ווטרקלוף נפתח רשמית ב-1 באוגוסט 1938 כבסיס חיל האוויר ווטרקלוף, שדה משני עבור סווארטקופ שבו טייסים יכלו לתרגל נחיתות אונס. שטח הנחיתה הדשא שלו, שגודלו 1,775 על 1,550 יארד, היה, כפי שמציין אתר האינטרנט הלא רשמי של חיל האוויר המלכותי, טיפוסי והולם למטוסים של שנות ה-30 וה-40. ויקיפדיה אומרת שהוא הועלה למעמד של בסיס חיל אוויר במהלך מלחמת העולם השנייה; טייסת 1, על פי אותו מקור, הייתה בווטרקלוף מ-1936 עד מאי 1940 ושוב מיוני 1947.

ה"דה הבילנד ומפפיר" שינה זאת. צינור הסילון הנמוך שלו פוצץ אדמה ועשב, כך שחיל האוויר האיץ תוכניות למסלולי הנחיתה מרוצפים ומשטחי בטון קשים בווטרקלוף. ביולי 1951, מטוסי ה"ומפפיר" החדשים של טייסת 1 עברו לסוורטקופ, ובאוגוסט 1951 המטוס האחרון, המטוס מדגם Auster Mk V של טייסת 42, עזב. העבודה הייתה אמורה להתחיל ב-7 בינואר 1952 ולהימשך שנתיים וחצי בעלות של 434,000 ליש"ט.

התוכנית הייתה שטייסות 1, 2, 3, 4 ו-42 ומחסני אוויר 1 ו-15 יפעלו מהבסיס החדש. מעט מזה יצא לפועל. מסלולי ההמראה והעבודות הנלוות ארכו כמעט חמש שנים, ורק בשנת 1956 יכלו יחידות הטיסה לחזור. מה שבא לאחר מכן היה ההרחבה של שנות ה-60 וה-70, כאשר הגיע ציוד חדש, יחידות הוקמו מחדש ו-ווטרקלוף הפך, במילותיו של אתר האינטרנט הלא רשמי של SAAF, לבסיס האווירי המוביל של SAAF.

ווטרקלוף הוא המקום בו מתבצעות טיסות המדינה של דרום אפריקה. טייסת 21, יחידת מפציצים מתקופת מלחמה שהפכה לטייסת VIP, מטיסה את מטוס הפרזידנט במטוס בואינג 737 BBJ "אינקוואזי", שסופק באוקטובר 2002, ומשרתת בשני מטוסי פלקון 50 (1982 ו-1985), פלקון 900 (1992) ושני מטוסי Citation II (1983), על פי ויקיפדיה. אמינותה הייתה נושא פוליטי: ויקיפדיה מתעדת נחיתת חירום ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו בשנת 2009 עקב מפלס דלק נמוך ונחיתה זהירה בניו זילנד בשנת 2011, שתיהן עם סגן הנשיא קגלמה מוטלנת'ה על סיפונה.

לצידה, טייסת 28 מפעילה את ה-C-130BZ הרקולס, מטוס התובלה הבינוני היחיד של חיל האוויר; מטוסי ה-C-130B הגיעו בשנת 1963. טייסות 41 ו-44 מפעילות מטוסי תובלה קלים - רשימת הבסיס מונה את הקרוון, קינג אייר, C-212 ו-PC-12 - וטייסת 111 היא יחידת מילואים. ווטרקלוף מאכלסת גם את מרכזי הצילום, הסיור-מודיעין, הלוחמה האלקטרונית והתקשורת של חיל האוויר.

כל שנתיים הופך הבסיס למתחם תערוכות. מקורה של Africa Aerospace and Defence ביום פתוח צבאי שנערך בווטרקלוף בשנת 1975, אותו יזם מפקד חיל האוויר דאז, לוטננט גנרל בוב רוג'רס; מאוחר יותר התמזגה עם Aviation Africa בלנסריה והפכה ל-DEXSA (1990–1998) לפני שאימצה את השם AAD. defenceWeb דיווח כי התערוכה ב-2026, יום השנה הכסוף לה, משכה נציגים מיותר מ-30 מדינות; שרת ההגנה אנג'י מוטשקה קבעה את ה-27 בספטמבר עד ה-1 באוקטובר 2028 לתערוכה הבאה, שוב בווטרקלוף.

ב-30 באפריל 2013 נחת בווטרקלוף מטוס איירבוס A330-200 של ג'ט איירווייס, ששכר משפחת גופטה, עם 217 אורחים מהודו בדרכם לחתונה בסאן סיטי, על פי ויקיפדיה. נחיתתו של מטוס פרטי בנקודה מרכזית לאומית עוררה סערה; כלי התקשורת הדרום אפריקאים כינו זאת "גופטגייט".

האישור יוחס לברוס קולואן, אז ראש פרוטוקול המדינה במחלקה ליחסים בינלאומיים, אשר חקירה גילתה כי השתמש בשמו של הנשיא זומה כדי לקדם את הבקשה; הוא הורד בדרגה (ויקיפדיה). בוועדת זונדו לחקר לכידת המדינה ביולי 2019, אמר סגן גנרל בדימוס דריק מגוויבי, שעמד בראש מועצת החקירה של SANDF, כי הבקשה טענה באופן שקרי כי שרים ממדינות הודו יהיו על הסיפון, "ללא שמות, ללא ראש משלחת"; קצינים שאישרו את הנחיתה נמנו בשמם בעדות, כפי שדווח על ידי defenceWeb.

ראש חיל האוויר דאז, לוטננט גנרל זאקס מסימנג, אמר לוועדה שהנחיתה עדיין כאבה לו. סגן נשיא בית המשפט העליון ריימונד זונדו ציין כי אנשים ידעו שזה לא עולה בקנה אחד עם הנוהל. משפחת גופטה התנצלה אז ואמרה כי ביקשו אישור מיוחד מכיוון ששרים הודים היו בין האורחים.

ב-23 באוקטובר 2019 נחתו שני מפציצים רוסיים מדגם Tu-160 "בלאק ג'ק" בווטרקלוף לאחר טיסה רצופה של כ-11,000 ק"מ מאנגלס, שתודלקו מעל הים הכספי, כך דיווח defenceWeb; מטוס סיוע מדגם An-124 ומטוס Il-62 הגיעו יום קודם לכן. שלושה מטוסי הוק של חיל האוויר המלכותי ושני מטוסי גריפן פגשו אותם לאימון יירוט וליווי. מפקד התעופה ארוכת הטווח של רוסיה, לוטננט גנרל סרגיי קובילש, תיאר את המטרה כאימון צוותים במשימות ארוכות טווח ושיפור שיתוף הפעולה עם חיל האוויר המלכותי.

בתחילת מאי 2023 נחת בווטרקלוף מטוס טיל רוסי מסוג Il-76 של חברת Aviacon Zitotrans, חברה שהוטלה עליה סנקציות של משרד האוצר האמריקאי בינואר 2023. חיל האוויר הסורגי, באמצעות בריגדיר גנרל אנדריס מהאפה, מסר כי מסר דואר דיפלומטי עבור השגרירות הרוסית. מפלגת האופוזיציה "הברית הדמוקרטית" הגישה בקשת גישה למידע ושאלה מי אישר את הנחיתה ומה נשא המטען, וקישרה אותה לביקורה של הספינה הרוסית "ליידי R" בסיימון'ס טאון בדצמבר 2022. דיווח חיל האוויר הסורגי ושאלות התובע המחוזי מדווחים כאן כפי שמסר אותם defenceWeb; לא נמצאו ממצאים רשמיים לגבי המטען.