תוכניות לשדה תעופה באיינדהובן מתוארכות לשנת 1921, על פי ההיסטוריה של חיל האוויר עצמו, אך הטיסות החלו רק בספטמבר 1932, כאשר שדה התעופה האזרחי של ולשאפ נפתח על שטח של 55 דונם של דשא. טרמינל נבנה לאחר מכן במאי 1935. הצבא השתלט עליו לאחר מכן עם התקרבות המלחמה: משרד ההגנה מתארך את הדרישה לגיוס באפריל 1939, בעוד שמחקר שדה התעופה של הלופטוואפה מאת הנרי דה-זנג מציין את ספטמבר 1939.

כוחות גרמנים כבשו את השדה יומיים לאחר הפלישה ב-10 במאי 1940 ושינו את שמו ל"פליגרהורסט איינדהובן". ההרחבה החלה מיד. דזנג מתעד כי הלופטוואפה הביא כמה אלפי פועלים הולנדים ביוני 1940 והמסלול הראשי סיים עד סוף יולי. השדה גדל ליותר מפי שניים מגודלו לפני המלחמה, עם שלושה מסלולי המראה סלולים שנפרשו כמו אות גדולה, שניים באורך 1,500 מטר ואחד באורך 1,200 מטר, כולם מכוסים באספלט וצבועים בגוונים כדי להשתלב עם השדות סביבם.

הפלייהורסט הייתה תחנת מפציצים ומטוסי קרב ליליים עמוסה. דזנג מפרטת את II./KG 4 מיוני 1940 עד מרץ 1941, תקופות של KG 30 ו-KG 2 עד תחילת 1944, ואת I./NJG 2 באמצע 1944. בעלות הברית תקפו אותה שוב ושוב: מטוסי P-47 תקפו אותה ב-22 בפברואר 1944, הפציץ אותה ב-30 במרץ, וב-14 ביוני 1944, פשיטה של 63 מטוסי B-24 ליברטורים השמידה שבעה מטוסי קרב ליליים מדגם Ju 88 על הקרקע.

הגרמנים כרתו את מסלולי ההמראה לקראת הריסה בסוף מאי 1944 והשלימו את ההריסה ב-5 בספטמבר. צנחנים אמריקאים מהדיוויזיה המוטסת ה-101 שחררו את איינדהובן ב-18 בספטמבר 1944, במהלך מבצע מרקט גארדן, ודגל הולנד הונף מעל שדה התעופה למחרת. יחידות תיקון בריטיות מילאו לאחר מכן כ-1,650 מכתשי פצצות כדי שחיל האוויר המלכותי יוכל להשתמש בשדה, שהפך לשטח נחיתה מתקדם B.78 עבור מטוסי טייפון וכנפי סיור של חיל האוויר המלכותי הקנדי וחיל האוויר המלכותי.

חיל האוויר המלכותי ההולנדי נכנס לפעילות בשנת 1952, כאשר טייסות 314, 315 ו-316 הוקמו באיינדהובן כטייסות קרב-מפציצים על מטוסי הרפובליקה F-84G ת'אנדרג'ט. שלושתן עברו הסבה למטוסי F-84F ת'אנדרסטריק בעלי כנף רחפת בשנת 1956. במשך כמעט שני עשורים היו באיינדהובן שלוש טייסות סילון בו זמנית. זו הייתה תחילתן של 42 שנות טיסה של מטוסי קרב מהשדה.

טייסת 315 עזבה לטווינטה באפריל 1970. טייסת 314 הסבה ל-NF-5A בשנת 1970 ועברה לגילזה-ריין עד 1988, על פי היסטוריית הטייסת שנשמרה באתר החובבים F-16.net; ההיסטוריה של חיל האוויר עצמו מספרת רק שהיא עזבה כמה שנים לאחר 315. טייסת 316, שכונתה פלקון, נשארה והטיסה את ה-NF-5A משנת 1971. סמל הטייסת הציג בז חום על רקע צהוב, עם המוטו Doelbewust en trefzeker, נחוש ומדויק.

בשנת 1991, טייסת 316 עברה הסבה ל-F-16A, החל בגילזה-ריין לפני שחזרה לאיינדהובן; ההיסטוריה של הבסיס מעמידה את ה-NF-5 בשירות עד 1991. "הספר הלבן של ההגנה" משנת 1993, שצמק את חיל האוויר לאחר המלחמה הקרה, סיים את פעילותה של הטייסת, וטייסת 316 פורקה ב-1 באפריל 1994, ובכך סגרה 42 שנות טיסה של מטוסי קרב באיינדהובן. מפברואר 1983 עד 1995 נוהל הבסיס תחת פיקוד אחד עם גילזה-ריין; השניים הופרדו שוב כאשר משימותיהם התפצלו.

