A base foi oficialmente inaugurada em 14 de outubro de 1987 como Base Aérea Louis Trichardt, nomeada em homenagem à cidade aos pés da cordilheira Soutpansberg. Foi construída como uma moderna base de caças no extremo norte do país, perto da fronteira com o Zimbábue, e o site não oficial da Força Aérea Sul-Africana (SAAF) ainda a descreve como a base mais moderna e mais setentrional da força aérea. Seu lema, Castrum Borealis, significa “fortaleza do norte”.

Sua função como caça surgiu com a reorganização pós-Guerra da Fronteira. O Esquadrão 2, que operava Mirage IIIs e depois Cheetahs a partir de Hoedspruit desde o final de 1978, mudou-se para Louis Trichardt em janeiro de 1993, de acordo com a Wikipédia. Em 7 de novembro de 2003, a base seguiu a cidade e mudou seu nome para Makhado.

Durante quinze anos, Makhado foi uma base de Cheetah. O Esquadrão 2 operou os Cheetah C e D, versões reconstruídas do Mirage III sul-africano, até que os últimos foram aposentados em 2 de abril de 2008. Os primeiros Gripen D bipostos chegaram naquele mês, os dois últimos Gripen D chegaram em julho de 2009 e os dois primeiros Gripen C monopostos em 11 de fevereiro de 2010, segundo a Wikipédia. Dos 28 Gripens encomendados no acordo de armamentos de 1999, 26 foram adquiridos.

Os novos caças logo ultrapassaram o orçamento. Os Gripens pararam de voar em setembro de 2021 por falta de um contrato de suporte; o defenceWeb noticiou em 5 de setembro de 2022 que um contrato de manutenção com a Saab os havia recolocado em operação, com 13 dos 25 então disponíveis voando e 12 armazenados. Em abril de 2021, um Gripen do Esquadrão 2 foi danificado em Makhado quando um cabo de ancoragem se rompeu durante um teste de manutenção em solo; a Força de Defesa Nacional da África do Sul (SANDF) confirmou a abertura de um inquérito, mas não informou se o dano era reparável.

A liderança tem sido rotativa. Em julho de 2025, o Coronel Josias Mashaba passou o comando do 2º Esquadrão para o Tenente-Coronel Phumelele Ndzuta, e o comandante da base, Brigadeiro-General Orapetse Mokgwabone, reassumiu o comando da 3ª Unidade de Apoio Aéreo com o Coronel Daniel Ngobeni. Mashaba afirmou que o comando do esquadrão Gripen exigia “muita resiliência, conhecimento e capacidade”.

Makhado é a última etapa no treinamento de um piloto de caça sul-africano. A carreira de Ndzuta, como resumiu o defenceWeb em 2025, é esse caminho: recebeu suas asas na Escola Central de Voo de Langebaanweg em 2008, qualificou-se como líder de esquadrão na 85ª Escola de Voo de Combate em Makhado e, em seguida, tornou-se instrutor de ataque aéreo. A 85ª Escola de Voo de Combate opera o BAE Hawk Mk 120, do qual 24 unidades foram adquiridas; o defenceWeb contabilizou 23 aeronaves na frota em 2014.

Aquele ano mostrou como as margens de erro são mínimas. Um Hawk do 85º Esquadrão de Caça teve a roda do nariz quebrada durante um pouso e decolagem em Makhado, em 27 de março de 2014; nenhum dos dois tripulantes se feriu, e a Força Aérea Sul-Africana (SAAF) suspendeu todas as operações da frota de Hawks enquanto uma comissão de investigação era iniciada. Relatos não confirmados, citados pelo defenceWeb, afirmavam que o manche havia travado pouco antes do pouso.

Os Flying Cheetahs compartilham sua base com guepardos de verdade. Em novembro de 2015, o Centro de Espécies Ameaçadas de Hoedspruit doou dois machos nascidos em cativeiro, Wim e Tobie, que foram soltos na base como "um meio sustentável de controlar populações de animais selvagens que representam um risco para a segurança da aviação" nas áreas de manobra das aeronaves, conforme relatado pelo defenceWeb.

O acordo teve um início conturbado. Em 8 de dezembro de 2015, os dois guepardos entraram em um hangar; quando os funcionários tentaram expulsá-los, uma oficial que se afastara do grupo para tirar fotos foi atacada e ferida na nuca, rosto e pescoço. Ela foi atendida no hospital militar e não foram relatadas lesões permanentes. A Brigadeira-General Marthie Visser afirmou que o erro da oficial foi se afastar do grupo maior.