Waterkloof, 1 Ağustos 1938'de Swartkop'un ikincil bir alanı olarak Waterkloof Hava Üssü adıyla resmen açıldı; burada pilotlar zorunlu iniş tatbikatları yapabiliyordu. Resmi olmayan SAAF web sitesinin belirttiği gibi, 1.775 x 1.550 yardalık çimenlik iniş alanı, 1930'lar ve 1940'ların uçakları için tipik ve yeterliydi. Wikipedia'ya göre, İkinci Dünya Savaşı sırasında hava üssü statüsüne yükseltildi; aynı kaynağa göre, 1. Filo 1936'dan Mayıs 1940'a kadar ve tekrar Haziran 1947'den itibaren Waterkloof'ta görev yaptı.

De Havilland Vampire bunu değiştirdi. Alçak konumlu jet egzoz borusu toprağı ve çimleri havaya uçuruyordu, bu nedenle hava kuvvetleri Waterkloof'ta asfalt pistler ve beton zeminler için planlarını hızlandırdı. Temmuz 1951'de 1. Filo'nun yeni teslim edilen Vampire uçakları Swartkop'a taşındı ve Ağustos 1951'de son uçak, 42. Filo'nun Auster Mk V'leri, buradan ayrıldı. Çalışmaların 7 Ocak 1952'de başlaması ve 434.000 sterlin maliyetle iki buçuk yıl sürmesi planlanıyordu.

Plan, 1, 2, 3, 4 ve 42. Filolar ile 1 ve 15. Hava Depolarının yeni üsten faaliyet göstermesiydi. Ancak bunların çok azı gerçekleşti. Pistler ve ilgili çalışmalar neredeyse beş yıl sürdü ve ancak 1956'da uçuş birlikleri geri dönebildi. Bunu, 1960'lar ve 1970'lerde yeni ekipmanların gelmesi, birliklerin yeniden kurulması ve Waterkloof'un, gayri resmi SAAF web sitesinin ifadesiyle, en önde gelen SAAF hava üssü haline gelmesi izledi.

Güney Afrika'nın devlet uçuşlarının yapıldığı yer Waterkloof'tur. Savaş zamanı bombardıman uçağı birimi olan ve daha sonra VIP filosuna dönüştürülen 21. Filo, Ekim 2002'de teslim edilen Boeing 737 BBJ "Inkwazi" ile Cumhurbaşkanını, iki Falcon 50 (1982 ve 1985), bir Falcon 900 (1992) ve iki Citation II (1983) ile de bakanları taşımaktadır. Wikipedia'ya göre, uçağın güvenilirliği siyasi bir konu olmuştur: Wikipedia, 2009'da düşük yakıt nedeniyle Kongo Demokratik Cumhuriyeti'nde ve 2011'de Yeni Zelanda'da, her ikisinde de Cumhurbaşkanı Yardımcısı Kgalema Motlanthe'nin bulunduğu bir acil iniş kaydetti.

Yanında, 28. Filo, hava kuvvetlerinin tek orta sınıf nakliye uçağı olan C-130BZ Hercules'i uçuruyor; C-130B'ler 1963'te geldi. 41. ve 44. Filolar hafif nakliye uçakları uçuruyor - üs listesinde Caravan, King Air, C-212 ve PC-12 isimleri geçiyor - ve 111. Filo bir yedek birlik. Waterkloof ayrıca hava kuvvetlerinin fotoğraf, keşif-istihbarat, elektronik savaş ve telekomünikasyon merkezlerine de ev sahipliği yapıyor.

Üs, her iki yılda bir fuar alanına dönüşüyor. Africa Aerospace and Defence'in kökeni, o zamanki Hava Kuvvetleri Komutanı Korgeneral Bob Rogers tarafından 1975 yılında Waterkloof'ta düzenlenen askeri açık güne dayanıyor; daha sonra Lanseria'daki Aviation Africa ile birleşerek DEXSA (1990-1998) adını aldı ve ardından AAD adını aldı. defenceWeb'in haberine göre, 2026'daki fuar, gümüş yıldönümü vesilesiyle 30'dan fazla ülkeden temsilciyi bir araya getirdi; Savunma Bakanı Angie Motshekga, bir sonraki fuarın yine Waterkloof'ta 27 Eylül - 1 Ekim 2028 tarihleri arasında yapılacağını açıkladı.

