De Tsjechoslowaakse militaire luchtvaart is in Kbely ontstaan. Volgens de officiële geschiedenis van de basis werd de locatie op de hoogvlakte tussen Kbely, Letňany en Vysočany aan de noordoostelijke rand van Praag in november 1918 gekozen, enkele weken na de onafhankelijkheid. Voor de winter werden er verschillende tijdelijke gebouwen en hangars van zeildoek opgetrokken, en in december 1918 steeg het eerste vliegtuig van de Tsjechoslowaakse "luchtnavigatie" op vanaf het vliegveld.

Het permanente vliegveld groeide in de jaren twintig. In het voorjaar van 1920 werden zes hangars van het Wagner-type overgebracht van het voormalige Oostenrijkse vliegveld in Cheb; sommige daarvan zijn bewaard gebleven en huisvesten nu museumstukken. Barakken en moderne hangars van gewapend beton volgden, aangelegd in een lichte boog rond een controletoren, en in 1928 werd de watertoren, bekend als "Maják" (de vuurtoren), met waarschuwings- en navigatielichten op de top, het herkenningspunt van de basis.

Kbely was ook de burgerluchthaven van Praag. In het voorjaar van 1923 werd een militair transportdetachement opgericht vanuit het 1e Luchtvaartregiment ter ondersteuning van de nieuwe Tsjechoslowaakse Staatsluchtvaartmaatschappij, en in oktober 1923 vertrok de eerste lijnvlucht van de luchtvaartmaatschappij vanuit Kbely naar Bratislava. Het vliegveld behield zijn monopolie tot de opening van Ruzyně in 1937. Begin 1938, met de oorlog in aantocht, vestigden het 4e Luchtvaartregiment met Avia B-534 jachtvliegtuigen en het 6e Luchtvaartregiment met Aero Ab-101 en Avia B-71 bommenwerper- en verkenningseskaders zich er.

De luchtmacht werd in 1938 gemobiliseerd, maar heeft nooit aan gevechten deelgenomen. In maart 1939 was Kbely een van de eerste militaire bases die door de Duitsers werden bezet, en de geschiedenis van de basis vermeldt dat ze grote reparatiefaciliteiten op het vliegveld en in nabijgelegen fabrieken hebben opgezet. Daardoor werden de vliegvelden bij Praag doelwitten: op 25 maart 1945 vielen zo'n 650 Amerikaanse bommenwerpers vanuit Italië Kbely, Letňany, Čakovice en de ČKD-fabriek in Vysočany aan, volgens een verslag dat door Wikipedia is samengevat; bij de aanval kwamen 235 mensen in Praag om het leven.

Na de bevrijding werd Kbely de thuisbasis van militair transport. In juli 1945 werd een militaire luchttransportgroep opgericht met door de Sovjet-Unie en Groot-Brittannië geleverde C-47's en buitgemaakte vliegtuigen. Een luchttransportregiment volgde in april 1946 en verhuisde in 1947 naar Kbely, gedeeltelijk heruitgerust met overtollig Amerikaans en Brits materieel. In 1952 beschikte het over twee C-47-eskaders, een Li-2-eskader en een zweefvliegtuigeskader, en in december 1953 werd het een transport- en luchtlandingsregiment.

In 1956 werd een VIP-eenheid van het ministerie, het 7e Squadron van het Ministerie van Nationale Defensie, afgesplitst en bleef in Kbely toen het regiment zelf in augustus 1959 naar Prostějov verhuisde. Mi-1 en Mi-4 helikopters arriveerden in 1956; de Il-14 maakte vanaf 1966 plaats voor de An-24, de eerste L-410 kwam in 1977, de Mi-17 in 1983, en Yak-40, Tu-134 en Tu-154 straaljagers vervoerden functionarissen. Op 31 december 1989 werd het 3e Luchttransportregiment opnieuw opgericht en op 5 mei 1990 kreeg het de naam van de eerste president, T.G. Masaryk.

Gedurende het grootste deel van de Koude Oorlog behoorden de eigen straaljagers van de regering niet toe aan de luchtmacht, maar aan de luchtvaartdienst van het ministerie van Binnenlandse Zaken. Het ministerie kocht tussen 1972 en 1979 acht Yak-40's, en de luchtmacht ontving er twee in 1981. Na de splitsing van Tsjecho-Slowakije behield het ministerie van Binnenlandse Zaken de rol van VIP-vervoerder, maar in 1998 besloot de regering de NAVO-praktijk te volgen: de Staatsluchtvaartdienst werd op 31 december 1998 ontbonden en vanaf 1 januari 1999 vlogen alle staatsfunctionarissen vanaf de basis in Kbely "zonder enige uitbreiding" van het personeel, zoals de geschiedenis van de basis het omschrijft.

De basis bereidde zich voor op de taak met een nieuwe verkeerstoren in 1996, een verbouwing van Hangar 47 tot passagiersterminal voor 50 miljoen kronen tussen 1995 en 1998, en een precisienaderingssysteem in 1998. De Canadair CL-601 Challenger die bij de overdracht hoorde, had zijn eerste officiële vlucht gemaakt, met premier Václav Klaus naar Neurenberg, op 24 september 1992; het toestel diende als 5105 tot 16 augustus 2022, maakte 7.692 vlieguren en bevindt zich nu in het museum van Kbely.

De twee Yak-40's maakten hun laatste vlucht op 2 september 2020 in Kbely. De eerste Airbus A319CJ, serienummer 2801, werd op 30 januari 2007 aan de vloot toegevoegd, gevolgd door een tweede, 3085. De eenheid werd op 1 juli 2003 omgedoopt tot de 24e Luchttransportbasis en het 241e Transporteskader vliegt tegenwoordig met de Airbussen. Kleinere delegaties reizen in twee luxe L-410 Turbolets, die samen met de Airbussen naar Ruzyně verhuisden toen de landingsbaan van Kbely in 2022 werd gesloten voor reparaties.

