Waterkloof foi oficialmente inaugurada em 1º de agosto de 1938 como Estação Aérea de Waterkloof, um campo secundário para Swartkop onde os pilotos podiam praticar pousos forçados. Sua área de pouso em grama, de 1.775 por 1.550 jardas, era, como afirma o site não oficial da Força Aérea Sul-Africana (SAAF), típica e adequada para as aeronaves das décadas de 1930 e 1940. A Wikipédia diz que foi elevada à categoria de base aérea durante a Segunda Guerra Mundial; o Esquadrão nº 1, segundo a mesma fonte, esteve em Waterkloof de 1936 até maio de 1940 e novamente a partir de junho de 1947.

O de Havilland Vampire mudou isso. Seu escapamento baixo a jato revolvia a terra e a grama, então a Força Aérea acelerou os planos para pistas asfaltadas e estacionamentos de concreto em Waterkloof. Em julho de 1951, os Vampires recém-entregues ao Esquadrão 1 foram transferidos para Swartkop, e em agosto de 1951 a última aeronave, os Auster Mk V do Esquadrão 42, partiu. A obra deveria começar em 7 de janeiro de 1952 e levar dois anos e meio, a um custo de 434.000 libras.

O plano era que os Esquadrões 1, 2, 3, 4 e 42 e os Depósitos Aéreos 1 e 15 operassem a partir da nova base. Pouco disso se concretizou. As pistas e obras associadas levaram quase cinco anos para serem construídas, e somente em 1956 as unidades de voo puderam retornar. O que se seguiu foi a expansão das décadas de 1960 e 1970, com a chegada de novos equipamentos, a reorganização das unidades e a transformação de Waterkloof, nas palavras do site não oficial da Força Aérea Sul-Africana (SAAF), na principal base aérea da SAAF.

Waterkloof é o centro de operações da aviação comercial da África do Sul. O Esquadrão 21, uma antiga unidade de bombardeiros da época da guerra transformada em esquadrão VIP, transporta o Presidente no Boeing 737 BBJ “Inkwazi”, entregue em outubro de 2002, e ministros em dois Falcon 50 (1982 e 1985), um Falcon 900 (1992) e dois Citation II (1983), segundo a Wikipédia. Sua confiabilidade tem sido alvo de controvérsia política: a Wikipédia registra um pouso de emergência na República Democrática do Congo em 2009 por falta de combustível e um pouso de precaução na Nova Zelândia em 2011, ambos com o Vice-Presidente Kgalema Motlanthe a bordo.

Ao lado, o Esquadrão 28 opera o C-130BZ Hercules, o único transporte médio da Força Aérea; os C-130B chegaram em 1963. Os Esquadrões 41 e 44 operam transportes leves — a lista básica inclui o Caravan, o King Air, o C-212 e o PC-12 — e o Esquadrão 111 é uma unidade da reserva. Waterkloof também abriga os centros de fotografia, reconhecimento e inteligência, guerra eletrônica e telecomunicações da Força Aérea.

A cada dois anos, a base se transforma em um espaço de exposições. A Africa Aerospace and Defence (AAD) remonta a um dia de portas abertas militar realizado em 1975 em Waterkloof, instituído pelo então Chefe da Força Aérea, Tenente-General Bob Rogers; posteriormente, fundiu-se com a Aviation Africa em Lanseria para formar a DEXSA (1990–1998), antes de adotar o nome AAD. O defenceWeb informou que a edição de 2026, em seu 25º aniversário, atraiu representantes de mais de 30 países; a Ministra da Defesa, Angie Motshekga, anunciou o período de 27 de setembro a 1º de outubro de 2028 para a próxima edição, novamente em Waterkloof.

Em 30 de abril de 2013, um Airbus A330-200 da Jet Airways, fretado pela família Gupta, pousou em Waterkloof com 217 convidados vindos da Índia para um casamento em Sun City, segundo a Wikipédia. O pouso de uma aeronave fretada privada em um ponto estratégico nacional causou indignação; a mídia sul-africana chamou o episódio de “Guptagate”.

A autorização foi rastreada até Bruce Koloane, então chefe de protocolo de Estado no Departamento de Relações Internacionais, que, segundo uma investigação, usou o nome do presidente Zuma para aprovar o pedido; ele foi rebaixado (Wikipedia). Na Comissão Zondo sobre captura do Estado, em julho de 2019, o tenente-general reformado Derrick Mgwebi, que presidiu o conselho de inquérito da Força de Defesa Nacional da África do Sul (SANDF), afirmou que o pedido alegava falsamente que ministros de estados indianos estariam a bordo, sem “nomes, sem chefe de delegação”; oficiais que aprovaram o desembarque foram citados em depoimento, conforme relatado pelo defenceWeb.

O então chefe da Força Aérea, Tenente-General Zakes Msimang, disse à comissão que o pouso ainda o magoava. O Vice-Presidente do Supremo Tribunal, Raymond Zondo, observou que as pessoas sabiam que não estava de acordo com o procedimento. A família Gupta pediu desculpas na época, dizendo que havia solicitado uma autorização especial porque ministros indianos estavam entre os convidados.

Em 23 de outubro de 2019, dois bombardeiros russos Tu-160 "Blackjack" pousaram em Waterkloof após um voo sem escalas de cerca de 11.000 km desde Engels, reabastecendo sobre o Mar Cáspio, conforme relatado pelo defenceWeb; um An-124 e um Il-62, aeronaves de apoio, haviam chegado no dia anterior. Três caças Hawk e dois Gripen da Força Aérea Sul-Africana (SAAF) os aguardavam para treinamento de interceptação e escolta. O comandante da Aviação de Longo Alcance da Rússia, Tenente-General Sergei Kobylash, descreveu o objetivo como treinamento de tripulações em missões de longo alcance e aprimoramento da cooperação com a SAAF.

No início de maio de 2023, um Il-76 russo da Aviacon Zitotrans, empresa sancionada pelo Departamento do Tesouro dos EUA em janeiro de 2023, pousou em Waterkloof. A Força de Defesa Nacional da África do Sul (SANDF), por meio do Brigadeiro-General Andries Mahapa, afirmou ter entregado correspondência diplomática para a embaixada russa. A Aliança Democrática (DA), partido de oposição, entrou com um pedido de acesso à informação questionando quem autorizou o pouso e o que foi transportado, relacionando-o à visita do navio russo Lady R a Simon's Town em dezembro de 2022. O relato da SANDF e as perguntas da DA são apresentados aqui conforme fornecidos pelo defenceWeb; nenhuma conclusão oficial sobre a carga foi encontrada.