Beja no se construyó porque Portugal necesitara otra base aérea, sino porque Alemania Occidental necesitaba espacio. La propia historia de la Fuerza Aérea afirma que la Base Aérea N.º 11 fue creada por la Ordenanza 20856 del 21 de octubre de 1964, fecha que la base aún conserva como aniversario, para cumplir con los acuerdos bilaterales que proporcionaban a la Fuerza Aérea Alemana un lugar para el entrenamiento operativo lejos de los cielos nublados y congestionados de Europa central. El mando y los servicios comenzaron a funcionar en 1967, la infraestructura se terminó en 1968 y se construyó un barrio residencial de 330 viviendas en el extremo suroeste de Beja.

La Fuerza Aérea registra dos escuadrones de F-104 de la Luftwaffe en Beja desde 1970 hasta 1973, cuando una reorganización en Alemania los trasladó de vuelta a Alemania. Las fuentes alemanas, utilizadas aquí solo como guía, cuentan una historia más extensa: un comando de entrenamiento formado en Colonia-Wahn el 1 de abril de 1963 se trasladó a Beja en 1965 y operó Fiat G.91 hasta que 18 Alpha Jets los reemplazaron en julio de 1980. Ambas versiones coinciden en que Beja también sirvió como aeródromo de apoyo, y la Fuerza Aérea señala que Lufthansa y TAP lo utilizaron para el entrenamiento de tripulaciones.

El acuerdo luso-alemán del 16 de agosto de 1979 estableció un escuadrón permanente de Alpha Jet para entrenamiento operativo, incluyendo prácticas de tiro real en el campo de tiro de Alcochete, al otro lado del Tajo. Este acuerdo se mantuvo vigente hasta la reunificación alemana y los recortes presupuestarios posteriores. El acuerdo no se renovó en 1993; el mando alemán fue disuelto el 16 de diciembre de 1993 y formalmente el 31 de marzo de 1994. Como compensación, Portugal solicitó y recibió gratuitamente 50 Alpha Jet excedentes, que marcaron los siguientes 25 años de Beja.

La presencia permanente portuguesa comenzó en enero de 1987, cuando el Escuadrón 103 “Caracóis” se trasladó desde Monte Real con el Northrop T-38A Talon que había estado utilizando desde julio de 1980. La Fuerza Aérea afirma que el escuadrón procedía de Monte Real; la Wikipedia en inglés dice Montijo, lo cual es erróneo según los propios registros de la Fuerza Aérea. Los T-38 fueron retirados en junio de 1993, y el 6 de octubre de 1993 el escuadrón comenzó a utilizar el Alpha Jet, de origen alemán, un modelo que también equipaba al escuadrón de ataque Escuadrón 301 “Jaguares” en Beja.

De los 50 Alpha Jets, Tecnologia & Defesa informa que unos 40 estaban destinados al vuelo y diez se conservaron como repuestos. El Escuadrón 301 los utilizó en misiones de ataque a tierra hasta 2005, cuando se trasladó a Monte Real y se convirtió al F-16. El Escuadrón 103 continuó como escuela avanzada de aviones a reacción. Las cifras varían ligeramente según la fuente: Fliegerweb indica 53.000 horas y 170 pilotos de aviones a reacción entrenados, Tecnologia & Defesa más de 50.000 horas, y la Fuerza Aérea más de 100.000 horas para el escuadrón en todos sus tipos.

El escuadrón también restauró las exhibiciones aéreas portuguesas. En 2001 formó una pareja de Alpha Jet, la Parelha da Cruz de Cristo, que se convirtió en las Asas de Portugal en 2005 y fue desactivada en 2010. Los últimos Alpha Jet fueron retirados en enero de 2018; la Fuerza Aérea indica el 13 de enero, Fliegerweb el 18 de enero. El entrenamiento avanzado de aviones a reacción se trasladó al extranjero, y el Escuadrón 103 quedó, según palabras de la Fuerza Aérea, a la espera de nuevos aviones.

La salida de Alemania dejó espacio libre, y la Fuerza Aérea lo ocupó rápidamente. El 16 de noviembre de 1993, el escuadrón Alouette III Esquadra 552 “Zangões” se trasladó desde Tancos, llevando transporte, apoyo táctico, instrucción de vuelo y rescate costero a Beja. Entre febrero de 2000 y julio de 2002, envió cuatro Alouette a la misión de la ONU en Timor Oriental, donde volaron 2700 horas y transportaron a más de 10 000 pasajeros y 131 heridos. De 2004 a 2010, el escuadrón también operó al equipo de exhibición de helicópteros Rotores de Portugal.

El primer AgustaWestland AW119 Mk II Koala llegó el 16 de febrero de 2019. El Alouette III realizó su último vuelo en Portugal el 17 de junio de 2020, tras acumular, según la Fuerza Aérea, más de 300 000 horas de vuelo en 57 años. El Koala incorpora flotadores, un cabrestante de rescate y una carga suspendida de 1400 kg, incluyendo un cubo para la extinción de incendios rurales. Tiene capacidad para siete pasajeros además del piloto, y el escuadrón sigue realizando misiones de transporte táctico, entrenamiento y rescate.

El entrenamiento básico de pilotos ha ido y venido. El Escuadrón 101 “Roncos”, que compró 18 Socata TB-30 Epsilon en 1989, estuvo en Beja desde 1993, se trasladó a Sintra en 2009 y regresó el 1 de julio de 2020. Ahora está recibiendo el Embraer A-29N Super Tucano, que asumirá tanto la función de entrenamiento como la de ataque ligero que los Alpha Jet dejaron en Beja en 2005.

