Beja nebyla postavena proto, že Portugalsko potřebovalo další leteckou základnu. Byla postavena proto, že Západní Německo potřebovalo prostor. Historie samotného letectva uvádí, že základna Base Aérea N.º 11 byla zřízena nařízením Portaria 20856 dne 21. října 1964, což je datum, které si základna dodnes připomíná jako své výročí, aby splnila bilaterální dohody, které poskytly německému letectvu místo pro operační výcvik mimo přeplněnou a zataženou oblohu střední Evropy. Velitelství a složky zahájily práce v roce 1967, infrastruktura byla dokončena v roce 1968 a na jihozápadním okraji Beji byla postavena obytná čtvrť s 330 domy.

Letectvo zaznamenává dvě letky Luftwaffe F-104 v Beji od roku 1970 do roku 1973, kdy je reorganizace v Německu přestěhovala domů. Německé zdroje, zde použité pouze jako pomůcka pro vyhledávání, vyprávějí delší příběh: výcvikové velitelství zformované v Köln-Wahn 1. dubna 1963 se přesunulo do Beji v roce 1965 a létalo na Fiatech G.91, dokud je v červenci 1980 nenahradilo 18 letounů Alpha Jet. Obě verze se shodují, že Beja sloužila také jako podpůrné letiště, a letectvo uvádí, že Lufthansa a TAP jej využívaly k výcviku posádek.

Portugalsko-německá dohoda ze 16. srpna 1979 přinesla stálou letku Alpha Jet pro operační výcvik, včetně ostrých střeleb na střelnici Alcochete na druhé straně řeky Tajo. Trvala až do znovusjednocení Německa a následných škrtů. Dohoda nebyla v roce 1993 obnovena; německé velení bylo 16. prosince 1993 odvoláno a formálně rozpuštěno 31. března 1994. Jako kompenzaci Portugalsko požádalo a bezplatně obdrželo 50 přebytečných letounů Alpha Jet, které formovaly dalších 25 let existence Beji.

Trvalá portugalská přítomnost začala v lednu 1987, kdy se z Monte Real přesunula peruť Esquadra 103 “Caracóis” s letouny Northrop T-38A Talon, na kterých létala od července 1980. Letectvo uvádí, že peruť pocházela z Monte Real; anglická Wikipedie uvádí Montijo, což se mýlí v záznamech letectva. T-38 byly vyřazeny do června 1993 a 6. října 1993 začala peruť létat na bývalých německých letounech Alpha Jet, typu, kterým byla v Beji vybavena i útočná peruť Esquadra 301 “Jaguares”.

Z 50 letounů Alpha Jet bylo podle společnosti Tecnologia & Defesa určeno k létání asi 40 a deset bylo ponecháno jako náhradní díly. Esquadra 301 s nimi létala v roli pozemních útočníků až do roku 2005, kdy se přesunula do Monte Real a byla přestavěna na F-16. Esquadra 103 pokračovala jako pokročilá škola pro proudové letouny. Celkové údaje se v jednotlivých zdrojích mírně liší: Fliegerweb uvádí 53 000 hodin a 170 vycvičených pilotů proudových letounů, Tecnologia & Defesa více než 50 000 hodin a letectvo více než 100 000 hodin pro celou letku napříč všemi jejími typy.

Eskadra také obnovila portugalské demonstrační létání. V roce 2001 vytvořila dvojici Alpha Jet, Parelha da Cruz de Cristo, která se v roce 2005 stala Asas de Portugal a byla deaktivována v roce 2010. Poslední Alpha Jety byly vyřazeny v lednu 2018; letectvo dává tento termín 13. ledna, Fliegerweb 18. ledna. Pokročilý výcvik s proudovými letouny se přesunul do zahraničí a Esquadra 103 zůstala, slovy letectva, čekat na nové letouny.

Odchod Německa uvolnil místo a letectvo ho rychle zaplnilo. 16. listopadu 1993 se z Tancosu přesunula peruť Alouette III, Esquadra 552 “Zangões”, která do Beji přivezla dopravu, taktickou podporu, letecký výcvik a pobřežní záchranné služby. Mezi únorem 2000 a červencem 2002 vyslala čtyři Alouette na misi OSN ve Východním Timoru, kde nalétaly 2 700 hodin a přepravily více než 10 000 cestujících a 131 zraněných. V letech 2004 až 2010 peruť létala také s vrtulníkovým týmem Rotores de Portugal.

První letoun AgustaWestland AW119 Mk II Koala dorazil 16. února 2019. Alouette III absolvoval svůj poslední bojový let v Portugalsku 17. června 2020 po tom, co letectvo počítá s více než 300 000 hodinami za 57 let. Koala je vybavena plováky, záchranným navijákem a podvěsným nákladem o hmotnosti 1 400 kg, včetně lžíce pro hašení požárů ve venkovských oblastech. Kromě pilota má sedm míst k sezení a letka stále létá za účelem taktické dopravy, výcviku a záchrany.

Základní pilotní výcvik se neustále posouval sem a tam. Společnost Esquadra 101 “Roncos”, která v roce 1989 zakoupila 18 letounů Socata TB-30 Epsilon, působila v Beji od roku 1993, v roce 2009 letěla do Sintry a vrátila se 1. července 2020. Nyní dostává Embraer A-29N Super Tucano, který převezme jak cvičnou roli, tak roli lehkých útočných letounů, které v roce 2005 zanechaly v Beji letouny Alpha Jet.