רעש עיצב את שדה התעופה הרבה לפני עזיבת מטוסי הקרב. עקב תלונות מצד תושבי איינדהובן, אומר משרד ההגנה, שונה כיוון המסלול בשנת 1984 כך שמטוסים הממריאים יימנעו ממרכז העיר. באותה שנה נפתח בצד השני של השדה טרמינל אזרחי שתוכנן על ידי ליאו דה בבר, תחילתו של שדה התעופה הצבאי והאזרחי המשותף של ימינו.

מעט אחרי שש בערב ביום שני, 15 ביולי 1996, התקרב מטוס C-130H Hercules CH-06 של חיל האוויר הבלגי לאיינדהובן מאיטליה. על הסיפון היו ארבעה אנשי צוות בלגיים ו-37 אנשי קורפוס הפאנפר של הצבא ההולנדי המלכותי. ברגע האחרון המטוס נתקל בלהקה גדולה של ציפורים מעל המסלול; דיווחים משניים המבוססים על החקירות קוראים לזרזירים, שנבלעו בשני המנועים השמאליים. הצוות ניסה לסובב, ההרקולס התהפך בחדות שמאלה, כנפו השמאלית פגעה בדשא והמטוס התרסק ועלה באש.

בקרת התנועה האווירית ושירותי הכבאות של הבסיס האמינו שרק ארבעת אנשי הצוות היו על הסיפון, מכיוון שפרטי הנוסעים בתוכנית הטיסה לא הועברו לאיינדהובן. הדיווחים חלוקים לגבי כמה זמן לקח עד שמישהו הבין שיש אנשים בתא המטען: סיכומים בשפה האנגלית נותנים כשלושים דקות, הערך באנציקלופדיה הגרמנית 23 דקות. אחד עשר אנשים חולצו בחיים וארבעה מהם מתו מאוחר יותר בבית החולים. בסך הכל 34 מתו, כל ארבעת אנשי הצוות ו-30 חברי התזמורת, ו-7 שרדו עם פציעות קשות.

חקירות רבות הובאו לאחר מכן; מחברי הספר "De vergeten ramp" ספרו כארבעים דוחות עד 2010. צוות מחקר המשברים (COT) בפיקודו של פרופסור אורי רוזנטל האשים שגיאות מערכת וכשלים ארגוניים. באוקטובר 1996 שלושה קציני חיל האוויר פוטרו מתפקידם: מפקד הבסיס, קצין בקרת התנועה האווירית ומפקד שירותי הכיבוי. הם הועמדו לדין ובסופו של דבר זוכו מחוסר ראיות. ערך באנציקלופדיה הגרמנית, המצטט את רשת בטיחות התעופה, מוסיף כי הצוות כיבה את המנוע הלא נכון, מספר 3, לאחר פגיעת הציפור; לא ניתן היה לאשר זאת ממקור רשמי עבור דף זה.

בשנת 2002, לבקשת Tweede Kamer, המועצה הלאומית לבטיחות בתחבורה, ענתה על שאלות בנוגע לחילוץ. מסקנתה העיקרית הייתה שכאשר נוסעים אינם יכולים להציל את עצמם, לשירותי החירום חסר כוח האדם והציוד המתקדם כדי לחלץ אותם בזמן. המועצה לא חלקה במפורש את מסקנת הממשלה כי ניתן היה לחלץ את הנוסעים מוקדם יותר: המערכת לכך לא הייתה קיימת, לא באיינדהובן או במקומות אחרים, וברובה עדיין לא הייתה קיימת בשנת 2002. המועצה הגיבה ארבע המלצות בנוגע לשירותי כיבוי והצלה בשדות תעופה ולנושא הטסת אזרחים במטוסים צבאיים.

חייה השניים של איינדהובן כבסיס תובלה החלו במאי 1992, כאשר טייסת 334 עברה מסוסטרברג עם מטוס הפוקר F27. ה-F27 לא יכל לחצות את האוקיינוס האטלנטי ונעלם בשנת 1996, והוחלף על ידי מטוסי KDC-10, DC-10, C-130, Gulfstream IV, Fokker 50 ו-Fokker 60U. מטוסי המכלית הגיעו מחברת מרטינייר, ששני מטוסי DC-10-30CF שלה רכשה הולנד בשנת 1992; כאשר אחד נהרס בהתרסקות טיסה 495 של מרטינייר, נרכש מטוס שלישי. שניים הוסבו למטוסי תובלה של KDC-10 בין אוקטובר 1994 לדצמבר 1995.

