空軍自身の記録によると、アイントホーフェンに飛行場を建設する計画は1921年に遡るが、実際に飛行が始まったのは1932年9月、55ヘクタールの草地にウェルシャップ民間飛行場が開設された時だった。ターミナルは1935年5月に建設された。その後、戦争が近づくにつれて軍が飛行場を引き継いだ。国防省は1939年4月の動員令発令時に軍が接収したとしているが、ヘンリー・デ・ゼンによるドイツ空軍の飛行場調査では1939年9月となっている。.

ドイツ軍は1940年5月10日の侵攻から2日後にこの飛行場を占領し、アイントホーフェン飛行場と改名した。拡張工事は直ちに開始された。デゼンの記録によると、ドイツ空軍は1940年6月に数千人のオランダ人労働者を投入し、7月末までに主要滑走路を完成させた。飛行場は戦前の2倍以上の規模に拡大し、1,500メートルの滑走路2本と1,200メートルの滑走路1本が、大文字のAのように配置された3本の舗装滑走路が整備された。これらの滑走路はすべてアスファルトで覆われ、周囲の畑に溶け込むように色調が調整されていた。.

フリーガーホルストは、爆撃機と夜間戦闘機の拠点として非常に活発な活動を行っていた。デゼングの記録によると、1940年6月から1941年3月までは第4爆撃航空団第II飛行隊、1944年初頭までは第30爆撃航空団と第2爆撃航空団が、1944年中頃には第2夜間戦闘航空団第I飛行隊が駐留していた。連合軍は繰り返しこの基地を攻撃し、1944年2月22日にはP-47戦闘機による機銃掃射、3月30日には急降下爆撃、そして1944年6月14日には63機のB-24リベレーター爆撃機による空襲で地上に駐機していたJu 88夜間戦闘機7機が破壊された。.

ドイツ軍は1944年5月末に滑走路に爆破用の地雷を敷設し、9月5日に爆破を完了した。1944年9月18日、マーケットガーデン作戦中にアメリカ第101空挺師団の空挺部隊がアイントホーフェンを解放し、翌日には飛行場にオランダ国旗が掲げられた。その後、イギリスの修理部隊が約1,650個の爆弾のクレーターを埋め、イギリス空軍が飛行場を使用できるようにした。この飛行場は、イギリス空軍とカナダ空軍のタイフーン戦闘機および偵察機部隊のための前線着陸場B.78となった。.

オランダ空軍は1952年にアイントホーフェン基地に拠点を移し、第314、第315、第316飛行隊がリパブリックF-84Gサンダージェットを装備した戦闘爆撃機部隊として編成された。1956年には3個飛行隊すべてが後退翼のF-84Fサンダーストリークに機種転換した。アイントホーフェン基地はほぼ20年間、3個ジェット飛行隊が同時に駐留する基地となった。これは、この基地からの42年にわたる戦闘機運用の始まりであった。.

315飛行隊は1970年4月にトゥエンテへ出発した。F-16.net愛好家サイトが保管している飛行隊の歴史によると、314飛行隊は1970年にNF-5Aに機種転換し、1988年までにギルゼ・ライエンへ移動した。空軍自身の歴史では、315飛行隊の数年後に撤退したとしか書かれていない。ファルコンの愛称で呼ばれる316飛行隊は留まり、1971年からNF-5Aを運用した。そのバッジは黄色の地に茶色のハヤブサが描かれ、モットーはDoelbewust en trefzeker（決意と正確さ）だった。.

1991年、第316飛行隊はギルゼ・ライエン基地からF-16Aに機種転換し、その後アイントホーフェン基地に戻った。基地の歴史では、NF-5は1991年まで運用されていた。冷戦終結後に空軍を縮小した1993年の国防白書により同飛行隊は廃止され、第316飛行隊は1994年4月1日に解散し、アイントホーフェン基地での42年間の戦闘機飛行に幕を下ろした。1983年2月から1995年まで、同基地はギルゼ・ライエン基地と一つの指揮下で運営されていたが、任務が分かれたため再び分離した。.

戦闘機が去るずっと前から、騒音は飛行場の景観を形作っていた。国防省によると、アイントホーフェン市民からの苦情を受け、1984年に滑走路の方向が変更され、離陸する航空機が市街地を避けるようになった。同年、レオ・デ・ベバーが設計した民間ターミナルが飛行場の反対側に開設され、今日の軍民共用空港の始まりとなった。.

1996年7月15日月曜日の午後6時過ぎ、ベルギー空軍のC-130HハーキュリーズCH-06がイタリアからアイントホーフェンに接近した。機内にはベルギー人乗員4名とオランダ陸軍のファンファーレコルプス隊員37名が搭乗していた。着陸態勢に入った直後、機体は滑走路上空で鳥の大群に遭遇した。調査に基づく二次的な報告では、ムクドリが左側の2基のエンジンに吸い込まれたとされている。乗員は着陸をやり直そうとしたが、ハーキュリーズは急激に左に傾き、左翼が草地に接触して墜落し、炎上した。.

航空管制と基地消防隊は、乗客の詳細が飛行計画書に記載されておらずアイントホーフェンに伝えられていなかったため、乗員4名のみが搭乗していると考えていた。貨物室に人がいることに誰かが気づくまでにかかった時間については諸説あり、英語の要約では約30分、ドイツ語の百科事典では23分となっている。11名が生存して救出されたが、そのうち4名は後に病院で死亡した。乗員4名と楽隊員30名を含む計34名が死亡し、7名が重傷を負って生存した。.