Esquadra 601 “Lobos” byla zformována v březnu 1986 v Montiju za účelem hlídkování na moři a lovu ponorek. Její první P-3P, jeden ze šesti bývalých australských P-3B přestavěných pro Portugalsko, dorazil 7. srpna 1988. V rámci operace Sharp Guard na Jaderském moři, v letech 1992 až 1996, letka nalétala 576 misí a 3 712 hodin. Do Beji se přesunula 19. února 2008, čímž základna v Alenteju poprvé získala námořní roli.

Letouny P-3P byly nahrazeny pěti bývalými nizozemskými letouny P-3C CUP+. První dorazil v srpnu 2010 a P-3P absolvoval svůj poslední operační let 13. října 2011 po více než 25 000 hodinách. Nové letouny se vydaly přímo do Indického oceánu: v roce 2010 absolvovaly 40 misí a více než 320 hodin v rámci operace EU Atalanta ze Seychel, poté v roce 2011 30 misí a 245 hodin v rámci operace NATO Ocean Shield, což letka nazývá svým křtem ohněm.

V září 2023 Portugalsko souhlasilo s koupí šesti bývalých německých námořních P-3C, včetně modernizačních sad pro střední životnost, náhradních dílů, testovacího vybavení a simulátorů. První přistál v Beji 9. února 2024 ve 14:20. Jde o úhlednou historickou smyčku: základna, kterou Německo vybudovalo pro vlastní výcvik, nyní opět dostává přebytečné německé letouny, stejně jako tomu bylo v roce 1993 s letouny Alpha Jet. Kolik z těchto šesti bude létat a kolik bude použito jako náhradní díly, nebylo zveřejněno.

Beja je místem, kde letectvo umisťuje svá nejnovější letadla. Esquadra 506 “Rinocerontes” byla vytvořena 20. května 2023 rozkazem 39/2023 náčelníka štábu letectva, aby létala s Embraerem KC-390 za účelem přepravy, doplňování paliva ve vzduchu a hašení požárů. Jeho název připomíná indického nosorožce poslaného králi Manuelovi I. v roce 1515. První letadlo přistálo v Beji 19. října 2023 v 16:30 po transatlantickém přepravním letu; v roce 2019 bylo objednáno pět letadel za 827 milionů eur, včetně simulátoru a dvanácti let podpory, které měly nahradit C-130H.

Třetí KC-390 dorazil 18. července 2025 a čtvrtý, první s doplňovací sadou, 24. ledna 2026; šestý letoun byl objednán. První významná humanitární mise letky se uskutečnila 26.–27. června 2026, kdy dva KC-390 odletěli z Beji do Venezuely s 64 portugalskými záchranáři a přibližně 23 tunami pomoci po zemětřesení.

Druhým novým typem je A-29N Super Tucano. Portugalsko si v prosinci 2024 objednalo 12 kusů za přibližně 200 milionů eur a první exempláře v konfiguraci NATO byly předány na veletrhu OGMA v Alverce 17. prosince 2025 pro letoun Esquadra 101 v Beji. Na stejném ceremoniálu byl podepsán dopis o záměru postavit v Beji leteckou továrnu schopnou vyrábět A-29N; The Aviationist uvádí, že by se jednalo o třetí výrobní linku tohoto typu po Brazílii a Floridě. Datum zahájení výroby nebylo zveřejněno.

Přistávací dráhy, za které Německo zaplatilo, byly vždy lákavým civilním přínosem. Vedle základny byl otevřen civilní terminál, jehož cena v letech 2006 až 2008 činila 33 milionů eur z evropských regionálních fondů a státního rozpočtu. První komerční let odletěl 13. dubna 2011 v 18:25, a to letadlo TACV Boeing 757-200 se 70 cestujícími na palubě směřující do Foga na Kapverdách. Koncesi drží portugalská společnost ANA Aeroportos de Portugal; národní letecká instituce AIP jmenuje velitele letecké základny 11 vojenským provozovatelem a uvádí, že vojenská činnost má přednost.

Počet cestujících však nenásledoval. Observador v prvních třech letech napočítal 6 624 cestujících a 245 letů; charterové série do Londýna, Stuttgartu a Hannoveru přicházely a odcházely a linka do Paříže v roce 2014 byla zrušena po čtyřech z dvanácti plánovaných rotací. V roce 2017 ANA uvedla, že letiště slouží v podstatě k parkování a údržbě s tím, že lidé létají do destinací, nikoli na letiště. Anglická Wikipedie s odvoláním na ANA uvádí v roce 2018 5 096 cestujících.

Místo toho se Beja stala leteckým parkem. Společnost Hi Fly jej od roku 2016 využívá k parkování a údržbě tratí a od roku 2018 do 17. prosince 2020 zde sídlila pro svůj Airbus A380. Její sesterská společnost Mesa otevřela 12. ledna 2021 hangár pro údržbu v hodnotě 30 milionů eur. Plánovaná továrna na Embraer A-29N by přidala třetí průmyslové využití. Pro letectvo je toto uspořádání většinou klidné: armáda má přednost na ranveji a civilní strana je zřídkakdy dostatečně vytížená, aby mohla konkurovat.