は第二次世界大戦に由来する。当時、連合軍の中東およびインドへのフェリー航路がスーダンを横断していた。この時期に関する唯一の情報源である英語版ウィキペディアによると、イギリス空軍第114整備部隊が1942年4月にここで編成され、1943年2月に解散したこと、そしてこの飛行場が航空機の熱帯地域での試験に使用されたことが記録されている。.

アメリカ軍も到着した。同じ記事によると、アメリカ陸軍航空隊第46輸送飛行隊は1942年12月2日にワディ・セイドナで編成され、ダルフールのエル・ジェネイナからカラチ、カイロからテヘランに至る輸送ルートを飛行した。1944年5月7日、イギリス空軍はここに第115（輸送）航空団を設置した。ウィキペディアによると、この飛行場は1946年までにイギリス軍の運用を終了したが、スーダン軍の手に渡った日付は確認できる資料には記載されていない。.

独立後のスーダンは、ワディ・セイドナを空軍の二大拠点の一つとした。英語版ウィキペディアでは、1991年時点でハルツームとワディ・セイドナが空軍の二大拠点として挙げられており、ワディ・セイドナは「長年にわたり訓練センターおよび空軍基地として確立されている」とされ、かつて第2戦闘攻撃飛行隊が中国製のJ-7戦闘機を運用していた時期もあった。陸軍の士官養成機関である陸軍士官学校もワディ・セイドナに所在する。.

オムドゥルマンの北に位置するこの基地は、ダルフール紛争が首都にまで及んだ際に、その戦火の通り道となった。2008年5月10日、正義と平等運動（JEM）がオムドゥルマンを攻撃した。2018年にスーダン・トリビューン紙に掲載されたマフムード・A・スレイマンの論説によると、JEM部隊は「ワディ・セイドナ軍事基地を経由して」北から市内に侵入したという。現在、どの飛行隊が何機の航空機をここに配備しているかは、政府や主要メディアによって公表されておらず、ここにも記載されていない。.

2023年4月15日に軍と迅速支援部隊（RSF）の間で戦闘が勃発すると、ハルツーム国際空港は戦場と化した。軍が支配するワディ・セイドナが脱出路となった。スーダン・トリビューンは2023年4月24日、米国、英国、ドイツ、フランスが避難のために同基地を利用し、カタールとヨルダンはポートスーダンを利用したと報じた。軍はRSFが輸送隊の妨害を行ったと非難したが、RSFの副司令官は、外国人の避難を妨害しないよう部隊に命令したと述べた。.

イギリス軍の作戦は最大規模だった。イギリス政府によると、イギリス空軍は1週間で20回以上飛行し、最後の飛行は4月29日の夜だった。2023年5月1日までに、20カ国以上から5日から92歳までの2,197人がスーダンから避難した。第40コマンドー海兵隊も派遣部隊に含まれており、第51落下傘飛行隊の技術者たちは、飛行機の往来で滑走路の表面が崩れる中、夜間に飛行の合間に滑走路を修復した。国防省によると、これは1982年のフォークランド紛争以来、イギリス軍による初の実戦的な滑走路修復だった。イギリスは、飛行場をスーダン当局に返還したが、返還時の状態は発見時よりも良好だったと述べている。.

2024年からRSFは空からワディ・セイドナへの攻撃を開始した。英語版ウィキペディアによると、2024年3月21日、空軍最後のC-130Hハーキュリーズが地上走行中に特攻ドローンによって破壊されたとユーラシアン・タイムズ紙が報じている。2024年6月7日、軍は防空部隊がワディ・セイドナ軍事区域上空でRSFのドローン2機を撃墜したと発表し、2025年10月、ハルツーム空港が再開準備を進める中、スーダン・トリビューン紙は「重要な軍事基地」を標的としたドローンがさらに出現したと報じた。2026年3月中旬までに、同紙は軍の通信を引用し、ワディ・セイドナとハルツーム北部の近隣の軍事施設を標的とした15発以上の徘徊型弾薬が破壊されたと報じた。.

この基地にとって戦争で最悪の日となったのは、RSFが攻撃を主張した日ではなかった。2025年2月25日、アントノフ輸送機がワディ・セイドナを離陸直後、オムドゥルマンのアル・イスカン地区に墜落した。軍は技術的な不具合が原因だとし、バハリ軍管区司令官のバハル・アハメド・バハル少将が犠牲者の中に含まれていた。スーダン・トリビューンは当初、地上で少なくとも5人の民間人が死亡したと報じたが、英語版ウィキペディアはアルジャジーラを引用し、少なくとも46人が死亡したとしている。RSFは、その48時間前にニャラで軍のイリューシン機を撃墜したと主張していたが、ここで引用したオムドゥルマンでの墜落については主張していない。.