Beja werd niet gebouwd omdat Portugal een extra luchtmachtbasis nodig had. Het werd gebouwd omdat West-Duitsland ruimte nodig had. Volgens de eigen geschiedenis van de luchtmacht werd basis Aérea N.º 11 opgericht bij Portaria 20856 van 21 oktober 1964, een datum die de basis nog steeds als haar oprichtingsdatum hanteert, om te voldoen aan bilaterale overeenkomsten die de Duitse luchtmacht een plek boden voor operationele training, weg van de drukke, bewolkte luchtruimen van Centraal-Europa. Het commando en de diensten begonnen in 1967 met de werkzaamheden, de infrastructuur werd in 1968 voltooid en aan de zuidwestelijke rand van Beja werd een woonwijk met 330 huizen gebouwd.

De luchtmacht registreert twee squadrons F-104's van de Luftwaffe op Beja van 1970 tot 1973, toen een reorganisatie in Duitsland ze terug naar huis bracht. Duitse bronnen, die hier alleen als hulpmiddel dienen, vertellen een langer verhaal: een trainingscommando, opgericht in Köln-Wahn op 1 april 1963, verhuisde in 1965 naar Beja en vloog met Fiat G.91's tot 18 Alpha Jets deze in juli 1980 vervingen. Beide versies zijn het erover eens dat Beja ook dienst deed als ondersteuningsvliegveld, en de luchtmacht merkt op dat Lufthansa en TAP het gebruikten voor de training van bemanningen.

De Portugees-Duitse overeenkomst van 16 augustus 1979 leidde tot een permanent Alpha Jet-eskader voor operationele training, inclusief schietoefeningen op het Alcochete-oefenterrein aan de overkant van de Taag. Deze overeenkomst bleef van kracht tot de Duitse hereniging en de daaropvolgende bezuinigingen. De overeenkomst werd in 1993 niet verlengd; het Duitse commando werd op 16 december 1993 opgeheven en op 31 maart 1994 formeel ontbonden. Als compensatie vroeg Portugal om 50 overtollige Alpha Jets, die het vervolgens kosteloos ontving en die de volgende 25 jaar van Beja vormgaven.

De permanente Portugese aanwezigheid begon in januari 1987, toen Esquadra 103 “Caracóis” vanuit Monte Real arriveerde met de Northrop T-38A Talon waarmee het sinds juli 1980 had gevlogen. De luchtmacht zegt dat het squadron uit Monte Real kwam; de Engelstalige Wikipedia noemt Montijo, wat onjuist is ten opzichte van de eigen gegevens van de luchtmacht. De T-38's waren in juni 1993 vertrokken en op 6 oktober 1993 begon het squadron te vliegen met de voormalige Duitse Alpha Jet, een type dat ook werd gebruikt door het aanvalssquadron Esquadra 301 “Jaguares” in Beja.

Van de 50 Alpha Jets waren er volgens Tecnologia & Defesa ongeveer 40 bestemd voor de luchtmacht en werden er tien als reserve gehouden. Esquadra 301 gebruikte ze tot 2005 voor grondaanvallen, waarna het naar Monte Real verhuisde en overstapte op de F-16. Esquadra 103 bleef functioneren als geavanceerde straaljagerschool. De totalen verschillen enigszins per bron: Fliegerweb meldt 53.000 vlieguren en 170 opgeleide straaljagerpiloten, Tecnologia & Defesa meer dan 50.000 uur en de luchtmacht meer dan 100.000 uur voor het squadron, verdeeld over alle vliegtuigtypen.

Het squadron herstelde ook de Portugese demonstratievluchten. In 2001 vormde het een Alpha Jet-paar, de Parelha da Cruz de Cristo, dat in 2005 de Asas de Portugal werd en in 2010 werd opgeheven. De laatste Alpha Jets werden in januari 2018 uitgefaseerd; de luchtmacht noemt 13 januari, Fliegerweb 18 januari. De geavanceerde straaljageropleiding werd naar het buitenland verplaatst en Esquadra 103 bleef, volgens de luchtmacht, wachten op nieuwe vliegtuigen.

Het vertrek van de Duitsers maakte ruimte vrij, en de luchtmacht vulde die snel op. Op 16 november 1993 verhuisde het Alouette III-eskader Esquadra 552 “Zangões” van Tancos naar Beja, waar het transport, tactische ondersteuning, vlieginstructie en kustredding verzorgde. Tussen februari 2000 en juli 2002 stuurde het vier Alouettes naar de VN-missie in Oost-Timor, waar ze 2700 vlieguren maakten en meer dan 10.000 passagiers en 131 gewonden vervoerden. Van 2004 tot 2010 verzorgde het eskader ook de helikopterdemonstraties van het Rotores de Portugal-helikopterteam.

De eerste AgustaWestland AW119 Mk II Koala arriveerde op 16 februari 2019. De Alouette III vloog zijn laatste Portugese missie op 17 juni 2020, na wat de luchtmacht telt als meer dan 300.000 vlieguren in 57 jaar. De Koala is uitgerust met drijvers, een reddingslier en een laadvermogen van 1400 kg, inclusief een emmer voor het bestrijden van bosbranden. Naast de piloot biedt het toestel plaats aan zeven passagiers en wordt het nog steeds ingezet voor tactisch transport, training en reddingsoperaties.

De basisopleiding voor piloten is meerdere keren verplaatst. Esquadra 101 “Roncos”, dat in 1989 achttien Socata TB-30 Epsilon-vliegtuigen aanschafte, was vanaf 1993 gestationeerd in Beja, verhuisde in 2009 naar Sintra en keerde op 1 juli 2020 terug. Het squadron ontvangt nu de Embraer A-29N Super Tucano, die zowel de trainingsrol als de rol van lichte aanvalsvliegtuigen overneemt, taken die in 2005 met de Alpha Jets van Beja vertrokken.

