Voordat het een Poolse gevechtsvliegtuigbasis werd, was het vliegveld van Królewo Malborskie Duits: Königsdorf, nabij Marienburg in Oost-Pruisen. Toen de geallieerde bombardementen de thuisbasis van Focke-Wulf in Bremen troffen, verplaatste het bedrijf een deel van zijn productie naar het oosten, naar Żary, Poznań en Marienburg. Fabriek nr. 6 in Marienburg, onder leiding van Ernst August Wohlberg, assembleerde Fw 190-jagers. Lokale historici schrijven deze fabriek bijna de helft van alle gebouwde Fw 190's toe. Dat aandeel wordt veelvuldig genoemd, maar geen enkel productieboek in de geraadpleegde bronnen bevestigt dit, dus beschouw het als een schatting.

Op 9 oktober 1943 stuurde de Amerikaanse Achtste Luchtmacht 100 B-17's op een van haar diepste bombardementen tot dan toe, waarvan er 96 het doelwit bereikten. Ze bombardeerden vanaf een hoogte van 3350 tot 4000 meter en wierpen ongeveer 218 short tons aan bommen af. Schattingen van de nauwkeurigheid lopen uiteen. Het National WWII Museum geeft aan dat 83 procent van de bommen binnen 600 meter van het doelwit terechtkwam. Luchtmaarschalk Sir Charles Portal noemde het "het meest perfecte voorbeeld in de geschiedenis van de nauwkeurige verdeling van bommen over een doelwit".“

De menselijke tol op de grond was hoog. Duitse documenten vermelden 114 van de 669 arbeiders van de fabriek die omkwamen en 76 die gewond raakten. De Malborkse pers merkt op dat er ook dwangarbeiders uit het concentratiekamp Stutthof werkten, en dat hun verliezen niet zijn geregistreerd. Vijf gebouwen en 20 voltooide vliegtuigen werden vernietigd. De Amerikanen keerden op 9 april 1944, Eerste Paasdag, terug met 98 B-17's. Na die aanval kwam de productie in de fabriek vrijwel stil te liggen, met de dood van drie bommenwerpers en 14 Amerikaanse vliegers tot gevolg.

Sovjet-eenheden gebruikten het vliegveld kort na 1945. De Poolse straaljagerluchtvaart deed zijn intrede in 1952, toen drie afzonderlijke jachtvliegtuigregimenten werden gevormd uit een luchtvaartgroep in Pommeren: het 41e in Malbork, het 29e in Orneta en het 26e in Zegrze Pomorskie. Ze vielen onder de 9e Jachtvliegtuigdivisie, later de 4e Pommerse Jachtvliegtuigdivisie, met hoofdkwartier in kazernes aan de Marcastraat 17 in Malbork. De eerste commandant van het regiment was majoor Aleksander Babunow, die in 1953 werd opgevolgd door majoor Stefan Łazar.

Tot 1964 vloog het regiment met de MiG-15 en MiG-17 en hun in Polen onder licentie gebouwde tegenhangers, de Lim-1, Lim-2 en Lim-5 uit Mielec. Op 29 september 1964 landden de eerste vier MiG-21's. Verschillende MiG-21-varianten volgden, de F-13, PF, PFM, M, MF en bis, samen met de U- en UM-trainingsvliegtuigen. Encyclopedische bronnen dateren de overstap naar de MiG-21's in 1963, terwijl lokale bronnen spreken van levering in september 1964.

Het vliegen met supersonische onderscheppingsvliegtuigen vanaf een kustbasis had een prijs. Een ongevallenlijst, samengesteld door de Poolse luchtvaarthistorici in Polot, vermeldt minstens tien MiG-21-ongelukken in het regiment tussen 1967 en 1982. Alleen al in 1967 gingen drie vliegtuigen verloren en op 31 december 1975 nog twee. In de meeste van deze ongelukken overleefde de piloot. Eén ongeluk niet: tweede luitenant Mieczysław Huza kwam op 15 juni 1977 om het leven nabij Bogatka.

De bezuinigingen na de Koude Oorlog hebben Malbork hervormd. Op 1 januari 2001 werd het 41e Regiment opgesplitst in de 22e Luchtmachtbasis (22 Baza Lotnicza), die het vliegveld beheerde, en het 41e Tactische Luchtvaarteskader (41 Eskadra Lotnictwa Taktycznego), dat de vliegtuigen bestuurde. De geschiedenis van het Polot-eskader dateert de reorganisatie op 1 januari 2000. De eigen basisgeschiedenis, persberichten uit 2000 en de Engelse encyclopedie vermelden echter allemaal 2001. De laatste Poolse MiG-21's vlogen medio december 2003 vanaf Malbork.

