A Base Aérea de Beja não foi construída porque Portugal precisava de mais uma base aérea. Foi construída porque a Alemanha Ocidental precisava de espaço. A própria história da Força Aérea Alemã afirma que a Base Aérea nº 11 foi criada pela Portaria 20856 de 21 de outubro de 1964, data que a base ainda mantém como seu aniversário, para cumprir acordos bilaterais que garantiam à Força Aérea Alemã um local para treinamento operacional longe dos céus congestionados e nublados da Europa Central. O comando e os serviços iniciaram suas atividades em 1967, a infraestrutura foi concluída em 1968 e um bairro residencial com 330 casas foi construído na extremidade sudoeste de Beja.

A Força Aérea registra a presença de dois esquadrões de F-104 da Luftwaffe em Beja de 1970 até 1973, quando uma reorganização na Alemanha os transferiu para a Alemanha. Fontes alemãs, utilizadas aqui apenas como auxílio à pesquisa, contam uma história mais longa: um comando de treinamento formado em Colônia-Wahn em 1º de abril de 1963, transferido para Beja em 1965, operou aeronaves Fiat G.91 até serem substituídas por 18 Alpha Jets em julho de 1980. Ambas as versões concordam que Beja também serviu como aeródromo de apoio, e a Força Aérea observa que a Lufthansa e a TAP o utilizaram para treinamento de tripulações.

O acordo luso-alemão de 16 de agosto de 1979 estabeleceu um esquadrão permanente de Alpha Jets para treinamento operacional, incluindo tiro real no campo de Alcochete, do outro lado do Tejo. O esquadrão permaneceu em atividade até a reunificação alemã e os consequentes cortes orçamentários. O acordo não foi renovado em 1993; o comando alemão foi desativado em 16 de dezembro de 1993 e formalmente dissolvido em 31 de março de 1994. Como compensação, Portugal solicitou e recebeu gratuitamente 50 Alpha Jets excedentes, que moldaram os 25 anos seguintes da Força Aérea Portuguesa.

A presença portuguesa permanente começou em janeiro de 1987, quando a Esquadra 103 “Caracóis” se instalou vinda de Monte Real com o Northrop T-38A Talon que operava desde julho de 1980. A Força Aérea portuguesa afirma que o esquadrão veio de Monte Real; a Wikipédia em inglês menciona Montijo, informação incorreta em relação aos próprios registros da Força Aérea. Os T-38 foram retirados de serviço em junho de 1993 e, em 6 de outubro de 1993, o esquadrão começou a operar o Alpha Jet, aeronave anteriormente alemã, o mesmo modelo que equipava o esquadrão de ataque Esquadra 301 “Jaguares” em Beja.

Dos 50 Alpha Jets, a Tecnologia & Defesa relata que cerca de 40 estavam destinados ao voo e dez foram mantidos como peças de reposição. A Esquadra 301 os operou em missões de ataque ao solo até 2005, quando se mudou para Monte Real e passou a operar o F-16. A Esquadra 103 continuou como escola avançada de jatos. Os totais variam ligeiramente conforme a fonte: o Fliegerweb indica 53.000 horas de voo e 170 pilotos de jato treinados, a Tecnologia & Defesa mais de 50.000 horas, e a Força Aérea mais de 100.000 horas para o esquadrão em todos os seus tipos de aeronaves.

O esquadrão também restaurou as demonstrações aéreas portuguesas. Em 2001, formou uma dupla de Alpha Jets, a Parelha da Cruz de Cristo, que se tornou a Asas de Portugal em 2005 e foi desativada em 2010. Os últimos Alpha Jets foram aposentados em janeiro de 2018; a Força Aérea indica 13 de janeiro, e o Fliegerweb, 18 de janeiro. O treinamento avançado em jatos foi transferido para o exterior, e a Esquadra 103 ficou, nas palavras da Força Aérea, aguardando novas aeronaves.

A saída da Alemanha abriu espaço, e a Força Aérea o preencheu rapidamente. Em 16 de novembro de 1993, o esquadrão Alouette III, Esquadra 552 “Zangões”, deslocou-se de Tancos, levando transporte, apoio tático, instrução de voo e salvamento costeiro para Beja. Entre fevereiro de 2000 e julho de 2002, enviou quatro Alouettes para a missão da ONU no Timor-Leste, onde acumularam 2.700 horas de voo e transportaram mais de 10.000 passageiros e 131 feridos. De 2004 a 2010, o esquadrão também operou a equipe de demonstração aérea de helicópteros Rotores de Portugal.

O primeiro AgustaWestland AW119 Mk II Koala chegou em 16 de fevereiro de 2019. O Alouette III realizou sua última missão em Portugal em 17 de junho de 2020, após o que a Força Aérea contabiliza como mais de 300.000 horas de voo em 57 anos. O Koala conta com flutuadores, guincho de resgate e uma carga suspensa de 1.400 kg, incluindo um balde para combate a incêndios rurais. Acomoda sete passageiros além do piloto, e o esquadrão ainda realiza voos de transporte tático, treinamento e resgate.

O treinamento básico de pilotos tem sido transferido de um local para outro. A Esquadra 101 “Roncos”, que adquiriu 18 Socata TB-30 Epsilon em 1989, esteve em Beja a partir de 1993, foi para Sintra em 2009 e retornou em 1º de julho de 2020. Agora, está recebendo o Embraer A-29N Super Tucano, que assumirá tanto a função de treinamento quanto a de ataque leve, funções que foram transferidas de Beja para os Alpha Jets em 2005.

