История FAE начинается с 23 октября 1978 года, когда она была создана на новой авиабазе Элой Альфаро на дороге из Манты в Харамихо. Первыми самолетами стали BAC Strikemaster Mk 89, которых Эквадор закупил в общей сложности 28 штук. К ним присоединились Cessna A-37B, а в марте 1981 года в состав эскадрильи вошли вооруженные учебно-тренировочные самолеты AT-33.

Легкие реактивные самолеты авиабазы Манта участвовали в войне в 1995 году. В испанской Википедии сообщается, что с 3 февраля истребители Strikemaster и A-37B атаковали перуанские позиции в долине Сенепа под эскортом истребителей, а также о потере самолета AT-33 в результате аварии на авиабазе Манта во время войны. Официальная задача авиабазы сегодня включает в себя наступательные операции по противовоздушной обороне, перехват, непосредственную авиационную поддержку, разведку и воздушное патрулирование.

Самолеты Strikemaster представляли собой довольно внушительный флот для небольших военно-воздушных сил: по данным английской Википедии, в Эквадор было поставлено 22 самолета Mk 89 и шесть Mk 89A. Они оставались на службе еще долго после войны; один из них разбился во время тренировочного полета недалеко от колумбийской границы 25 марта 2009 года, за год до прибытия первых Super Tucano, которые должны были их заменить. На странице FAE, посвященной этому крылу, в качестве четырех типов самолетов, базировавшихся на авиабазе Манта, указаны Strikemaster, A-37B, AT-33 и A-29.

В 1999 году правительство президента Джамиля Мауада подписало соглашение, разрешающее американским войскам бесплатно использовать авиабазу Манта для операций по борьбе с наркотиками. Согласно английской Википедии, там могли размещаться до 475 американских военнослужащих, а самолеты E-3 Sentry AWACS и P-3 Orion ВМС США совершали около 100 вылетов в месяц в поисках лодок с наркотиками, покидающих Колумбию. В 2007 году, по данным того же источника, в ходе операции было изъято около 200 тонн кокаина, что составляет примерно 60 процентов от общего объема операций США по пресечению наркотрафика в восточной части Тихого океана.

Правительство Рафаэля Корреа не хотело продолжения этой операции. 19 марта 2008 года учредительное собрание запретило иностранные военные базы, 26 июля 2008 года Эквадор официально уведомил Соединенные Штаты о том, что аренда не будет продлена, а последняя американская миссия по борьбе с наркотиками покинула базу 17 июля 2009 года. Операция переместилась в Паланкеро в Колумбии.

Эквадорские Super Tucano начали поступать в 2010 году: всего 18 самолетов, после того как заказ был сокращен с 24 до выделения средств на Cheetah. Английская Википедия указывает, что в Манте базируются две эскадрильи: 2313 “Halcones” для наблюдения за границей и обучения и 2311 “Dragones” для борьбы с повстанцами. Эскадрилья «Halcones» отметила свою 60-ю годовщину сменой командования в августе 2026 года, на которой также был назван лучший стрелок года.

После вывода из эксплуатации «Чеета» единственным боевым самолетом ВВС Эквадора стал A-29, а база «Манта» расположена на побережье, куда переправляется большая часть кокаина из Эквадора. В апреле 2026 года самолеты Super Tucano ВВС Эквадора прошли тренировки с американскими Super Hornet с авианосца USS Nimitz, а в сентябре 2026 года Infodefensa, ссылаясь на сообщение CNN, назвала «Манту» возможной базой для операций американских беспилотников MQ-9A Reaper — план, который ни одно из правительств не подтвердило.

С 14 по 19 сентября 2026 года на авиабазе Ала-де-Комбате-23 проходили учения UNIDOS V, пятые по счету совместные учения ВВС Перу. ВВС Перу заявили, что оба рода войск отработали совместные операции против транснациональной организованной преступности, поисково-спасательные операции и обеспечение оперативной связи вдоль границы. Для двух военно-воздушных сил, которые сражались над Кордильерой-дель-Кондор в 1981 и 1995 годах, это был ничем не примечательный пресс-релиз, и в этом вся суть.

Эти учения состоялись через год после того, как командующий ВВС Эквадора генерал Селиано Севальос Кальдерон в мае 2025 года наградил своего перуанского коллегу за межведомственное сотрудничество, и они соответствовали нынешней задаче авиационного крыла: большая часть того, за чем сейчас следят ВВС обеих стран вдоль общей границы, связана скорее с незаконным оборотом наркотиков, чем с деятельностью друг друга.