ウォータークルーフは、1938年8月1日にウォータークルーフ飛行場として正式に開設されました。ここは、パイロットが不時着の訓練を行えるスワートコップ飛行場の補助飛行場でした。非公式の南アフリカ空軍ウェブサイトによると、1,775ヤード×1,550ヤードの草地着陸エリアは、1930年代から1940年代の航空機にとって典型的な、そして十分な広さでした。ウィキペディアによると、第二次世界大戦中に空軍基地に昇格し、同情報源によれば、第1飛行隊は1936年から1940年5月まで、そして1947年6月から再びウォータークルーフに駐屯していました。.

デ・ハビランド・ヴァンパイアの登場で状況は一変した。低く構えたジェットエンジンが土や草を吹き飛ばしたため、空軍はウォータークルーフ基地の滑走路とコンクリート駐機場の整備計画を加速させた。1951年7月、第1飛行隊に新たに納入されたヴァンパイアはスワートコップ基地に移り、同年8月には最後の機体である第42飛行隊のオースターMk Vが基地を去った。工事は1952年1月7日に開始され、2年半かけて43万4000ポンドの費用で完了する予定だった。.

当初の計画では、第1、第2、第3、第4、第42飛行隊と第1、第15航空補給廠が新基地から運用される予定だった。しかし、その計画はほとんど実現しなかった。滑走路や関連工事には5年近くかかり、飛行部隊が復帰できたのは1956年になってからだった。その後、1960年代と1970年代に拡張が行われ、新しい装備が到着し、部隊が再編成され、ウォータークルーフは、非公式の南アフリカ空軍ウェブサイトの言葉を借りれば、南アフリカ空軍で最も重要な航空基地となった。.

ウォータークルーフは、南アフリカの国家用航空機が飛行する拠点である。ウィキペディアによると、戦時中の爆撃機部隊からVIP飛行隊に転身した第21飛行隊は、2002年10月に納入されたボーイング737 BBJ「インクワジ」で大統領を、ファルコン50（1982年と1985年）、ファルコン900（1992年）、サイテーションII（1983年）2機で閣僚を輸送している。その信頼性は政治的な話題となっており、ウィキペディアには、2009年に燃料不足のためコンゴ民主共和国で緊急着陸、2011年にニュージーランドで予防着陸を行った記録があり、いずれもカレマ・モトランテ副大統領が搭乗していた。.

その隣には、空軍唯一の中型輸送機であるC-130BZハーキュリーズを運用する第28飛行隊があり、C-130Bは1963年に配備された。第41飛行隊と第44飛行隊は軽輸送機を運用しており、基地の機体リストにはキャラバン、キングエア、C-212、PC-12などが記載されている。第111飛行隊は予備部隊である。ウォータークルーフには、空軍の写真、偵察情報、電子戦、通信センターも設置されている。.

2年に一度、この基地は展示会の会場となる。アフリカ航空宇宙防衛協会は、1975年に当時の空軍司令官ボブ・ロジャース中将がウォータークルーフで開催した軍事公開日に遡る。その後、ランセリアのアビエーション・アフリカと合併してDEXSA（1990～1998年）となり、その後AADという名称になった。defenceWebは、2026年の展示会（25周年）には30カ国以上から代表者が集まったと報じた。アンジー・モツェクガ国防大臣は、次回の展示会を2028年9月27日から10月1日にウォータークルーフで開催すると発表している。.

ウィキペディアによると、2013年4月30日、グプタ一家がチャーターしたジェットエアウェイズのエアバスA330-200型機がウォータークルーフに着陸し、サンシティでの結婚式に向かうインドからのゲスト217人が搭乗していた。国家重要地点へのプライベートチャーター機の着陸は大きな騒動を巻き起こし、南アフリカのメディアはこれを「グプタゲート」と呼んだ。.

許可は当時国際関係省の国家儀典長だったブルース・コロアネに遡ることができ、調査の結果、彼はズマ大統領の名前を使って要請を強行したことが判明し、降格された（Wikipedia）。2019年7月に行われた国家乗っ取りに関するゾンド委員会で、SANDF調査委員会の委員長を務めた退役中将デリック・ムグウェビは、要請にはインド諸州の大臣が乗船すると虚偽の主張があり、「名前も代表団のリーダーもなかった」と述べた。defenceWebの報道によると、着陸を承認した将校の名前が証言の中で挙げられた。.

当時の空軍司令官、ザケス・ムシマン中将は委員会に対し、着陸の出来事は今でも心に傷を残していると述べた。レイモンド・ゾンド副最高裁判事は、それが手続きに反していたことは誰もが知っていたと指摘した。グプタ一家は当時謝罪し、招待客の中にインドの大臣がいたため特別許可を求めたと説明した。.

2019年10月23日、ロシアのTu-160「ブラックジャック」爆撃機2機が、エンゲルスから約11,000kmのノンストップ飛行を経てウォータークルーフに着陸した。カスピ海上空で給油を受けたとdefenceWebが報じた。An-124とIl-62の支援機は前日に到着していた。南アフリカ空軍のホーク3機とグリペン2機が迎撃と護衛の訓練のために出迎えた。ロシア長距離航空司令官のセルゲイ・コビラシュ中将は、長距離任務における乗員の訓練と南アフリカ空軍との協力関係の強化が目的だと述べた。.

2023年5月初旬、2023年1月に米国財務省の制裁対象となったアビアコン・ジトトランス社のロシア製Il-76がウォータークルーフに着陸した。南アフリカ国防軍（SANDF）は、アンドリーズ・マハパ准将を通じて、ロシア大使館宛の外交郵便物を配達したと述べた。野党民主同盟（DA）は、誰が着陸を許可したのか、何が運ばれていたのかを問う情報公開請求を行い、2022年12月にロシア船レディRがサイモンズタウンを訪れた件と関連付けた。SANDFの説明とDAの質問は、defenceWebが提供したとおりにここに掲載されている。貨物に関する公式な調査結果は見つからなかった。.