El Escuadrón 601 “Lobos” se formó en marzo de 1986 en Montijo para patrullar el mar y cazar submarinos. Su primer P-3P, uno de los seis P-3B exaustralianos reconstruidos para Portugal, llegó el 7 de agosto de 1988. Durante la Operación Sharp Guard en el Adriático, entre 1992 y 1996, el escuadrón realizó 576 misiones y acumuló 3712 horas de vuelo. El 19 de febrero de 2008 se trasladó a Beja, otorgando a la base del Alentejo un papel marítimo por primera vez.

Los P-3P fueron reemplazados por cinco aviones P-3C CUP+ de fabricación neerlandesa. El primero llegó en agosto de 2010 y el P-3P realizó su última misión operativa el 13 de octubre de 2011, tras más de 25.000 horas de vuelo. Los nuevos aviones fueron enviados directamente al Océano Índico: 40 misiones y más de 320 horas en la Operación Atalanta de la UE desde las Seychelles en 2010, y luego 30 misiones y 245 horas en la Operación Escudo Oceánico de la OTAN en 2011, que el escuadrón denomina su bautismo de fuego.

En septiembre de 2023, Portugal acordó la compra de seis P-3C de la Armada alemana, junto con kits de modernización, repuestos, equipos de prueba y simuladores. El primero aterrizó en Beja a las 14:20 del 9 de febrero de 2024. Se trata de un curioso ciclo histórico: la base que Alemania construyó para su propio entrenamiento ahora recibe nuevamente aviones alemanes excedentes, como ya ocurrió con los Alpha Jet en 1993. Aún no se ha publicado cuántos de los seis aviones volarán ni cuántos se utilizarán como repuestos.

Beja es donde la Fuerza Aérea despliega sus aeronaves más modernas. El Escuadrón 506 “Rinocerontes” fue creado el 20 de mayo de 2023 mediante la Orden 39/2023 del Jefe del Estado Mayor del Aire, para operar el Embraer KC-390 en misiones de transporte, reabastecimiento en vuelo y extinción de incendios. Su nombre evoca al rinoceronte indio enviado al rey Manuel I en 1515. El primer avión aterrizó en Beja a las 16:30 del 19 de octubre de 2023 tras un vuelo de entrega transatlántico; en 2019 se encargaron cinco unidades por 827 millones de euros, con simulador y doce años de soporte, para reemplazar al C-130H.

Un tercer KC-390 llegó el 18 de julio de 2025 y un cuarto, el primero con el equipo de reabastecimiento en vuelo, el 24 de enero de 2026; se ha encargado un sexto avión. La primera misión de ayuda humanitaria de gran repercusión del escuadrón tuvo lugar entre el 26 y el 27 de junio de 2026, cuando dos KC-390 partieron de Beja hacia Venezuela con 64 miembros del personal de emergencia portugués y unas 23 toneladas de ayuda tras los terremotos ocurridos en la zona.

El segundo modelo nuevo es el A-29N Super Tucano. Portugal encargó 12 unidades en diciembre de 2024 por unos 200 millones de euros, y los primeros ejemplares con configuración OTAN se entregaron en OGMA, Alverca, el 17 de diciembre de 2025 al Escuadrón 101 en Beja. En la misma ceremonia se firmó una carta de intenciones para construir una fábrica de aviones en Beja con capacidad para producir el A-29N; The Aviationist señala que sería la tercera línea de producción de este modelo, después de Brasil y Florida. Aún no se ha publicado la fecha de inicio de la producción.

Las pistas de aterrizaje, financiadas por Alemania, siempre fueron un activo civil muy atractivo. Junto a la base se inauguró una terminal civil, con un coste de 33 millones de euros procedentes de fondos regionales europeos y presupuestos estatales entre 2006 y 2008. El primer vuelo comercial despegó a las 18:25 del 13 de abril de 2011: un Boeing 757-200 de TACV con 70 pasajeros con destino a Fogo, en Cabo Verde. ANA Aeroportos de Portugal es la empresa concesionaria; la normativa aeronáutica nacional designa al comandante de la Base Aérea 11 como operador militar y establece que la actividad militar tiene prioridad.

Los pasajeros no siguieron el ejemplo. Observador contabilizó 6624 pasajeros y 245 movimientos en los primeros tres años; las series de vuelos chárter a Londres, Stuttgart y Hannover aparecieron y desaparecieron, y una ruta a París en 2014 fue cancelada después de cuatro de las doce rotaciones previstas. En 2017, ANA declaró que el aeropuerto servía esencialmente para estacionamiento y mantenimiento, señalando que la gente vuela a destinos, no a aeropuertos. La Wikipedia en inglés, citando a ANA, indica 5096 pasajeros en 2018.

En cambio, Beja se convirtió en un parque aeronáutico. Hi Fly lo utiliza desde 2016 para estacionamiento y mantenimiento en pista, y allí alojó su Airbus A380 desde 2018 hasta el 17 de diciembre de 2020. Su filial Mesa inauguró un hangar de mantenimiento de 30 millones de euros el 12 de enero de 2021. La futura fábrica del Embraer A-29N añadiría un tercer uso industrial. Para la Fuerza Aérea, la situación es bastante tranquila: los militares mantienen la prioridad en la pista, y la actividad civil rara vez ha sido lo suficientemente intensa como para competir.