De tactische transportvloot is ondergebracht bij het 242e Transport- en Speciale Squadron, dat in 2007 werd afgesplitst van het 241e. Vier C-295M's, serienummers 0452 tot en met 0455, arriveerden in 2010 ter vervanging van de An-26, en twee C-295MW's, 0481 en 0482, volgden in 2021. Tegen januari 2026 hadden de zes toestellen ongeveer 25.400 vlieguren gemaakt in zo'n 23.000 vluchten; het squadron heeft er sinds 2013 één gestationeerd op de Sinaï bij de Multinationale Strijdkrachten en Waarnemers. Het squadron vliegt ook met L-410 Turbolets, waaronder twee L-410FG fotogrammetrievliegtuigen die worden gebruikt voor luchtfotografie en laserscanning.

Een aantal van de vluchten betrof evacuatievluchten. Op 31 juli 2014 vloog C-295M 0452 van Kbely naar Tripoli, toen de gevechten met milities de Libische hoofdstad naderden. Na een tankstop in Palermo werden 21 mensen teruggebracht, onder wie de Tsjechische ambassadeur en 11 medewerkers van de Zwitserse ambassade. In augustus 2021 maakte de A319CJ 3085 van het 241e Squadron drie vluchten naar Kabul via Bakoe en bracht 195 mensen naar Kbely.

De meest ongebruikelijke lading zijn wilde paarden. In samenwerking met de dierentuin van Praag hebben de C-295's Przewalski-paarden teruggebracht naar Centraal-Azië: 34 naar het Great Gobi B-reservaat in West-Mongolië tussen 2011 en 2019, en sinds 2024 naar het Altyn Dala-reservaat in Kazachstan, waar C-295M 0455 er acht afleverde tijdens het derde transport tussen 31 mei en 4 juni 2026, waarmee het totaal op 55 komt.

Het 243e Helikoptereskader vliegt met de in Polen gebouwde PZL W-3A Sokol en de Mi-17; de wervingswebsite van het leger telt 19 helikopters in het eskader. De Sokols arriveerden eind 1996, elf ervan verkregen uit Polen in ruil voor de tien overgebleven MiG-29 gevechtsvliegtuigen van Tsjechië. Hun eerste grote missie waren de catastrofale overstromingen in Moravië in 1997. Zes werden uitgerust voor de luchtreddingsdienst; in 20 jaar tijd maakten ze 27.300 vlieguren en vervoerden ze meer dan 11.600 patiënten.

De Sokols hebben geen gemakkelijke oude dag gehad. In februari 2024 annuleerde het ministerie van Defensie hun modernisering nadat het enige bod 850 miljoen kronen bedroeg, tegenover een geschatte prijs van 250 miljoen. De modernisering werd als onrendabel beschouwd en het type zal op 31 december 2028 uit dienst worden genomen. Ze zijn echter nog steeds actief: tussen 2 en 5 mei 2026 voerden Mi-17's uit Kbely en W-3A's uit Kbely en Líně 596 waterdroppingen uit en vervoerden 1.023 ton water tegen de brand in het Nationaal Park Boheems Zwitserland, meer dan een derde van alle drops.

Kbely vloog ook salonhelikopters. De Mi-8S VIP-versies arriveerden in januari 1989; de Tsjechische luchtmacht behield er vijf, terwijl een zesde, 0837, naar Slowakije ging toen de federatie zich splitste; drie waren er in 2021 nog over en zouden tussen 2023 en 2025 worden uitgefaseerd en vervangen door twee Mi-17's in een standaard passagiersuitvoering. Een daarvan, 0829, stortte op 28 oktober 2001 neer met de Amerikaanse astronaut Eugene Cernan aan boord, een ongeluk dat beschreven staat onder Incidenten.

In de oude hangars is het Kbely Luchtvaartmuseum van het Militair Historisch Instituut Praag gevestigd, dat in 1968 werd opgericht. Volgens eigen zeggen omvat de collectie 275 vliegtuigen: bijna 100 in overdekte hallen, 25 in de openlucht, 155 in opslag en 10 vliegwaardig. Het museum beschrijft zichzelf als een van de grootste luchtvaartmusea van Europa. Voor het 58e seizoen, dat op 25 april 2026 werd geopend, werd de gerestaureerde Aero Ab-11 onthuld, waarmee kapitein Vilém Stanovský en monteur František Šimek in 1926 meer dan 15.000 km door 23 landen vlogen.

Het vliegveld zelf verandert voortdurend. In mei en juni 2022 was de 2000 meter lange landingsbaan 06/24 gesloten voor reparaties ter waarde van meer dan 34 miljoen Tsjechische kronen; de A319CJ's en Turbolets werden verplaatst naar Ruzyně en de CASA's en L-410's naar Čáslav, terwijl helikopters bleven vliegen vanaf Kbely. De Tsjechische luchtvaartautoriteit (AIP) vermeldt Kbely als een militair vliegveld dat 24 uur per dag open is, met een verbod op aankomst en vertrek van andere vliegtuigen tussen 21:00 en 05:00 uur lokale tijd.

De grootste verandering in decennia vond plaats op 16 juli 2026, toen Embraer in Kbely officieel de eerste van twee C-390 Millennium-transportvliegtuigen overhandigde. Het contract werd op 25 oktober 2024 getekend voor 11,3 miljard kronen exclusief btw; het toestel, met registratienummer 0520, vloog vanuit Brazilië en de tweede wordt in december 2027 verwacht. De commandant van de luchtmacht zei dat het toestel ook burgers zou helpen bij natuurrampen, evacuaties en grote branden.