Wikipedia'ya göre, 30 Nisan 2013'te Gupta ailesi tarafından kiralanan bir Jet Airways Airbus A330-200 uçağı, Sun City'deki bir düğüne katılmak üzere Hindistan'dan gelen 217 konuğuyla birlikte Waterkloof'a indi. Ulusal öneme sahip bir noktaya özel bir uçağın inişi büyük bir tepkiye neden oldu; Güney Afrika medyası olayı "Guptagate" olarak adlandırdı.

İznin kaynağı, o dönemde Uluslararası İlişkiler Bakanlığı'nda devlet protokolü şefi olan Bruce Koloane'ye kadar uzanıyordu; yapılan bir soruşturmada, talebi onaylatmak için Başkan Zuma'nın adını kullandığı tespit edildi ve Koloane görevinden alındı (Wikipedia). Temmuz 2019'da devletin ele geçirilmesiyle ilgili Zondo Komisyonu'nda, Güney Afrika Ulusal Savunma Kuvvetleri (SANDF) soruşturma kuruluna başkanlık eden emekli Korgeneral Derrick Mgwebi, talebin Hindistan eyaletlerinden bakanların gemide olacağı yönünde yanlış bir iddia içerdiğini, ancak "isimlerin ve heyet liderlerinin belirtilmediğini" söyledi; defenceWeb'in bildirdiğine göre, inişi onaylayan subayların isimleri ifadelerde yer aldı.

Dönemin Hava Kuvvetleri Komutanı Korgeneral Zakes Msimang, komisyona inişin hâlâ canını acıttığını söyledi. Başyargıç Yardımcısı Raymond Zondo, bunun prosedüre uygun olmadığını herkesin bildiğini belirtti. Gupta ailesi o dönemde özür dileyerek, konuklar arasında Hintli bakanların bulunması nedeniyle özel izin istediklerini söylemişti.

23 Ekim 2019'da, Rus yapımı iki Tu-160 "Blackjack" bombardıman uçağı, Engels'ten yaklaşık 11.000 km'lik kesintisiz bir uçuşun ardından Hazar Denizi üzerinde yakıt ikmali yaparak Waterkloof'a indi; bir An-124 ve bir Il-62 destek uçağı ise bir gün önce gelmişti. Üç Güney Afrika Hava Kuvvetleri (SAAF) Hawk ve iki Gripen uçağı, önleme ve refakat tatbikatı için onları karşıladı. Rusya Uzun Menzilli Havacılık Komutanı Korgeneral Sergei Kobylash, amacın mürettebatı uzun menzilli görevlerde eğitmek ve SAAF ile işbirliğini geliştirmek olduğunu belirtti.

Mayıs 2023'ün başlarında, Ocak 2023'te ABD Hazine Bakanlığı yaptırımları altına alınan Aviacon Zitotrans şirketine ait bir Rus Il-76 uçağı Waterkloof'a indi. Güney Afrika Ulusal Savunma Kuvvetleri (SANDF), Tuğgeneral Andries Mahapa aracılığıyla, uçağın Rus büyükelçiliği için diplomatik posta taşıdığını söyledi. Muhalefetteki Demokratik İttifak, inişe kimin izin verdiğini ve ne taşındığını soran bir bilgi edinme talebinde bulundu ve bunu Aralık 2022'de Simon's Town'a gelen Rus gemisi Lady R'nin ziyaretiyle ilişkilendirdi. SANDF'nin açıklaması ve DA'nın soruları, defenceWeb'in verdiği şekliyle burada aktarılmıştır; kargo hakkında resmi bir bulguya rastlanmamıştır.