افتُتحت قاعدة واتيشام التابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني في 5 أبريل 1939 كمحطة قاذفات متوسطة للسربين 107 و110 وطائراتهما من طراز بريستول بلينهايم. وفي 4 سبتمبر 1939، أي بعد 29 ساعة من إعلان الحرب، انطلقت قاذفات من واتيشام في أول هجوم لسلاح الجو الملكي البريطاني في الحرب، ضد سفن حربية ألمانية في فيلهلمسهافن.

سارت الأمور بشكل كارثي. يذكر تاريخ السرب رقم 107 على ويكيبيديا أن من بين الطائرات الخمس التي أرسلها، لم تعد سوى واحدة، وكانت تلك الطائرة لا تزال تحمل قنابلها لعدم عثورها على الهدف. تحطمت طائرة بلينهايم، تحمل الرقم N6189 ويقودها الملازم الطيار هربرت لايتولر، على الطراد إمدن، مما أدى إلى أضرار طفيفة، لكنه أسفر عن مقتل 11 من أفراد طاقمها وإصابة نحو 30 آخرين. ويُوصف الرقيب جورج بوث، وهو ملاح من السرب 107 أُسقطت طائرته في ذلك اليوم، بأنه أول أسير حرب بريطاني في الحرب العالمية الثانية.

بقيت أسراب بلينهايم حتى عام 1942، قبل أن يتم إعارة المحطة إلى القوات الجوية للجيش الأمريكي في سبتمبر 1942.

تحت الحكم الأمريكي، تحولت واتيشام إلى مركز صيانة، يُعرف رسميًا باسم هيتشام، والذي ذكرت ويكيبيديا أنه كان مسؤولاً بحلول عام 1944 عن صيانة جميع الطائرات المقاتلة الأمريكية في المملكة المتحدة. وصلت المجموعة المقاتلة 479 حوالي 15 مايو 1944 بطائرات بي-38 لايتنينغ، ونفذت أولى مهامها في وقت لاحق من ذلك الشهر.

تحولت المجموعة إلى استخدام طائرات P-51 موستانج بين 10 سبتمبر و1 أكتوبر 1944. وحصلت على وسام الوحدة المتميزة لتدميرها العديد من الطائرات في المطارات الفرنسية في 18 أغسطس و5 سبتمبر، ولمعركة جوية بالقرب من مونستر في 26 سبتمبر 1944. وكان قائدها الثاني هو العقيد هوبرت "هوب" زيمكه، الذي يُنسب إليه الفضل في تحقيق 17.75 انتصارًا جويًا، وكان أحد طياريها الرائد روبن أولدز، الذي يُنسب إليه الفضل في إسقاط 12 طائرة ألمانية وتدمير 11.5 طائرة على الأرض.

غادرت المجموعة حوالي 23 نوفمبر 1945 وعادت القوات الجوية الملكية في عام 1946.

أمضت قاعدة واتيشام الحرب الباردة في الخطوط الأمامية للدفاع الجوي البريطاني، حيث كانت تحتفظ بالمقاتلات في حالة تأهب قصوى بالتناوب مع قواعد أخرى. حلّقت السربان 257 و263 بطائرات هنتر هنا من عام 1954 إلى عام 1956. وصل السرب 111 في 18 يونيو 1958 حاملاً طائرات هنتر التابعة لفريق بلاك أروز، وهو فريق الاستعراض الجوي الرئيسي لسلاح الجو الملكي البريطاني حتى عام 1961، والذي حقق رقماً قياسياً عالمياً في تشكيل جوي ضم 22 طائرة هنتر في فارنبورو عام 1958. ثم تحول السرب إلى استخدام طائرات إنجلش إلكتريك لايتنينغ وبقي في القاعدة حتى 30 سبتمبر 1974؛ وحلّق السرب 29 بطائرات لايتنينغ هنا من عام 1967 إلى عام 1974، والسرب 56 من عام 1975 إلى عام 1976.