その後、多くの調査が行われ、『忘れられたランプ』の著者らは、2010年までに約40件の報告があったと数えている。ウリ・ローゼンタール教授率いる危機調査チーム（COT）は、システムエラーと組織的欠陥を原因として挙げた。1996年10月、基地司令官、航空管制官、消防隊長の3人の空軍将校が職務を解かれた。彼らは起訴されたが、証拠不十分で最終的に無罪となった。ドイツの百科事典の項目では、航空安全ネットワークを引用して、乗組員が鳥衝突後に間違ったエンジン、つまり3番エンジンを停止したと付け加えているが、このページでは公式の情報源からこれを確認することはできなかった。.

2002年、第二院の要請により、国家運輸安全委員会は救助活動に関する質問に回答した。その主な結論は、乗客が自力で脱出できない場合、緊急サービスには乗客を時間内に救出するための人員と高度な装備が不足していたというものだった。同委員会は、乗客はもっと早く救出できたはずだという政府の結論には明確に同意しなかった。アイントホーフェン空港でも他の空港でも、そのようなシステムは存在せず、2002年当時もほとんど存在していなかったからだ。同委員会は、空港の消防・救助サービスと軍用機による民間人の輸送に関して4つの勧告を行った。.

アイントホーフェンが輸送基地として第二の人生を歩み始めたのは、1992年5月に第334飛行隊がソエステルベルクからフォッカーF27を携えて移駐してきた時だった。F27は大西洋を横断することができず、1996年までに退役し、KDC-10、DC-10、C-130、ガルフストリームIV、フォッカー50、フォッカー60Uに置き換えられた。タンカーはマーティンエアから提供されたもので、オランダは1992年にマーティンエア495便墜落事故で1機が失われたため、3機目を購入した。そのうち2機は1994年10月から1995年12月の間にKDC-10タンカー輸送機に改造された。.

プリンス・ベルンハルト（T-264）とヤン・シェッファー（T-235）と名付けられたKDC-10は、四半世紀にわたりアイントホーフェンの象徴的な航空機となった。基地自身の報告によると、2018年のEDA演習において、オランダのKDC-10は「インヘレント・リゾルブ作戦」においてイラクとシリア上空で95%の稼働率を維持し、1,000機以上の連合軍機に約650万リットルの燃料を供給した。T-264は2019年11月に、T-235は2021年10月に退役し、両機ともアメリカの請負業者オメガ・エアリアル・リフューリング・サービスに引き渡された。.

後継機は共有される。多国籍MRTTフリートは、2012年のシカゴサミットで合意されたNATOのイニシアチブから生まれた。オランダとルクセンブルクは2016年7月にエアバスA330 MRTTを2機発注してプロジェクトを開始し、ドイツとノルウェーは2017年9月に、ベルギーは2018年1月に、チェコ共和国は2019年に加わり、発注数は8機となった。ポーランドは署名の数日前に2016年に撤退した。パートナーは個々の機体ではなく飛行時間を購入する。.

最初のA330 MRTTは2020年6月に納入された。アイントホーフェンは同機の主要運用基地であり、ドイツのケルンが前方運用基地、デンマークのカルプは2028年中頃と2029年初頭に11機目と12機目が到着した際に運用基地となる予定である。初期運用能力は2023年3月に、完全運用能力は2026年3月に獲得した。デンマークとスウェーデンは2025年6月に2機を追加で、フィンランドは2026年7月に加わり、加盟国は9カ国となった。空軍基地のページには依然としてNATOパートナーが6カ国と記載されているが、NATO自身のカウントの方がより新しい。.

アイントホーフェンは現在、空軍の航空機動軍団の本部所在地であり、国防省が挙げている同軍団の任務は、航空輸送と空中給油、貨物と旅客の取り扱い、軍民両利用者のための飛行場の維持、そしてオランダおよび外国部隊の受け入れの4つである。同軍団には、ガルフストリームを運用する第334飛行隊、C-130を運用する第336飛行隊、そして兵站、飛行場サービス、整備を担当する第940、第941、第942飛行隊の計5個飛行隊が所属している。.

第336飛行隊は、標準型と延長型のH-30型を含む4機のC-130ハーキュリーズ（G-273、G-275、G-781、G-988）を運用している。これらの機体は、オーストリアとスウェーデンと共同購入したエンブラエルC-390に置き換えられる予定で、最初の機体は2027年末、最後の機体は2029年に納入される見込みである。第334飛行隊の政府専用機は、2014年製のガルフストリームG650ER V-117で、国防指導者、緊急帰国者、王室関係者のフライト用に最大15名を乗せることができる。.

オランダの部隊の他に、3つの多国籍機関が活動している。欧州移動調整センターは2007年7月1日からアイントホーフェンに拠点を置いている。欧州航空輸送司令部は2010年7月1日に設立され、同年9月1日にベルギー、フランス、ドイツ、オランダによってアイントホーフェンで開所式が行われた。ルクセンブルクは2012年11月22日、スペインは2014年7月、イタリアは2014年12月に加盟した。約200人の職員が、加盟7カ国の航空輸送、空中給油、航空医療搬送部隊に任務を与えている。3つ目はA330タンカーを保有するMMUである。.