De basis in Malbork dreigde te sluiten toen de MiG-21's vertrokken. De basis werd gered door de MiG-29's die Duitsland van de Oost-Duitse luchtmacht had geërfd en die werden gereviseerd bij Wojskowe Zakłady Lotnicze nr 2 in Bydgoszcz. De eerste ex-Duitse MiG-29, met serienummer 4115, landde op 6 mei 2005 in Malbork en het type werd officieel in gebruik genomen op 7 juni 2005.

In het kader van de hervorming van de luchtmacht in 2011 werden het vliegeskader en de basis samengevoegd en op 1 januari 2011 vormden ze de 22e Tactische Luchtmachtbasis onder de 1e Tactische Luchtmachtvleugel in Świdwin. Kolonel Robert Dziadczykowski was de eerste commandant. MiG's van Malbork voerden NAVO-luchtbewakingsmissies uit in de Baltische staten, waaronder de Orlik 2-rotatie in Litouwen in 2008. Dat jaar verhuisde het eskader tijdelijk naar Mińsk Mazowiecki vanaf 29 september, terwijl het vliegveld van Malbork werd gemoderniseerd.

De officiële pers gebruikt het nummer van het 41e Squadron voor de vliegeenheid niet meer in haar huidige teksten. Sommige berichten uit 2026 gebruiken het nummer opnieuw, maar dit is niet bevestigd door een officiële bron. Eind 2022 werd Malbork de MiG-29-basis van de luchtmacht. Zeven gemoderniseerde MiG-29's van de 23e tactische luchtmachtbasis in Mińsk Mazowiecki werden hierheen overgebracht, zodat de gevechtsdienst kon worden voortgezet terwijl Mińsk werd herbouwd voor de FA-50.

Stanisław Skalski werd geboren op 27 november 1915 en studeerde in 1938 af aan de luchtmachtschool in Dęblin. In september 1939 vloog hij met de PZL P.11c bij het 4e Luchtregiment in Toruń en behaalde zes overwinningen. Hij diende vervolgens bij de RAF en leidde in 1943 het Poolse gevechtsteam in Tunesië. Later commandeerde hij het 601e Squadron van de RAF en vervolgens Poolse jachtvliegtuigeskaders. De Bajan List schrijft hem 18 individuele en twee gedeelde overwinningen toe.

Hij keerde in 1947 terug naar Polen. Op 4 juni 1948 werd hij door het Ministerie van Openbare Veiligheid gearresteerd op een verzonnen beschuldiging van spionage voor de Britse inlichtingendienst. Op 7 april 1950 werd hij door de militaire rechtbank in Warschau ter dood veroordeeld. Na een verzoekschrift van zijn moeder aan Bolesław Bierut werd de straf omgezet in levenslange gevangenisstraf. Hij werd op 20 april 1956 vrijgelaten en gerehabiliteerd. Het Instituut voor Nationale Herinnering vermeldt dat de veiligheidsdienst hem tot in de jaren tachtig in de gaten hield.

De band tussen Malbork en hem loopt via Toruń. De basis bewaart de tradities van het 142e Toruń Jachteskader, waar hij in 1939 mee vloog, en van het 306e "Toruński" Eskader. De minister van Defensie benoemde hem tot beschermheer bij besluit van 2 november 2015, en de ceremonie vond plaats in Malbork op 27 november 2015, zijn honderdste geboortedag. Bronnen verschillen over het jaar waarin hij tot generaal werd bevorderd: in het ene artikel wordt 1986 genoemd, in het andere 1988.

Op 6 juli 2018 om 01:57 uur stortte een MiG-29 van Malbork tijdens een nachtelijke trainingsvlucht neer in een veld nabij Sakówko in het district Pasłęk. De piloot was kapitein Krzysztof Sobański, 33 jaar oud, die een vrouw en twee kinderen achterliet. Hij wist zich met zijn schietstoel te redden, maar overleefde het niet. Volgens het ministerie had hij meer dan 800 vlieguren. Alleen al op de MiG-29 had hij er meer dan 600, terwijl Polska Zbrojna melding maakte van meer dan 500. Hij had dienst gedaan in gevechtsmissies en in de NAVO-missie Baltic Air Policing in Litouwen.