تبع ذلك طائرات فانتوم. حلّق السرب رقم 23 بطائرات FGR2 من 25 فبراير 1976 إلى 30 مارس 1983، والسرب رقم 56 من 9 يوليو 1976 إلى 31 يوليو 1992. ومنذ 19 أكتوبر 1984، حلّق السرب رقم 74 بطائرات F-4J (المملكة المتحدة)، وهي طائرات فانتوم مستعملة تابعة للبحرية الأمريكية، كانت حكرًا على هذا السرب في خدمة سلاح الجو الملكي البريطاني. وتمركزت هنا وحدات صواريخ أرض-جو من طراز بلودهاوند التابعة للسربين رقم 25 و85 من عام 1983 إلى عام 1991.

مع انتهاء الحرب الباردة، انتهى عصر الطائرات المقاتلة. غادر السرب رقم 74 في 1 أكتوبر 1992، وأُغلقت قاعدة سلاح الجو الملكي البريطاني في واتيشام في 31 أكتوبر 1992. ويستند تاريخ القاعدة المذكور في ويكيبيديا، وهو مصدر هذه التواريخ، إلى سجلات تاريخية مطبوعة للأسراب مثل سجلات جيفورد وليك.

استلم الجيش القاعدة في سبتمبر 1993. ووصل الفوج الثالث من سلاح الجو الملكي من مدينة سوست الألمانية في ذلك الصيف، حاملاً معه الأسراب 653 و662 و663، وتبعه الفوج الرابع، الذي كان متمركزاً لفترة طويلة في ديتمولد، في وقت لاحق من التسعينيات. وفي عام 2005، بدأت الأسراب بالتحول من طائرات لينكس إلى طائرات أباتشي AH1، وهي نسخة مرخصة من طراز AH-64D، ومنذ عام 2006، حلقت طائرات الأباتشي في هلمند بأفغانستان، مع اللواء 16 المحمول جواً؛ وبحلول أبريل 2014، كانت قد سجلت 50,000 ساعة طيران في العمليات هناك.

في عام ٢٠١١، أرسلت السرب ٦٥٦ التابع للفوج الرابع طائراته من طراز أباتشي إلى البحر. وفي ٤ يونيو، انطلقت الطائرة من حاملة الطائرات إتش إم إس أوشن لضرب منشأة رادار ونقطة تفتيش قرب البريقة في ليبيا، وهي المهمة التي وصفها وزير الدفاع آنذاك، ليام فوكس، بأنها أول مهمة عملياتية تُنفذها طائرات أباتشي تابعة للجيش البريطاني في البحر. وفي ١٥ أبريل ٢٠١٩، غادر السرب ٦٦٣ التابع للفوج الثالث قاعدة واتيشام متوجهًا إلى إستونيا لمدة ثلاثة أشهر، في أول انتشار لهذا النوع من الطائرات هناك.

حلت طائرة AH-64E محل طائرة AH1 اعتبارًا من عام 2020. وبحلول يناير 2022، كان لدى قاعدة واتيشام 14 طائرة من الطراز الجديد، مع توقع وصول 36 طائرة أخرى؛ وتشير ويكيبيديا إلى أن 38 طائرة كانت في خدمة الفوجين بحلول فبراير 2024، وتم إخراج طائرة AH1 من الخدمة في مارس 2024. واستلمت إدارة معدات ودعم الدفاع الطائرة الخمسين والأخيرة في 6 مارس 2025. كما استضافت القاعدة سرب B من السرب رقم 22 التابع لسلاح الجو الملكي البريطاني، والذي كان يضم طائرات البحث والإنقاذ من طراز Sea King حتى عام 2015، وفي عام 2018، أحصت ويكيبيديا 852 شخصًا في الفوجين 3 و4، و429 شخصًا في كتيبة دعم الطيران السابعة التابعة لسلاح المهندسين الملكي الميكانيكي والكهربائي.