Esquadra 601 “Lobos” werd in maart 1986 opgericht in Montijo om de zee te patrouilleren en onderzeeërs op te sporen. De eerste P-3P, een van de zes ex-Australische P-3B's die voor Portugal waren omgebouwd, arriveerde op 7 augustus 1988. Tijdens Operatie Sharp Guard in de Adriatische Zee, van 1992 tot 1996, voerde het squadron 576 missies uit en maakte 3.712 vlieguren. Op 19 februari 2008 verhuisde het naar Beja, waardoor de basis in de Alentejo voor het eerst een maritieme rol kreeg.

De P-3P's werden vervangen door vijf voormalige Nederlandse P-3C CUP+ toestellen. De eerste arriveerde in augustus 2010 en de P-3P vloog zijn laatste operationele missie op 13 oktober 2011, na meer dan 25.000 vlieguren. De nieuwe toestellen werden direct ingezet in de Indische Oceaan: 40 missies en meer dan 320 uur in het kader van de EU-operatie Atalanta vanuit de Seychellen in 2010, gevolgd door 30 missies en 245 uur in het kader van de NAVO-missie Ocean Shield in 2011, wat het squadron zijn vuurdoop noemt.

In september 2023 stemde Portugal in met de aankoop van zes voormalige Duitse marine-P-3C's, inclusief moderniseringskits, reserveonderdelen, testapparatuur en simulatoren. De eerste landde op 9 februari 2024 om 14:20 uur op Beja. Het is een mooie historische cirkel: de basis die Duitsland bouwde voor zijn eigen training ontvangt nu opnieuw overtollige Duitse vliegtuigen, net als met de Alpha Jets in 1993. Hoeveel van de zes daadwerkelijk zullen vliegen en hoeveel als reserveonderdelen zullen dienen, is niet bekendgemaakt.

Beja is de thuisbasis van de nieuwste vliegtuigen van de luchtmacht. Esquadra 506 “Rinocerontes” werd op 20 mei 2023 opgericht bij order 39/2023 van de chef van de luchtmachtstaf, om de Embraer KC-390 te gebruiken voor transport, luchtbijtanken en brandbestrijding. De naam verwijst naar de Indiase neushoorn die in 1515 naar koning Manuel I werd gestuurd. Het eerste toestel landde op 19 oktober 2023 om 16:30 uur in Beja na een transatlantische leveringsvlucht; vijf toestellen werden in 2019 besteld voor 827 miljoen euro, inclusief een simulator en twaalf jaar ondersteuning, ter vervanging van de C-130H.

Een derde KC-390 arriveerde op 18 juli 2025 en een vierde, de eerste met de tankkit, op 24 januari 2026; een zesde toestel is besteld. De eerste grootschalige hulpmissie van het squadron vond plaats op 26-27 juni 2026, toen twee KC-390's vanuit Beja naar Venezuela vertrokken met 64 Portugese hulpverleners en ongeveer 23 ton aan hulpgoederen na de aardbevingen daar.

Het tweede nieuwe type is de A-29N Super Tucano. Portugal bestelde er twaalf in december 2024 voor ongeveer 200 miljoen euro, en de eerste exemplaren in NAVO-configuratie werden op 17 december 2025 overgedragen aan OGMA in Alverca voor Esquadra 101 in Beja. Tijdens dezelfde ceremonie werd een intentieverklaring getekend voor de bouw van een vliegtuigfabriek in Beja die de A-29N kan produceren; The Aviationist merkt op dat dit de derde productielijn voor dit type zou zijn, na Brazilië en Florida. Er is nog geen datum voor de start van de productie bekendgemaakt.

De door Duitsland gefinancierde landingsbanen waren altijd al een aantrekkelijke civiele aanwinst. Naast de basis werd een civiele terminal geopend, die tussen 2006 en 2008 33 miljoen euro kostte, gefinancierd met Europese regionale fondsen en staatsgelden. De eerste commerciële vlucht vertrok op 13 april 2011 om 18:25 uur, een Boeing 757-200 van TACV met 70 passagiers naar Fogo op Kaapverdië. ANA Aeroportos de Portugal heeft de concessie; de nationale luchtvaartautoriteit (AIP) wijst de commandant van luchtmachtbasis 11 aan als de militaire exploitant en stelt dat militaire activiteiten voorrang hebben.

Passagiers volgden niet. Observador telde 6.624 passagiers en 245 vliegbewegingen in de eerste drie jaar; chartervluchten naar Londen, Stuttgart en Hannover kwamen en gingen, en een route naar Parijs in 2014 werd geannuleerd na vier van de twaalf geplande vluchten. In 2017 zei ANA dat de luchthaven in wezen diende als parkeer- en onderhoudsterrein, en merkte op dat mensen naar hun bestemming vliegen, niet naar luchthavens. De Engelstalige Wikipedia, die ANA citeert, vermeldt 5.096 passagiers in 2018.

In plaats daarvan werd Beja een vliegtuigpark. Hi Fly gebruikt het sinds 2016 voor parkeren en lijnonderhoud, en had er van 2018 tot 17 december 2020 zijn Airbus A380 gestationeerd. Zusterbedrijf Mesa opende op 12 januari 2021 een onderhoudshangar van 30 miljoen euro. De geplande Embraer A-29N-fabriek zou een derde industriële bestemming toevoegen. Voor de luchtmacht is de regeling over het algemeen rustig: het leger behoudt prioriteit op de landingsbaan en de civiele sector is zelden druk genoeg geweest om te concurreren.