افتُتحت قاعدة ووتركلوف الجوية رسميًا في الأول من أغسطس عام 1938، وكانت بمثابة مطار ثانوي لقاعدة سوارتكوب، حيث كان الطيارون يتدربون على الهبوط الاضطراري. وكانت مساحة الهبوط العشبية فيها، التي تبلغ 1775 × 1550 ياردة، كما يذكر موقع سلاح الجو الجنوب أفريقي غير الرسمي، نموذجية وكافية لطائرات ثلاثينيات وأربعينيات القرن العشرين. وتشير ويكيبيديا إلى أنها رُفعت إلى مرتبة قاعدة جوية خلال الحرب العالمية الثانية؛ وكان السرب الأول، وفقًا للمصدر نفسه، متمركزًا في ووتركلوف من عام 1936 حتى مايو 1940، ثم مرة أخرى من يونيو 1947.

غيّرت طائرة دي هافيلاند فامباير هذا الوضع. فقد أزال أنبوبها النفاث المنخفض التراب والعشب، ما دفع القوات الجوية إلى تسريع خطط إنشاء مدارج معبدة بالقار وساحات خرسانية صلبة في ووتركلوف. في يوليو 1951، انتقلت طائرات فامباير الجديدة التابعة للسرب الأول إلى سوارتكوب، وفي أغسطس من العام نفسه، غادرت آخر طائرة، وهي من طراز أوستر مارك 5 التابعة للسرب 42. وكان من المقرر أن تبدأ الأعمال في 7 يناير 1952 وأن تستغرق عامين ونصف بتكلفة 434 ألف جنيه إسترليني.

كانت الخطة تقضي بتشغيل الأسراب 1 و2 و3 و4 و42، بالإضافة إلى مستودعي الطائرات 1 و15، من القاعدة الجديدة. إلا أن القليل من ذلك قد تحقق. فقد استغرقت أعمال بناء المدرجات والأعمال المرتبطة بها قرابة خمس سنوات، ولم تتمكن الوحدات الجوية من العودة إلا في عام 1956. تلا ذلك توسع القاعدة في الستينيات والسبعينيات، حيث وصلت معدات جديدة، وأُعيد تشكيل الوحدات، وأصبحت قاعدة ووتركلوف، كما ورد في الموقع الإلكتروني غير الرسمي للقوات الجوية الجنوب أفريقية، القاعدة الجوية الرئيسية للقوات الجوية الجنوب أفريقية.

تُعدّ قاعدة ووتركلوف مقرًّا للرحلات الجوية الرسمية في جنوب أفريقيا. يتولى السرب 21، وهو وحدة قاذفات حربية تحولت إلى سرب لكبار الشخصيات، نقل الرئيس على متن طائرة بوينغ 737 BBJ "إنكوازي" التي تم تسليمها في أكتوبر 2002، ونقل الوزراء على متن طائرتين من طراز فالكون 50 (عامي 1982 و1985)، وطائرة فالكون 900 (عام 1992)، وطائرتين من طراز سيتيشن II (عام 1983)، وذلك وفقًا لموقع ويكيبيديا. وقد أثارت موثوقية هذه الطائرات جدلًا سياسيًا، إذ يسجل موقع ويكيبيديا هبوطًا اضطراريًا في جمهورية الكونغو الديمقراطية عام 2009 بسبب نقص الوقود، وهبوطًا احترازيًا في نيوزيلندا عام 2011، وكان نائب الرئيس كاليما موتلانتي على متن الطائرتين.

وإلى جانبها، تُشغّل السرب 28 طائرات النقل المتوسطة C-130BZ هيركوليز، وهي طائرة النقل المتوسطة الوحيدة في سلاح الجو؛ وقد وصلت طائرات C-130B إلى الخدمة عام 1963. أما السربان 41 و44 فيُشغّلان طائرات النقل الخفيفة - وتشمل القائمة الأساسية طائرات كارافان، وكينغ إير، وC-212، وPC-12 - بينما يُعدّ السرب 111 وحدة احتياطية. كما يضمّ ووتركلوف مراكز سلاح الجو للتصوير الفوتوغرافي، والاستطلاع والاستخبارات، والحرب الإلكترونية، والاتصالات.

