O Peru encomendou o Mirage 2000 em dezembro de 1982, um contrato de US$ $800 milhões para 14 aeronaves 2000P monoposto e duas 2000DP biposto, segundo a Wikipédia em inglês. As finanças do país forçaram um corte para dez e duas aeronaves, respectivamente, quando o contrato foi assinado em 1985. A primeira aeronave foi entregue na França em junho de 1985; a Zona Militar data a chegada das quatro primeiras ao Peru em 23 de novembro de 1986, a Wikipédia em dezembro de 1986, e a Zona Militar afirma que todas as doze estavam em serviço em junho de 1987. Elas foram destinadas ao Grupo Aéreo nº 4 da Ala Aérea nº 3 em La Joya, operadas pelo Esquadrão Aéreo 412 “Halcones”.

Segundo a Wikipédia, os Mirages realizaram patrulhas aéreas de combate na Guerra do Cenepa contra o Equador em 1995; as fontes consultadas não especificam se essas patrulhas foram realizadas a partir de La Joya. Desde então, a história tem sido a de manter os jatos antigos em condições de voo: uma inspeção de US$ 140 milhões e um programa parcial de aviônica em 2009, uma grande inspeção em 2012 e, em novembro de 2024, a decisão da Força Aérea de não modernizar mais o modelo. Em 2026, a Wikipédia em inglês contabiliza nove 2000P e dois 2000DP ainda em serviço; a Wikipédia em espanhol lista oito.

Durante a guerra de 1982 entre a Argentina e o Reino Unido pelas ilhas que o Reino Unido chama de Ilhas Falkland e a Argentina de Ilhas Malvinas, o Peru, sob a presidência de Fernando Belaúnde Terry, enviou dez caças-bombardeiros Mirage para a Argentina. Um artigo da Zona Militar, de Diego García Montaño (14 de agosto de 2022), descreve como as aeronaves tiveram suas marcas peruanas substituídas por marcas argentinas e voaram de Chiclayo para a “base militar de la Joya, em Arequipa”, depois para a província de Jujuy, na Argentina, e finalmente para Tandil, em uma rota escolhida para evitar o radar chileno.

O mesmo relato afirma que pilotos peruanos se ofereceram para lutar ao lado dos argentinos. Não foi possível confirmar, nas fontes consultadas, se os Mirages (Mirage 5P, segundo a Wikipédia) chegaram a operar antes do cessar-fogo de 14 de junho de 1982, e os detalhes do artigo se baseiam em relatos de autoridades peruanas, e não em registros oficiais publicados.

O Peru perdeu sua capacidade de reabastecimento aéreo quando o Boeing 707-323C FAP 319 foi aposentado. O jornal Zona Militar relata que essa capacidade retornou durante o ECODEX XII, um exercício nacional realizado de 18 a 26 de outubro de 2023, com cerca de 540 missões e 680 horas de voo planejadas. Na ocasião, aeronaves Mirage 2000P foram reabastecidas por dois KC-130H Hercules, ex-espanhóis, do Esquadrão de Transporte 841, em Callao. A iniciativa partiu do Grupo Aéreo nº 4, em La Joya, e a Força Aérea Argentina auxiliou na qualificação dos pilotos peruanos.

Em 11 de abril de 2024, um Mirage 2000P do Grupo Aéreo nº 4 perdeu contato durante um treinamento de navegação em baixa altitude. Equipes de busca em um helicóptero Mi-17 e um C-26B encontraram os destroços no dia seguinte na encosta oeste de Picchu Picchu, no distrito de Chiguata, em Arequipa; o piloto, Major Ramiro Alfredo Rondón Medina, faleceu. A Força Aérea instaurou uma comissão de investigação de acidentes. Semanas depois, o exercício multinacional Resolute Sentinel 2024, com cerca de 1.500 militares do Peru, Colômbia, Equador, Chile, Brasil, França e Estados Unidos, foi inaugurado com uma cerimônia em La Joya.

A busca por um novo caça, iniciada em 2012, segundo o Ministério da Defesa, terminou às portas de La Joya. A Resolução Ministerial 00167-2026-DE, publicada em 17 de fevereiro de 2026 sob o Decreto Supremo 020-2026-EF, liberou S/ 1,137 milhão, cerca de US$ 1.430 milhões, para um projeto de recuperação da capacidade de controle aeroespacial do Grupo Aéreo Nº 4 com caças de alto desempenho — um programa de 24 aeronaves. Em abril de 2026, o Peru escolheu o F-16 Block 70 em detrimento do Gripen E/F e do Rafale F4 e assinou um contrato para a aquisição inicial de doze aeronaves; o embaixador dos EUA espera recebê-las entre 2029 e 2030.

O céu limpo do deserto de La Joya também inspirou outro plano. Em uma entrevista concedida em novembro de 2024, o então Comandante-Geral, General del Aire Carlos Enrique Chávez Cateriano, afirmou que um grande telescópio espacial seria transferido para o Peru e instalado na base, como parte de um programa espacial que também inclui um centro de lançamento em Talara. Em agosto de 2026, a Zona Militar noticiou a inclusão de um telescópio de alta potência entre as doações previstas na agenda de cooperação EUA-Peru para o final de 2026; não foi confirmado se trata-se do mesmo instrumento.