Peru bestelde de Mirage 2000 in december 1982, een contract ter waarde van 1,4 miljard dollar voor 14 eenzits 2000P's en twee tweezits 2000DP's, aldus de Engelstalige Wikipedia. De financiële situatie van het land dwong tot een reductie van tien en twee toen het contract in 1985 werd ondertekend. Het eerste toestel werd in juni 1985 in Frankrijk overgedragen; Zona Militar dateert de aankomst van de eerste vier in Peru op 23 november 1986, Wikipedia op december 1986, en Zona Militar meldt dat alle twaalf toestellen in juni 1987 in gebruik waren. Ze werden toegewezen aan Grupo Aéreo No. 4 van Ala Aérea No. 3 in La Joya, waar ze werden gevlogen door Escuadrón Aéreo 412 "Halcones".

Volgens Wikipedia voerden de Mirages in 1995 gevechtspatrouilles uit tijdens de Cenepa-oorlog met Ecuador; de geraadpleegde bronnen vermelden niet of die patrouilles vanaf La Joya werden uitgevoerd. Sindsdien draait het om het in goede staat houden van de oude straaljagers: een inspectie- en gedeeltelijk avionicaprogramma van US$ 140 miljoen in 2009, een grote inspectie in 2012 en in november 2024 het besluit van de luchtmacht om het type niet verder te moderniseren. In 2026 telt de Engelstalige Wikipedia negen 2000P's en twee 2000DP's die nog in dienst zijn; de Spaanstalige Wikipedia noemt er acht.

Tijdens de oorlog van 1982 tussen Argentinië en het Verenigd Koninkrijk over de eilanden die het VK de Falklandeilanden noemt en Argentinië de Islas Malvinas, stuurde Peru, onder president Fernando Belaúnde Terry, tien Mirage-jachtbommenwerpers naar Argentinië. Een geschiedenisboek van Zona Militar van Diego García Montaño (14 augustus 2022) beschrijft hoe de Peruaanse markeringen van de vliegtuigen werden vervangen door Argentijnse en hoe ze van Chiclayo naar "la base militar de la Joya, en Arequipa" vlogen, vervolgens naar de provincie Jujuy in Argentinië en verder naar Tandil, via een route die was gekozen om Chileense radar te vermijden.

Hetzelfde verslag meldt dat Peruaanse piloten zich vrijwillig aanmeldden om aan de zijde van de Argentijnen te vechten. Of de Mirages, volgens Wikipedia Mirage 5P's, operationeel hebben gevlogen vóór het staakt-het-vuren van 14 juni 1982, kon niet worden bevestigd in de geraadpleegde bronnen, en de details in het artikel zijn gebaseerd op de herinneringen van Peruaanse functionarissen in plaats van op gepubliceerde officiële documenten.

Peru verloor zijn mogelijkheid tot luchtbijtanken toen de Boeing 707-323C tankervliegtuig FAP 319 uit de vaart werd genomen. Zona Militar meldt dat deze mogelijkheid terugkeerde tijdens ECODEX XII, een nationale oefening die plaatsvond van 18 tot 26 oktober 2023 met ongeveer 540 missies en 680 vlieguren, toen Mirage 2000P's bijtankten bij de twee voormalige Spaanse KC-130H Hercules van Escuadrón de Transporte 841 in Callao. Het initiatief kwam van Grupo Aéreo No. 4 in La Joya, en de Argentijnse luchtmacht hielp bij de kwalificatie van de Peruaanse piloten.

Op 11 april 2024 verloor een Mirage 2000P van Grupo Aéreo No. 4 het contact tijdens een navigatietraining op lage hoogte. Zoekteams in een Mi-17-helikopter en een C-26B vonden het wrak de volgende dag op de westelijke helling van Picchu Picchu, in de wijk Chiguata in Arequipa; de piloot, majoor Ramiro Alfredo Rondón Medina, kwam om het leven. De luchtmacht stelde een onderzoekscommissie in. Enkele weken later werd de multinationale oefening Resolute Sentinel 2024, met ongeveer 1500 militairen uit Peru, Colombia, Ecuador, Chili, Brazilië, Frankrijk en de Verenigde Staten, geopend met een ceremonie in La Joya.

De zoektocht naar een nieuw gevechtsvliegtuig, die volgens het ministerie van Defensie in 2012 was begonnen, eindigde bij La Joya. Ministeriële resolutie 00167-2026-DE, gepubliceerd op 17 februari 2026 onder decreet 020-2026-EF, maakte 1.137 miljoen Peruaanse dollar vrij, ongeveer 1.400 miljoen Amerikaanse dollar, voor een project om de luchtruimcontrolecapaciteit van "del Grupo Aéreo Nº 4" te herstellen met hoogwaardige gevechtsvliegtuigen – een programma van 24 toestellen. In april 2026 koos Peru voor de F-16 Block 70 boven de Gripen E/F en Rafale F4 en tekende een contract voor een eerste twaalf toestellen; de Amerikaanse ambassadeur verwacht ze in 2029-2030.

De heldere woestijnhemel boven La Joya heeft ook een ander plan geïnspireerd. In een interview in november 2024 zei de toenmalige commandant-generaal, generaal del Aire Carlos Enrique Chávez Cateriano, dat een grote ruimtetelescoop naar Peru zou worden overgebracht en op de basis zou worden geïnstalleerd, als onderdeel van een ruimteprogramma dat ook een lanceerbasis in Talara omvat. In augustus 2026 meldde Zona Militar dat een krachtige telescoop deel uitmaakte van de donaties die op de agenda stonden van de Amerikaans-Peruaanse samenwerking voor eind 2026; of het om hetzelfde instrument ging, werd niet bevestigd.