تتحول القاعدة كل عامين إلى ساحة عرض. يعود تاريخ معرض أفريقيا للفضاء والدفاع إلى يوم عسكري مفتوح أُقيم عام 1975 في ووتركلوف، بمبادرة من قائد القوات الجوية آنذاك، الفريق بوب روجرز؛ ثم اندمج لاحقًا مع معرض طيران أفريقيا في لانسيريا ليصبحا شركة DEXSA (1990-1998) قبل أن يتخذ اسم AAD. أفاد موقع defenseWeb أن معرض عام 2026، الذي صادف الذكرى السنوية الخامسة والعشرين لتأسيسه، استقطب ممثلين من أكثر من 30 دولة؛ وقد حددت وزيرة الدفاع أنجي موتسيكغا الفترة من 27 سبتمبر إلى 1 أكتوبر 2028 لإقامة المعرض القادم، والذي سيُقام أيضًا في ووتركلوف.

في 30 أبريل 2013، هبطت طائرة إيرباص A330-200 تابعة لشركة جيت إيرويز، استأجرتها عائلة غوبتا، في مطار ووتركلوف وعلى متنها 217 ضيفًا من الهند كانوا متوجهين لحضور حفل زفاف في صن سيتي، وفقًا لموقع ويكيبيديا. وقد أثار هبوط طائرة خاصة في موقع وطني هام ضجة كبيرة، وأطلقت وسائل الإعلام الجنوب أفريقية على الحادثة اسم "غوبتاغيت".

تم تتبع التصريح إلى بروس كولوان، الذي كان آنذاك رئيس المراسم في وزارة العلاقات الدولية، والذي كشف تحقيق أنه استخدم اسم الرئيس زوما لتمرير الطلب؛ وتمت تنحيته من منصبه (ويكيبيديا). وفي لجنة زوندو للتحقيق في الاستيلاء على الدولة في يوليو 2019، قال الفريق المتقاعد ديريك مغويبي، الذي ترأس لجنة التحقيق التابعة لقوات الدفاع الوطني الجنوب أفريقية، إن الطلب ادعى زوراً أن وزراء من ولايات هندية سيكونون على متن الطائرة، دون ذكر أسماء أو قائد وفد؛ وقد تم الكشف عن أسماء الضباط الذين وافقوا على الهبوط في شهاداتهم، كما ذكر موقع defenseWeb.

أدلى قائد القوات الجوية آنذاك، الفريق زاكس مسيمانغ، بشهادته أمام اللجنة قائلاً إن الهبوط لا يزال يؤلمه. ولاحظ نائب رئيس القضاة، ريموند زوندو، أن الجميع كانوا يعلمون أنه لا يتماشى مع الإجراءات المتبعة. وقدّمت عائلة غوبتا اعتذارها في حينه، موضحةً أنها طلبت إذناً خاصاً لوجود وزراء هنود بين المدعوين.

في 23 أكتوبر/تشرين الأول 2019، هبطت قاذفتان روسيتان من طراز Tu-160 "بلاك جاك" في قاعدة ووتركلوف الجوية بعد رحلة متواصلة لمسافة 11 ألف كيلومتر تقريبًا من إنجلز، حيث تزودتا بالوقود فوق بحر قزوين، وفقًا لما أفاد به موقع DefenceWeb. وكانت طائرة دعم من طراز An-124 وطائرة Il-62 قد وصلتا في اليوم السابق. واستقبلتهما ثلاث طائرات من طراز Hawk تابعة لسلاح الجو الجنوب أفريقي وطائرتان من طراز Gripen للتدريب على عمليات الاعتراض والمرافقة. ووصف قائد سلاح الطيران الروسي بعيد المدى، الفريق سيرغي كوبيلاش، الهدف من ذلك بأنه تدريب الأطقم على مهام بعيدة المدى وتعزيز التعاون مع سلاح الجو الجنوب أفريقي.

في أوائل مايو/أيار 2023، هبطت طائرة روسية من طراز Il-76 تابعة لشركة Aviacon Zitotrans، الخاضعة لعقوبات وزارة الخزانة الأمريكية منذ يناير/كانون الثاني 2023، في مطار ووتركلوف. وأعلنت قوات الدفاع الوطني الجنوب أفريقية، على لسان العميد أندرياس ماهابا، أنها سلمت بريدًا دبلوماسيًا للسفارة الروسية. وقدّم التحالف الديمقراطي المعارض طلبًا للحصول على معلومات، مستفسرًا عن الجهة التي سمحت بالهبوط ومضمون الشحنة، وربط ذلك بزيارة السفينة الروسية "ليدي آر" إلى سيمونز تاون في ديسمبر/كانون الأول 2022. وقد نُشرت رواية قوات الدفاع الوطني الجنوب أفريقية واستفسارات التحالف الديمقراطي هنا كما وردت من موقع DefenceWeb؛ ولم يُعثر على أي نتائج رسمية بشأن الشحنة.