Het was het eerste dodelijke MiG-29-ongeluk van de Poolse luchtmacht in 29 jaar dienst. Het gebeurde minder dan zeven maanden na een crash van een MiG-29 van Mińsk Mazowiecki op 18 december 2017, waarbij de piloot het overleefde. Kolonel Maciej Trelka van de luchtmachtinspectie noemde de MiG-29 een zeer veilig toestel. Minister Mariusz Błaszczak schortte alle vluchten met de MiG-29 op totdat de oorzaak bekend was.

De vliegtuigstoring werd toegeschreven aan het lagedrukbrandstofsysteem, dat in ongeveer drie minuten meer dan twee ton brandstof loosde. Persberichten over de bevindingen van de commissie wezen de doodsoorzaak toe aan de K-36 schietstoel. Een onderdeel in de parachute-ontplooiingsketen was opnieuw ontworpen en geproduceerd bij WZL-2 Bydgoszcz zonder toestemming of de juiste documentatie van de Russische fabrikant, en zou ongeveer vijftien keer sterker zijn dan het origineel. Het rapport was geheim en de inhoud ervan werd in juni 2019 openbaar gemaakt via persberichten.

Het Openbaar Ministerie in Gdańsk heeft drie voormalige medewerkers van WZL-2, Grzegorz K., Jerzy D. en Zbigniew S., aangeklaagd. De aanklachten luiden dat zij een dodelijk luchtvaartongeval hebben veroorzaakt en andere piloten in gevaar hebben gebracht. In augustus 2025 was de zaak al meer dan drieënhalf jaar aanhangig bij de rechtbank in Bydgoszcz. In juni 2026 was de zaak nog steeds in eerste aanleg, en de deskundigen zouden opnieuw worden gehoord.

Nadat Rusland in 2014 de Krim annexeerde, versterkte de NAVO de luchtbewaking aan haar oostflank, en Malbork werd een vaste gastlocatie. Vier Franse Rafales arriveerden op 28 april 2014, met ongeveer 70 bemanningsleden, en werden op 6 mei in staat van paraatheid gebracht. Vier Turkse F-16's met ongeveer 80 bemanningsleden volgden van half augustus tot half september 2021. In 2022 bracht de Italiaanse luchtmachteenheid "White Eagle" vier Eurofighters voor 120 dagen, de eerste keer dat Italië Malbork gebruikte in plaats van Litouwen of Estland.

Daarna volgden gevechtsvliegtuigen van de vijfde generatie. Nederland zette in februari en maart 2023 acht F-35's in. De Italiaanse Task Force Air 32nd Wing volgde met vier F-35's en ongeveer 150 manschappen van september 2023 tot half februari 2024. In 2025 arriveerden RAF Typhoons van No. II (AC) Squadron op 27 maart voor een periode van vier maanden. Ze deelden de basis met zes Zweedse Gripens tijdens Zweden's eerste NAVO-luchtbewakingsmissie. Vijf Duitse Eurofighters van Tactical Air Wing 31 "Boelcke" volgden in december 2025 en vertrokken in maart 2026.

De Poolse MiG's raakten ondertussen op. In 2023 werd Polen het eerste NAVO-land dat MiG-29's aan Oekraïne leverde, 14 toestellen in de eerste levering. Op 5 april 2023 zei president Andrzej Duda dat er al vier waren overgedragen en dat er nog vier onderweg waren. Een deal uit december 2025, waarbij MiG's werden geruild voor drones voor de laatste 14 toestellen, werd op 29 juni 2026 stopgezet, toen minister Władysław Kosiniak-Kamysz zei dat Kiev zich er niet aan had gehouden.

Het ministerie verklaarde vervolgens dat de straaljagers zouden worden uitgefaseerd zodra ze hun gecertificeerde vlieguren hadden bereikt, zonder verdere modernisering. Het ministerie heeft het uitfaseringsschema geheim gehouden. In januari 2026 liet het ministerie aan de regionale pers weten dat de plannen om AH-64 Apache-helikopters op Malbork te stationeren ongewijzigd bleven. Het voegde eraan toe dat het vliegveld een belangrijke veiligheidsinfrastructuur is en operationeel zal blijven voor helikopters en vliegtuigen, inclusief die van geallieerden. Er is nog geen type gevechtsvliegtuig aangekondigd ter vervanging van de MiG-29 op deze locatie.