贝雅的建立并非因为葡萄牙需要另一个空军基地，而是因为西德需要空间。空军自身的历史记载，第11号空军基地（Base Aérea N.º 11）是根据1964年10月21日颁布的第20856号法令创建的，该日期至今仍被该基地沿用。此举是为了履行双边协议，为德国空军提供一个远离中欧拥挤阴云的作战训练场所。指挥部和服务部门于1967年开始运作，基础设施于1968年竣工，并在贝雅西南边缘建造了一个拥有330套住宅的居民区。.

美国空军的记录显示，1970年至1973年间，贝雅空军基地驻扎着两个F-104战斗机中队，直到1973年德国的一次重组才将它们调回国内。而德国方面的资料（此处仅作为参考）则讲述了一个更长的故事：1963年4月1日，科隆-瓦恩空军基地成立了一个训练司令部，该司令部于1965年迁至贝雅，并一直使用菲亚特G.91战斗机，直到1980年7月被18架阿尔法喷气式战斗机取代。两种说法都一致认为，贝雅也曾作为后勤机场使用，美国空军的记录还指出，汉莎航空和葡萄牙航空也曾使用该机场进行机组人员训练。.

1979年8月16日，葡德两国签署协议，在葡萄牙设立了一个常驻的阿尔法喷气式战斗机中队，用于作战训练，包括在塔霍河对岸的阿尔科谢特靶场进行实弹射击。该中队一直驻扎到德国统一后，随后德国开始削减军费开支。1993年，该协议未获续签；德国指挥部于1993年12月16日解散，并于1994年3月31日正式解散。作为补偿，葡萄牙要求并免费获得了50架剩余的阿尔法喷气式战斗机，这些飞机对贝雅空军基地接下来的25年产生了深远的影响。.

葡萄牙空军的常驻部队于1987年1月开始驻扎在贝雅，当时第103“卡拉科伊斯”中队从蒙特雷亚尔迁至此地，并装备了自1980年7月起一直使用的诺斯罗普T-38A“鹰爪”教练机。空军方面称该中队来自蒙特雷亚尔；英文维基百科则称其来自蒙蒂茹，这与空军自身的记录相悖。T-38教练机于1993年6月退役，同年10月6日，该中队开始装备前德国阿尔法喷气式教练机，贝雅的第301“美洲虎”攻击机中队也装备了该型飞机。.

据意大利国防科技公司（Tecnologia & Defesa）报告，50架阿尔法喷气机中约有40架用于飞行，10架作为备用机。第301中队（Esquadra 301）一直使用这些飞机执行对地攻击任务，直到2005年迁至蒙特雷亚尔并换装F-16战斗机。第103中队则继续作为高级喷气机飞行学校。不同来源的数据略有差异：Fliegerweb网站提供的飞行小时数为53,000小时，训练了170名喷气机飞行员；意大利国防科技公司的数据超过50,000小时；而意大利空军的数据则显示，该中队所有机型的飞行小时数超过100,000小时。.

该中队还恢复了葡萄牙的特技飞行表演。2001年，它组建了一支阿尔法喷气机双机编队，名为“基督圣十字会”（Parelha da Cruz de Cristo），该编队于2005年更名为“葡萄牙之翼”（Asas de Portugal），并于2010年解散。最后一批阿尔法喷气机于2018年1月退役；空军官方记录为1月13日，Fliegerweb网站则记录为1月18日。高级喷气机训练转移到了国外，而第103中队则如空军所言，等待着新飞机的到来。.

德国撤离后腾出了空间，空军迅速填补了这一空缺。1993年11月16日，葡萄牙空军第552“桑戈斯”中队（Alouette III型直升机中队）从坦科斯基地迁至贝雅，为贝雅带来了运输、战术支援、飞行训练和海岸救援等任务。2000年2月至2002年7月间，该中队向东帝汶联合国维和部队派遣了四架云雀直升机，累计飞行2700小时，运送了超过1万名乘客和131名伤员。2004年至2010年，该中队还负责葡萄牙旋翼机飞行表演队的飞行任务。.

首架阿古斯特维斯特兰AW119 Mk II“考拉”直升机于2019年2月16日交付。这架云雀III型直升机于2020年6月17日完成了其在葡萄牙的最后一次飞行任务，据葡萄牙空军统计，其飞行时间已超过30万小时，服役时间长达57年。“考拉”型直升机增加了浮筒、救援绞盘和1400公斤的吊挂载荷，其中包括用于扑灭乡村火灾的水桶。除飞行员外，它还可搭载七名乘客。该中队目前仍执行战术运输、训练和救援任务。.

基础飞行员训练基地几经易手。1989年购入18架索卡塔TB-30“爱普西隆”教练机的第101飞行中队（Esquadra 101 “Roncos”）于1993年迁至贝雅，2009年迁至辛特拉，并于2020年7月1日返回贝雅。如今，该中队将接收巴西航空工业公司的A-29N“超级巨嘴鸟”攻击机，该机将接替2005年离开贝雅的阿尔法喷气机，承担起训练和轻型攻击任务。.

