De Royal Air Force bouwde het vliegveld in 1944, tijdens de Tweede Wereldoorlog, en noemde het RAF Negombo naar het nabijgelegen vissersplaatsje. Wikipedia, die Jeffords standaardgeschiedenis van RAF-eskaders citeert, vermeldt No. 232 Squadron in 1945, No. 45 Squadron van 1946 tot 1949 en No. 249 Squadron in 1950, met No. 1303 Flight in 1945-1946.

De Royal Ceylon Air Force, opgericht op 2 maart 1951, begon hier als een tijdelijke basis. Volgens haar eigen geschiedenis werd No. 1 Flight, de voorloper van de Flying Training Wing, opgericht op 1 september 1951 op "Royal Ceylon Air Force Base Katunayake". Toen de regering van SWRD Bandaranaike de Britten van hun bases op Ceylon verdreef, nam de RCyAF de basis volledig over; de bronnen verschillen over 1956 of 1957, en het hoofdkwartier van de luchtmacht op Ceylon werd op 1 november 1957 ontbonden.

De bouw van een internationale luchthaven op dezelfde locatie begon in 1964 met Canadese hulp en werd voltooid in 1967. De burgerluchthaven kreeg in 1970 de naam Bandaranaike, werd in 1977 omgedoopt tot Katunayake International Airport en kreeg in 1995 de naam Bandaranaike terug. De luchtmacht behield haar deel van het vliegveld en Wikipedia merkt op dat een deel ervan "nog steeds een militair vliegveld is".

Gedurende het grootste deel van de jaren zeventig en tachtig bevonden de weinige straaljagers van de luchtmacht zich elders. Dat veranderde op 1 februari 1991, toen Squadron 5 werd heropgericht in Katunayake onder leiding van Squadron Leader Harsha Abeywickrama, met Chinese FT-5 trainingsvliegtuigen en F-7 gevechtsvliegtuigen.

In 1996 werd het 10e jachtvliegtuigeskader opgericht met Israëlische Kfir C2's en een TC2-trainingsvliegtuig. De Daily FT beschrijft het als "de belangrijkste aanvalsbommenwerperformatie" in de latere stadia van de oorlog. In 2000 voegden zes MiG-27's en een MiG-23UB-trainingsvliegtuig, herbouwd in Oekraïne, zich bij het 5e eskader; in november 2007 vormden ze een eigen eskader, het 12e, dat tot begin 2019 bestond.

Katunayake was dus de uitvalsbasis voor de bombardementen tijdens de laatste oorlog, en de beweringen en tegenbeweringen over de gevolgen daarvan voor de burgerbevolking horen thuis op de website van de luchtmacht, niet op de basis zelf. De basis ontving in maart 2001, het jaar waarin de luchtmacht haar 50-jarig jubileum vierde, de President's Colours.

Volgens het situatieverslag van de Sunday Times verzamelden de aanvallers zich op 23 juli na 21.00 uur op een speeltuin buiten de basis, knipten rond 01.15 uur het perimeterdraad door op een afgelegen plek van het 700 hectare grote complex en knipten later een gaashek tussen de straaljager- en helikoptereskaders door, waarna ze via een regenwaterafvoer het terrein betraden. Ze openden het vuur om 03.50 uur.

Wikipedia, die zich baseert op de Sunday Times, Jane's en Frontline, meldt dat acht militaire vliegtuigen zijn vernietigd: twee Kfirs, een MiG-27, drie K-8 trainingsvliegtuigen, een Mi-17 en een Mi-24; vijf K-8's, een MiG-27 en diverse helikopters raakten beschadigd. De aanvallers staken vervolgens de grens over naar het civiele luchtruim en vernietigden twee Airbus A330's en een A340 van SriLankan Airlines, en beschadigden nog drie andere passagiersvliegtuigen. De aantallen lopen uiteen: TamilNet meldde dat die ochtend 13 vliegtuigen waren vernietigd.

Volgens Wikipedia werden alle 14 aanvallers gedood; zeven overheidsfunctionarissen kwamen om het leven, hoewel eerste berichten over vier doden spraken. De luchthaven bleef 14 uur gesloten en Wikipedia schrijft de aanval toe aan een daling van 15,5 procent in het toerisme en de eerste jaarlijkse economische krimp in Sri Lanka sinds 1948. De commandant van de luchtmacht, luchtmaarschalk Jayalath Weerakkody, zei volgens de Sunday Times dat de luchtmacht de volledige verantwoordelijkheid voor de incidenten op zich nam.

Op maandag 26 maart 2007 om 00:45 uur voerde de LTTE haar eerste luchtaanval uit. De luchtmacht identificeerde het vliegtuig als een Tsjechisch gebouwd Zlin Z-143 vierzitter; de Sunday Times meldde dat er vier bommen werden afgeworpen, waarvan er één niet ontplofte. Ze troffen het gebouw met een zinken dak van de Luchtvaarttechnische Dienst en doodden drie leden van het reddingsteam die in de buurt sliepen; zestien raakten gewond en ongeveer vijf helikopters van het aangrenzende 4e Squadron liepen lichte schade op.

De reactie legde de tekortkomingen bloot. Een K-8 met nachtvliegcapaciteit werd meer dan 20 minuten na de aanval ingezet en verloor de aanvallers boven Mannar uit het oog. De krant meldde dat de in India gebouwde luchtverdedigingsradar niet was ingeschakeld. Zes F-7G-onderscheppingsvliegtuigen, gekocht uit China, arriveerden in 2008, zo blijkt uit de gegevens van de luchtmacht, specifiek om de lichte vliegtuigen van de LTTE te bestrijden.

De laatste Air Tigers kwamen in de nacht van 20 februari 2009 aan land. Twee Zlins, elk beladen met 215 kg C-4, volgens een militaire woordvoerder geciteerd door de Sunday Times. Door de stroomuitval in Colombo en het kanonvuur werd er rond 22.45 uur een neergehaald bij Katunayake; de andere stortte neer op het gebouw van de belastingdienst in Colombo. De krant meldde twee doden, een piloot en een 14-jarige jongen die door verdwaalde kogels werden geraakt, en 58 gewonden.

Tegen het einde van de oorlog waren er nog maar een paar Kfirs operationeel, en de economische crisis van 2022 zorgde ervoor dat de vloot jarenlang met geldgebrek kampte. In 2021 keurde de regering een revisie van vier eenzits Kfirs en een trainingstoestel goed door Israel Aerospace Industries, ter waarde van 1,4 miljard dollar, met een glazen cockpit en nieuwe avionica. Luchtmaarschalk Sudarshana Pathirana vertelde de Daily FT dat het doel was om de toestellen van analoge naar moderne digitale systemen te moderniseren.

Op 11 juni 2026 vloog het eerste vliegtuig dat was omgebouwd tot Kfir C12-standaard op de basis van Katunayake, in het bijzijn van de commandant, luchtmaarschalk Bandu Edirisinghe, en de minister van Defensie. De luchtmacht noemde de Kfir, die sinds 1996 in dienst was, haar 'leeuwenwelp'.