История Апиая берет свое начало в джунглях. Английская Википедия утверждает, что подразделение начало свою деятельность в 1933 году как авиабаза в Сан-Хосе-дель-Гуавиаре, одном из постов, созданных после войны с Перу, и в декабре 1947 года переехало в деревню Апиай, в 12 км от Вильявисенсио. Собственная история службы, как её кратко изложила английская Википедия, объясняет это так: во время войны с Перу военно-воздушным силам потребовалось расширить зону своего действия над восточными равнинами, поэтому в 1947 году был создан национальный аэродром Апиай, получивший название Base Aérea de Apiay 17 ноября 1948 года.

База развивалась поэтапно. С 1956 года здесь обучали пилотов на самолетах AT-6 Texan и T-34 Mentor, в 1959 году она стала основной базой с бомбардировщиками B-26 Invader, в 1961 году получила имя капитана Луиса Франсиско Гомеса Ниньо, а в 1972 году, став штаб-квартирой 2-го боевого авиационного командования, получила свои первые реактивные самолеты T-33 и T-37. Печальная дата относится к её ранним годам: 8 сентября 1969 года самолет SATENA C-47, FAC-685, разбился недалеко от базы, и все 32 человека на борту погибли, согласно английской Википедии.

Колумбия закупила 25 самолетов Embraer Super Tucano за 134 миллиона долларов США. Первые три прибыли в Боготу 14 декабря 2006 года, а последний — в июне 2008 года. 18 января 2007 года колумбийские Super Tucano совершили первый боевой вылет этого типа, атаковав позиции FARC бомбами Mk 82. В Апиае они размещены на борту Escuadrón de Combate 211 'Grifos', наряду с AT-27 Tucano из 212-й эскадрильи и боевыми вертолетами из 213-й эскадрильи.

В статье английской Википедии о самолетах Super Tucano описывается удар, названный операцией «Армагеддон»: девять самолетов Super Tucano из Апиая атаковали лагерь 27-го фронта ФАРК в Виста-Эрмоса, Мета, по координатам, полученным от информатора, завербованного полицейской разведкой, сбросив 40 управляемых 227-килограммовых бомб за три минуты и убив 36 повстанцев. Дата не указана, и число жертв не было проверено по официальным колумбийским или независимым источникам. В той же статье говорится, что 25 самолетов Super Tucano сбросили семь тонн взрывчатки в ходе операции «Содома» в Мете 22 сентября 2010 года, в результате которой погиб командир ФАРК Моно Хохой; не указано, с какой базы они летели.

Апиай принимает широкий спектр самолетов. В английской и испанской Википедии перечислены четыре подразделения: Escuadrón de Combate 211 ‘Grifos’ с A-29B Super Tucano, 212 ‘Tucanos’ со старым AT-27 Tucano, Escuadrón de Combate Táctico 213 со смесью боевых кораблей AC-47T Fantasma, вертолетов AH-60L Arpía IV, Транспортные самолеты C-212 и Cessna 208, а также самолеты-разведчики Schweizer и Citation, а также (только в испанской Википедии) Escuadrón 217 ‘Quimera’ с дронами Elbit Hermes 450 и Hermes 900.

Боевые самолеты — самые старые летательные аппараты на базе. По данным Infodefensa, с 1986 года на вооружении колумбийских ВВС находятся шесть AC-47T, которые с 1991 года были переоборудованы в турбовинтовые Basler BT-67 с тепловизорами FLIR, крупнокалиберными пулеметами GAU-19A и осветительными ракетами для ночных вылетов с воздуха. Данные об эскадрильях, но не о количестве самолетов в Апиае, опубликованы; здесь они не приводятся.

Согласно списку Конституционного суда, Апиай был одной из трех авиабаз, наряду с Паланкеро и Маламбо, которые в рамках соглашения о сотрудничестве в области обороны между США и Колумбией от 30 октября 2009 года были открыты для американского персонала. 17 августа 2010 года суд постановил, что соглашение по существу является договором и не может вступить в силу до утверждения Конгрессом. Тем не менее, английская Википедия утверждает, что на базе размещаются военнослужащие армии США, участвующие в программах подготовки в рамках плана «Колумбия» по борьбе с наркоторговлей и вооруженными группировками. Масштабы и даты этого присутствия не опубликованы в проверенных источниках, и здесь никаких цифр не приводится.