第601“狼”中队于1986年3月在蒙蒂茹成立，负责海上巡逻和反潜作战。该中队的首架P-3P反潜巡逻机于1988年8月7日抵达，这架飞机是为葡萄牙改装的六架原澳大利亚P-3B之一。在1992年至1996年亚得里亚海“锐利卫士行动”期间，该中队执行了576次任务，累计飞行3712小时。2008年2月19日，该中队迁至贝雅，使阿连特茹基地首次承担起海上作战任务。.

P-3P反潜巡逻机被五架前荷兰空军的P-3C CUP+反潜巡逻机取代。第一架新飞机于2010年8月交付，而P-3P在累计飞行超过25000小时后，于2011年10月13日完成了最后一次作战任务。新飞机随即投入印度洋作战：2010年，它们从塞舌尔起飞，执行了欧盟“阿塔兰塔行动”的40次任务，累计飞行超过320小时；随后，在2011年，它们又执行了北约“海洋之盾”行动的30次任务，累计飞行245小时，这被该中队称为“战火洗礼”。.

2023年9月，葡萄牙同意购买六架前德国海军的P-3C反潜巡逻机，包括中期升级套件、备件、测试设备和模拟器。第一架飞机于2024年2月9日14:20降落在贝雅机场。这形成了一个巧妙的历史循环：德国为自身训练而建造的基地如今再次接收了德国的剩余飞机，正如1993年接收阿尔法喷气式教练机一样。这六架飞机中究竟有多少架将投入使用，又有多少架将用作备件，目前尚未公布。.

贝雅是巴西空军最新型飞机的驻地。第506“犀牛”中队于2023年5月20日根据空军参谋长第39/2023号命令成立，负责驾驶巴西航空工业公司的KC-390执行运输、空中加油和消防任务。该中队的名称源于1515年赠送给曼努埃尔一世国王的印度犀牛。首架KC-390于2023年10月19日16:30完成跨大西洋交付飞行后降落在贝雅。2019年，巴西空军订购了五架KC-390，总价值8.27亿欧元，并配备模拟器和12年的支持服务，用于替换C-130H运输机。.

第三架KC-390于2025年7月18日抵达，第四架（也是第一架配备空中加油装置的飞机）于2026年1月24日抵达；第六架飞机已订购。该中队的首次重要救援任务是在2026年6月26日至27日，当时两架KC-390从贝雅起飞，载着64名葡萄牙救援人员和约23吨援助物资前往委内瑞拉，支援当地地震灾后救援工作。.

第二种新型飞机是A-29N“超级巨嘴鸟”。葡萄牙于2024年12月订购了12架，总价值约2亿欧元。首批北约配置的A-29N于2025年12月17日在阿尔韦卡岛的OGMA交付给驻扎在贝雅的第101中队。在同一仪式上，双方签署了一份意向书，计划在贝雅建造一座能够生产A-29N的飞机制造厂。《航空主义者》杂志指出，这将是继巴西和佛罗里达州之后，该机型的第三条生产线。目前尚未公布投产日期。.

德国出资修建的跑道一直以来都是极具吸引力的民用资产。一座民用航站楼于2006年至2008年间建成，耗资3300万欧元，资金来源包括欧洲区域基金和国家预算。2011年4月13日18:25，首个商业航班从这里起飞，一架载有70名乘客的TACV波音757-200客机飞往佛得角福戈岛。葡萄牙机场公司（ANA Aeroportos de Portugal）拥有该航站楼的特许经营权；葡萄牙国家机场信息计划（AIP）指定第11空军基地的指挥官为军事运营方，并规定军事活动优先。.

客流量并未随之增加。据《观察家报》统计，该机场运营头三年仅有6624名乘客和245架次航班起降；飞往伦敦、斯图加特和汉诺威的包机航线曾短暂开通，但随后又取消；2014年开通的巴黎航线在计划的12个班次中仅飞行了4个便被取消。2017年，全日空表示该机场主要用于停机坪和维护，并指出人们飞行是为了到达目的地，而不是仅仅飞往机场。英文维基百科援引全日空的数据称，2018年该机场的客流量为5096人次。.

贝雅机场最终变成了一个飞机停机坪。自2016年以来，Hi Fly航空公司一直将其用作停机坪和航线维护基地，并于2018年至2020年12月17日期间将其空客A380飞机部署于此。其姊妹公司Mesa于2021年1月12日启用了一座耗资3000万欧元的维修机库。计划中的巴西航空工业公司A-29N飞机制造厂将为该机场增添第三种工业用途。对于空军而言，这种安排基本不成问题：军方拥有跑道的优先使用权，而民用航空业务很少繁忙到足以与之竞争。.