FAE'nin kuruluş tarihi, Ala de Combate 23'ten 24 Ekim 1978 Salı gününe, Manta'dan Jaramijó'ya giden yol üzerindeki yeni Eloy Alfaro Hava Üssü'nde kurulduğu güne kadar uzanmaktadır. İlk uçakları, Ekvador'un toplamda 28 adet satın aldığı BAC Strikemaster Mk 89'lardı. Bunlara Cessna A-37B'ler katıldı ve Mart 1981'de filoya AT-33 silahlı eğitim uçakları eklendi.

Manta'nın hafif jetleri 1995'te savaşa girdi. İspanyolca Wikipedia'ya göre, Strikemaster ve A-37B'ler 3 Şubat'tan itibaren avcı uçağı eşliğinde Cenepa vadisindeki Peru mevzilerine saldırdı ve savaş sırasında Manta'da bir AT-33 kazada kayboldu. Filo'nun günümüzdeki resmi görevi, taarruz amaçlı hava savunması, engelleme, yakın hava desteği, keşif ve hava devriyesini kapsamaktadır.

Strikemaster'lar, küçük bir hava kuvveti için oldukça büyük bir filoydu: İngilizce Wikipedia, Ekvador'a 22 adet Mk 89 ve altı adet Mk 89A teslim edildiğini belirtiyor. Savaş sonrasında da uzun süre hizmette kaldılar; bunlardan biri, yerlerine geçecek ilk Super Tucano'ların gelmesinden bir yıl önce, 25 Mart 2009'da Kolombiya sınırına yakın bir eğitim görevi sırasında düştü. FAE'nin kanat için hazırladığı sayfada, Manta'dan uçan dört uçak tipi olarak Strikemaster, A-37B, AT-33 ve A-29 listeleniyor.

1999 yılında Başkan Jamil Mahuad hükümeti, ABD kuvvetlerinin Manta'yı uyuşturucuyla mücadele uçuşları için ücretsiz olarak kullanmasına izin veren bir anlaşma imzaladı. İngilizce Wikipedia'ya göre, burada 475'e kadar ABD askeri personeli konuşlandırılabiliyordu ve E-3 Sentry AWACS ve ABD Donanması'na ait P-3 Orion uçakları, Kolombiya'dan ayrılan uyuşturucu teknelerini aramak için ayda yaklaşık 100 görev uçuşu gerçekleştiriyordu. Aynı kaynağa göre, 2007 yılında operasyon, toplamda yaklaşık 230 ton kokain içeren yaklaşık 200 ele geçirme operasyonunda yer aldı; bu da Doğu Pasifik'teki ABD uyuşturucu kaçakçılığıyla mücadele operasyonlarının yaklaşık 'ını oluşturuyordu.

Rafael Correa hükümeti bunun devam etmesini istemedi. 19 Mart 2008'de kurucu meclis yabancı askeri üsleri yasakladı, 26 Temmuz 2008'de Ekvador resmen ABD'ye kira sözleşmesinin yenilenmeyeceğini bildirdi ve son ABD uyuşturucuyla mücadele misyonu 17 Temmuz 2009'da ayrıldı. Operasyon Kolombiya'daki Palanquero'ya taşındı.

Ekvador'un Super Tucano uçakları 2010 yılında gelmeye başladı: Cheetah uçakları için para ayırmak amacıyla sipariş 24'ten 18'e düşürüldü. İngilizce Wikipedia, Manta'da iki filonun bulunduğunu belirtiyor: Sınır gözetimi ve eğitim için 2313 "Halcones" ve isyanla mücadele için 2311 "Dragones". Halcones, Ağustos 2026'da komuta devir teslim töreniyle 60. yıl dönümünü kutladı ve bu törende yılın en iyi pilotunu da açıkladı.

Cheetah'nın gitmesiyle, A-29 FAE'nin tek muharebe uçağı tipi haline geldi ve Manta, Ekvador'un kokain sevkiyatının büyük bir kısmının yapıldığı kıyı şeridinde yer alıyor. Nisan 2026'da FAE'nin Super Tucano uçakları, USS Nimitz'den kalkan ABD Donanması Super Hornet'leriyle eğitim yaptı ve Eylül 2026'da Infodefensa, bir CNN raporuna atıfta bulunarak Manta'yı ABD MQ-9A Reaper operasyonları için olası bir üs olarak gösterdi; bu planı hiçbir hükümet doğrulamadı.

14-19 Eylül 2026 tarihleri arasında Ala de Combate 23, ortak tatbikatın beşinci edisyonu olan UNIDOS V için Peru Hava Kuvvetlerine ev sahipliği yaptı. FAE, iki kuvvetin sınır boyunca uluslararası organize suçlara karşı ortak operasyonlar, arama kurtarma ve birlikte çalışabilir iletişim konularında pratik yaptığını belirtti. 1981 ve 1995 yıllarında Cordillera del Cóndor üzerinde savaşan iki hava kuvveti için bu, sıradan bir basın açıklamasıydı ve asıl mesele de bu.

Bu tatbikat, Ekvador hava kuvvetleri komutanı General del Aire Celiano Cevallos Calderón'un Mayıs 2025'te Perulu mevkidaşını kurumlar arası iş birliği nedeniyle ödüllendirmesinden bir yıl sonra gerçekleşti ve kanadın mevcut görevine uyuyordu: iki hava kuvvetinin ortak sınır boyunca izlediği şeylerin çoğu, birbirlerinden ziyade uyuşturucu kaçakçılığıydı.