A Esquadra 601 “Lobos” foi formada em março de 1986 em Montijo para patrulhar o mar e caçar submarinos. Seu primeiro P-3P, um dos seis P-3B ex-australianos reconstruídos para Portugal, chegou em 7 de agosto de 1988. No âmbito da Operação Sharp Guard no Adriático, de 1992 a 1996, o esquadrão realizou 576 missões e acumulou 3.712 horas de voo. Em 19 de fevereiro de 2008, a esquadrilha foi transferida para Beja, conferindo à base alentejana, pela primeira vez, uma função marítima.

Os P-3P foram substituídos por cinco aeronaves P-3C CUP+ ex-holandesas. A primeira chegou em agosto de 2010 e o P-3P realizou sua última missão operacional em 13 de outubro de 2011, após mais de 25.000 horas de voo. As novas aeronaves foram diretamente para o Oceano Índico: 40 missões e mais de 320 horas na Operação Atalanta da UE, a partir das Seychelles, em 2010, e depois 30 missões e 245 horas na Operação Ocean Shield da OTAN, em 2011, que o esquadrão chama de seu batismo de fogo.

Em setembro de 2023, Portugal concordou em comprar seis P-3Cs da Marinha Alemã, juntamente com kits de modernização de meia-vida, peças sobressalentes, equipamentos de teste e simuladores. O primeiro pousou em Beja às 14h20 do dia 9 de fevereiro de 2024. É um interessante ciclo histórico: a base que a Alemanha construiu para seu próprio treinamento agora recebe novamente aeronaves excedentes alemãs, assim como aconteceu com os Alpha Jets em 1993. Não foi divulgado quantos dos seis aviões irão voar e quantos serão usados como peças sobressalentes.

Beja é onde a Força Aérea coloca suas aeronaves mais novas. A Esquadra 506 “Rinocerontes” foi criada em 20 de maio de 2023 pela ordem 39/2023 do Chefe do Estado-Maior da Aeronáutica, para operar o Embraer KC-390 em missões de transporte, reabastecimento em voo e combate a incêndios. Seu nome homenageia o rinoceronte indiano enviado ao Rei Manuel I em 1515. A primeira aeronave pousou em Beja às 16h30 do dia 19 de outubro de 2023, após um voo transatlântico de entrega; cinco unidades foram encomendadas em 2019 por 827 milhões de euros, com simulador e doze anos de suporte, para substituir o C-130H.

Um terceiro KC-390 chegou em 18 de julho de 2025 e um quarto, o primeiro com o kit de reabastecimento em voo, em 24 de janeiro de 2026; uma sexta aeronave foi encomendada. A primeira missão de ajuda humanitária de grande repercussão do esquadrão ocorreu entre 26 e 27 de junho de 2026, quando dois KC-390 partiram de Beja rumo à Venezuela com 64 profissionais portugueses de emergência e cerca de 23 toneladas de ajuda humanitária após os terremotos que atingiram o país.

O segundo novo modelo é o A-29N Super Tucano. Portugal encomendou 12 unidades em dezembro de 2024 por cerca de 200 milhões de euros, e os primeiros exemplares configurados para a OTAN foram entregues na OGMA, em Alverca, no dia 17 de dezembro de 2025, para a Esquadra 101, em Beja. Na mesma cerimónia, foi assinada uma carta de intenções para a construção de uma fábrica de aeronaves em Beja, capaz de produzir o A-29N; o The Aviationist observa que esta seria a terceira linha de produção do modelo, depois do Brasil e da Flórida. Nenhuma data de início de produção foi divulgada.

As pistas financiadas pela Alemanha sempre foram um ativo civil tentador. Um terminal civil, que custou 33 milhões de euros de fundos regionais europeus e verbas do orçamento estatal entre 2006 e 2008, foi inaugurado junto à base. O primeiro voo comercial partiu às 18h25 do dia 13 de abril de 2011, um Boeing 757-200 da TACV com 70 passageiros com destino a Fogo, em Cabo Verde. A ANA Aeroportos de Portugal detém a concessão; o AIP nacional designa o comandante da Base Aérea 11 como operador militar e afirma que a atividade militar tem prioridade.

O número de passageiros não acompanhou essa tendência. A Observador contabilizou 6.624 passageiros e 245 movimentos nos primeiros três anos; voos charter para Londres, Stuttgart e Hanôver foram oferecidos e cancelados, e uma rota para Paris em 2014 foi cancelada após quatro das doze rotações planejadas. Em 2017, a ANA afirmou que o aeroporto servia essencialmente para estacionamento e manutenção, observando que as pessoas viajam para destinos, não para aeroportos. A Wikipédia em inglês, citando a ANA, registra 5.096 passageiros em 2018.

Em vez disso, Beja se tornou um estacionamento de aeronaves. A Hi Fly o utiliza desde 2016 para estacionamento e manutenção de linha, e manteve seu Airbus A380 baseado lá de 2018 até 17 de dezembro de 2020. Sua empresa irmã, a Mesa, inaugurou um hangar de manutenção de 30 milhões de euros em 12 de janeiro de 2021. A planejada fábrica do Embraer A-29N adicionaria um terceiro uso industrial. Para a Força Aérea, o arranjo é relativamente tranquilo: os militares mantêm prioridade na pista, e o setor civil raramente tem demanda suficiente para competir.