Waterkloof byl oficiálně otevřen 1. srpna 1938 jako letecká základna Waterkloof, sekundární letiště pro Swartkop, kde si piloti mohli procvičovat vynucená přistání. Jeho travnatá přistávací plocha o rozměrech 1775 x 1550 yardů byla, jak uvádí neoficiální webové stránky SAAF, typická a dostačující pro letadla 30. a 40. let 20. století. Wikipedie uvádí, že během druhé světové války byl povýšen na leteckou základnu; 1. peruť, podle stejného zdroje, byla ve Waterkloofu od roku 1936 do května 1940 a znovu od června 1947.

De Havilland Vampire to změnil. Jeho nízko položená trysková trubka odhazovala hlínu a trávu, takže letectvo urychlilo plány na asfaltové ranveje a zpevněné betonové plochy ve Waterkloofu. V červenci 1951 se nově dodané Vampiry 1. perutě přesunuly do Swartkopu a v srpnu 1951 odjel poslední letoun, Auster Mk V od 42. perutě. Práce měly začít 7. ledna 1952 a trvat dva a půl roku s náklady 434 000 liber.

Plán byl, aby z nové základny operovaly 1., 2., 3., 4. a 42. perutě a 1. a 15. letecké depo. Z toho se však málo uskutečnilo. Výstavba ranvejí a souvisejících prací trvala téměř pět let a teprve v roce 1956 se mohly létající jednotky vrátit. Následovalo rozšíření v 60. a 70. letech, kdy dorazilo nové vybavení, jednotky se reformovaly a Waterkloof se stal, slovy neoficiálních webových stránek SAAF, nejvýznamnější leteckou základnou SAAF.

Waterkloof je místem, kde se v Jihoafrické republice odehrává státní letka. 21. peruť, bombardovací jednotka z válečných letek, která se stala VIP perutí, létá s prezidentem v Boeingu 737 BBJ “Inkwazi”, dodaném v říjnu 2002, a s ministry ve dvou Falconech 50 (1982 a 1985), Falconu 900 (1992) a dvou Citation II (1983), uvádí Wikipedie. Jeho spolehlivost se stala politickým tématem: Wikipedie zaznamenává nouzové přistání v Demokratické republice Kongo v roce 2009 kvůli nízkému množství paliva a preventivní přistání na Novém Zélandu v roce 2011, v obou případech s viceprezidentem Kgalemou Motlanthem na palubě.

Vedle toho 28. peruť létá na letounech C-130BZ Hercules, jediném středním transportním letounu letectva; C-130B dorazily v roce 1963. 41. a 44. peruť létají na lehkých transportních letounech – základní seznam uvádí Caravan, King Air, C-212 a PC-12 – a 111. peruť je záložní jednotkou. Ve Waterkloofu se také nacházejí fotografická, průzkumná a zpravodajská, elektronická a telekomunikační střediska letectva.

Každý druhý rok se základna stává výstavištěm. Společnost Africa Aerospace and Defence má historii sahat až k vojenskému dni otevřených dveří ve Waterkloofu v roce 1975, který založil tehdejší náčelník letectva, generálporučík Bob Rogers; později se sloučila s Aviation Africa v Lanserii a stala se DEXSA (1990–1998), než přijala název AAD. Server defenceWeb uvedl, že výstava v roce 2026, její stříbrné výročí, přilákala zástupce z více než 30 zemí; ministryně obrany Angie Motshekga stanovila pro další veletrh, opět ve Waterkloofu, termín od 27. září do 1. října 2028.

Podle Wikipedie přistál 30. dubna 2013 ve Waterkloofu Airbus A330-200 společnosti Jet Airways, pronajatý rodinou Guptových, s 217 hosty z Indie, kteří mířili na svatbu v Sun City. Přistání soukromého charterového letadla v klíčovém národním bodě vyvolalo pobouření; jihoafrická média to nazvala “Guptagate”.

Autorem povolení byl Bruce Koloane, tehdejší šéf státního protokolu na ministerstvu mezinárodních vztahů, u kterého vyšetřování zjistilo, že k prosazení žádosti použil jméno prezidenta Zumy; byl degradován (Wikipedie). V červenci 2019 na zasedání komise Zondo pro státní zajetí generálporučík ve výslužbě Derrick Mgwebi, který předsedal vyšetřovací komisi SANDF, uvedl, že v žádosti bylo falešně uvedeno, že na palubě budou ministři z indických států, bez “jména, bez vedoucího delegace”; důstojníci, kteří přistání schválili, byli jmenováni ve výpovědích, jak informoval defenceWeb.

Tehdejší náčelník letectva, generálporučík Zakes Msimang, komisi řekl, že ho přistání stále bolelo. Zástupce předsedy Nejvyššího soudu Raymond Zondo poznamenal, že lidé věděli, že to nebylo v souladu s postupem. Rodina Guptových se tehdy omluvila s tím, že si vyžádala zvláštní povolení, protože mezi hosty byli indičtí ministři.

Dne 23. října 2019 přistály ve Waterkloofu dva ruské bombardéry Tu-160 “Blackjack” po nepřetržitém letu asi 11 000 km z Engelsu, po doplnění paliva nad Kaspickým mořem, informoval defenceWeb. Den předtím přiletěly podpůrné letouny An-124 a Il-62. Tři letouny Hawk a dva Gripeny se s nimi setkaly za účelem nácviku zachycení a doprovodu. Velitel ruského dálkového letectva, generálporučík Sergej Kobylaš, popsal účel letu jako výcvik posádek v misích na dlouhé vzdálenosti a zlepšení spolupráce se SAAF.

Začátkem května 2023 přistál ve Waterkloofu ruský Il-76 společnosti Aviacon Zitotrans, na kterou se v lednu 2023 vztahují sankce amerického ministerstva financí. SANDF prostřednictvím brigádního generála Andriese Mahapy uvedla, že doručila diplomatickou poštu pro ruské velvyslanectví. Opoziční Demokratická aliance podala žádost o přístup k informacím s dotazem, kdo přistání povolil a co se přepravovalo, a spojila to s návštěvou ruské lodi Lady R v Simon's Town v prosinci 2022. Zpráva SANDF i otázky státního zástupce jsou zde uvedeny tak, jak je poskytl defenceWeb; nebyly nalezeny žádné oficiální informace o nákladu.