מטוסי ה-KDC-10, ששמם פרינס ברנהרד (T-264) ויאן שפר (T-235), הפכו למטוסי הדגל של איינדהובן במשך רבע מאה. על פי דיווחי הבסיס, בתרגיל EDA בשנת 2018, ה-KDC-10 ההולנדי שמר על זמינות של 95 אחוז מעל עיראק וסוריה במבצע Inherent Resolve ופרק כמעט 6.5 מיליון ליטר דלק ליותר מ-1,000 מטוסי קואליציה. ה-T-264 הוצא משימוש בנובמבר 2019 וה-T-235 באוקטובר 2021; שניהם הועברו לקבלן האמריקאי Omega Aerial Refueling Services.

יורשם משותף. צי ה-MRTT הרב-לאומי צמח מיוזמת נאט"ו עליה הוסכם בפסגת שיקגו בשנת 2012. הולנד ולוקסמבורג השיקו את הפרויקט ביולי 2016 עם הזמנה של שני מטוסי איירבוס A330 MRTT; גרמניה ונורבגיה הצטרפו בספטמבר 2017, בלגיה בינואר 2018 וצ'כיה בשנת 2019, מה שהביא את ההזמנה לשמונה. פולין פרשה בשנת 2016, ימים לפני החתימה. השותפים קונים שעות טיסה במקום שלדות מטוסים בודדות.

מטוס ה-A330 MRTT הראשון סופק ביוני 2020. איינדהובן הוא בסיס הפעילות העיקרי של הצי, כאשר קלן בגרמניה היא בסיס הפעילות הקדמי, וקארופ בדנמרק תגיע לאחר מכן עם הגעת המטוסים ה-11 וה-12 באמצע 2028 ותחילת 2029. כושר מבצעי ראשוני הגיע במרץ 2023 וכושר מבצעי מלא במרץ 2026. דנמרק ושוודיה הצטרפו ביוני 2025 עם שני מטוסים נוספים, ופינלנד ביולי 2026, והצטרפו לתשע חברות. דף הבסיס של חיל האוויר עדיין מדבר על שש שותפות נאט"ו; הספירה של נאט"ו עצמה היא העדכנית ביותר.

איינדהובן היא כיום מפקדת פיקוד הניידות האווירית של חיל האוויר, שמשרד ההגנה מפרט את ארבע משימותיו כתובלה אווירית ותדלוק אוויר-אוויר, טיפול במטענים ובנוסעים, שמירה על שדה התעופה פתוח למשתמשים צבאיים ואזרחיים, ואירוח יחידות הולנדיות וזרות. חמש טייסות שייכות לה: טייסת 334 עם הגאלפסטרים, טייסת 336 עם ה-C-130, וטייסות 940, 941 ו-942 ללוגיסטיקה, שירותי שדה תעופה ותחזוקה.

טייסת 336 מפעילה ארבעה מטוסי C-130 הרקולס, G-273, G-275, G-781 ו-G-988, בגרסאות H-30 סטנדרטיות ומוארכות. הם צפויים להיות מוחלפים על ידי ה-Embraer C-390, שנרכש יחד עם אוסטריה ושבדיה, כאשר המטוס הראשון צפוי בסוף 2027 והאחרון ב-2029. מטוס הממשלתי של טייסת 334 הוא Gulfstream G650ER V-117, שנבנה בשנת 2014, הנושא עד 15 נוסעים עבור הנהגת ההגנה, החזרות דחופות וטיסות לבית המלוכה.

שלושה גופים רב-לאומיים יושבים לצד היחידות ההולנדיות. מרכז תיאום התנועה האירופי (MMU) נמצא באיינדהובן מאז ה-1 ביולי 2007. פיקוד התחבורה האווירית האירופי הוקם ב-1 ביולי 2010 ונחנך באיינדהובן ב-1 בספטמבר 2010 על ידי בלגיה, צרפת, גרמניה והולנד; לוקסמבורג הצטרפה ב-22 בנובמבר 2012, ספרד ביולי 2014 ואיטליה בדצמבר 2014. הוא אחראי על ציי התובלה האווירית, תדלוק אוויר-אוויר ופינוי אווירורפואי של שבעת חבריו מתוך צוות של כ-200 איש. השלישי הוא פיקוד התחבורה האווירית האירופי (MMU) עם מטוסי המכלית A330 שלו.