De basis werd officieel geopend op 14 oktober 1987 als luchtmachtbasis Louis Trichardt, genoemd naar het stadje aan de voet van de Soutpansberg. Het werd gebouwd als een moderne gevechtsvliegtuigbasis in het uiterste noorden van het land, dicht bij de grens met Zimbabwe, en de onofficiële website van de Zuid-Afrikaanse luchtmacht beschrijft het nog steeds als de modernste en meest noordelijke basis van de luchtmacht. Het motto, Castrum Borealis, betekent "fort van het noorden".

De rol als gevechtsvliegtuig kwam met de reorganisatie na de Grensoorlog. 2 Squadron, dat sinds eind 1978 met Mirage III's en later Cheetahs vanaf Hoedspruit vloog, verhuisde in januari 1993 naar Louis Trichardt, aldus Wikipedia. Op 7 november 2003 veranderde de basis, net als de stad, haar naam in Makhado.

Makhado was vijftien jaar lang een Cheetah-basis. 2 Squadron vloog met de Cheetah C en D, de herbouwde Mirage III van Zuid-Afrika, totdat de laatste toestellen op 2 april 2008 werden uitgefaseerd. De eerste tweezitters Gripen D arriveerden diezelfde maand, de laatste twee Gripen D's kwamen in juli 2009 en de eerste twee eenzits Gripen C's op 11 februari 2010, aldus Wikipedia. Van de 28 Gripens die in de wapendeal van 1999 waren besteld, werden er 26 gekocht.

De nieuwe gevechtsvliegtuigen kostten al snel meer dan het budget toeliet. De Gripens werden in september 2021 uit de lucht gehaald vanwege het ontbreken van een onderhoudscontract; defenceWeb meldde op 5 september 2022 dat een onderhoudscontract met Saab ervoor had gezorgd dat ze weer in de lucht waren, met 13 van de 25 die toen nog in dienst waren, vliegend en 12 opgeslagen. In april 2021 raakte een Gripen van 2 Squadron beschadigd in Makhado toen een ankerkabel brak tijdens een onderhoudsbeurt op de grond; de SANDF bevestigde dat er een onderzoek was ingesteld, maar wilde niet zeggen of het toestel te repareren was.

De leiding is gestaag gewisseld. In juli 2025 droeg kolonel Josias Mashaba het commando over 2 Squadron over aan luitenant-kolonel Phumelele Ndzuta, en de bevelvoerende officier van de basis, brigadegeneraal Orapetse Mokgwabone, bevestigde de positie van kolonel Daniel Ngobeni bij 3 Air Servicing Unit. Mashaba zei dat het commando over het Gripen-squadron "veel veerkracht, kennis en bekwaamheid" vereiste.

Makhado is de laatste stap in de opleiding van een Zuid-Afrikaanse gevechtspiloot. De carrière van Ndzuta, zoals defenceWeb die in 2025 samenvatte, is het pad: vliegbrevet bij de Central Flying School Langebaanweg in 2008, kwalificatie als vluchtleider bij de 85 Combat Flying School in Makhado, en vervolgens instructeur voor aanvalspiloten. De 85 CFS vliegt met de BAE Hawk Mk 120, waarvan er 24 zijn aangeschaft; defenceWeb telde er 23 in de vloot in 2014.

Dat jaar liet zien hoe klein de marges zijn. Een Hawk van 85 CFS brak zijn neuswiel tijdens een touch-and-go op Makhado op 27 maart 2014; geen van beide bemanningsleden raakte gewond en de SAAF hield de hele Hawk-vloot aan de grond in afwachting van een onderzoek. Onbevestigde berichten, geciteerd door defenceWeb, meldden dat de stuurknuppel kort voor de landing was vastgelopen.

De Flying Cheetahs delen hun basis met echte cheeta's. In november 2015 schonk het Hoedspruit Endangered Species Centre twee in gevangenschap geboren mannetjes, Wim en Tobie, die op de basis werden uitgezet als "een duurzame manier om de populaties wilde dieren te beheersen die een gevaar vormen voor de vliegveiligheid" in de oefengebieden voor vliegtuigen, zoals defenceWeb meldde.

De samenwerking kende een pijnlijke start. Op 8 december 2015 liepen de twee cheeta's een hangar binnen; toen personeel ze probeerde weg te jagen, werd een officier die zich van de groep had afgescheiden om foto's te maken aangevallen en verwond aan de achterkant van haar hoofd, gezicht en nek. Ze werd behandeld in het militaire ziekenhuis en er werden geen blijvende verwondingen gemeld. Brigadier-generaal Marthie Visser zei dat de fout van de officier was geweest om zich van de grotere groep af te scheiden.