لم تُبنَ قاعدة بيجا الجوية لأن البرتغال كانت بحاجة إلى قاعدة جوية أخرى، بل لأن ألمانيا الغربية كانت بحاجة إلى مساحة. ويذكر تاريخ القوات الجوية الألمانية أن القاعدة الجوية رقم 11 أُنشئت بموجب المرسوم رقم 20856 الصادر في 21 أكتوبر 1964، وهو التاريخ الذي لا تزال القاعدة تحتفل به كذكرى سنوية، وذلك للوفاء باتفاقيات ثنائية منحت القوات الجوية الألمانية مكانًا للتدريب العملياتي بعيدًا عن سماء أوروبا الوسطى المزدحمة والملبدة بالغيوم. وبدأت القيادة والخدمات العمل في عام 1967، واكتملت البنية التحتية في عام 1968، وشُيّد حي سكني يضم 330 منزلًا على الحافة الجنوبية الغربية لمدينة بيجا.

سجلت القوات الجوية وجود سربين من طائرات إف-104 التابعة لسلاح الجو الألماني في بيجا من عام 1970 حتى عام 1973، حين أعيد تنظيمها في ألمانيا. وتشير مصادر ألمانية، استُخدمت هنا كدليل مرجعي فقط، إلى رواية أطول: إذ شُكّلت قيادة تدريب في كولن-فان في 1 أبريل 1963، وانتقلت إلى بيجا عام 1965، واستخدمت طائرات فيات جي.91 حتى استُبدلت بـ 18 طائرة ألفا جيت في يوليو 1980. وتتفق الروايتان على أن بيجا كانت تُستخدم أيضًا كمطار دعم، وتشير القوات الجوية إلى أن شركتي لوفتهانزا وتاب استخدمتاها لتدريب أطقم الطائرات.

أثمر الاتفاق البرتغالي الألماني المُبرم في 16 أغسطس/آب 1979 عن إنشاء سرب دائم من طائرات ألفا جيت للتدريب العملياتي، بما في ذلك التدريب بالذخيرة الحية في ميدان ألكوشيتي للتدريب على نهر تاجة. واستمر هذا السرب حتى إعادة توحيد ألمانيا وما تلاها من تخفيضات. لم يُجدد الاتفاق في عام 1993؛ وتم حلّ القيادة الألمانية في 16 ديسمبر/كانون الأول 1993، وحُلّت رسميًا في 31 مارس/آذار 1994. وكتعويض، طلبت البرتغال وحصلت مجانًا على 50 طائرة ألفا جيت فائضة، والتي شكلت مستقبل بيجا خلال السنوات الخمس والعشرين التالية.

بدأ الوجود البرتغالي الدائم في يناير 1987، عندما انتقلت السرب 103 "كاراكويس" من مونتي ريال بطائرات نورثروب تي-38 إيه تالون التي كانت تستخدمها منذ يوليو 1980. وتقول القوات الجوية إن السرب جاء من مونتي ريال، بينما تشير ويكيبيديا الإنجليزية إلى مونتيخو، وهو ما يُعد خطأً في سجلات القوات الجوية نفسها. اختفت طائرات تي-38 بحلول يونيو 1993، وفي 6 أكتوبر 1993، بدأ السرب بتشغيل طائرات ألفا جيت الألمانية سابقًا، وهي نفس الطائرات التي كانت تُجهز بها سرب الهجوم 301 "جاغواريس" في بيجا.

من بين 50 طائرة ألفا جيت، أفادت شركة تكنولوجيا ودفاع أن حوالي 40 طائرة كانت مخصصة للطيران، بينما احتُفظ بعشر طائرات كقطع غيار. وقد حلّقت بها السرب 301 في مهام الهجوم الأرضي حتى عام 2005، حين انتقلت إلى مونت ريال وتحولت إلى طائرات إف-16. واستمرت السرب 103 كمدرسة متقدمة لتدريب الطيارين على الطائرات النفاثة. وتختلف الإحصائيات الإجمالية قليلاً باختلاف المصادر: إذ يُشير موقع فلايغر ويب إلى 53,000 ساعة طيران و170 طيارًا تدربوا على الطائرات النفاثة، بينما تُشير تكنولوجيا ودفاع إلى أكثر من 50,000 ساعة، وتُشير القوات الجوية إلى أكثر من 100,000 ساعة طيران للسرب بجميع أنواع طائراته.

كما أعادت السرب عروض الطيران البرتغالية. وفي عام ٢٠٠١، شكّلت سربًا من طائرات ألفا جيت، عُرف باسم "باريلها دا كروز دي كريستو"، والذي أصبح "أساس دي بورتوغال" في عام ٢٠٠٥، وتمّ حلّها في عام ٢٠١٠. أُحيلت آخر طائرات ألفا جيت إلى التقاعد في يناير ٢٠١٨؛ حيث تُشير القوات الجوية إلى ١٣ يناير، بينما يُشير موقع "فليغر ويب" إلى ١٨ يناير. انتقل التدريب المتقدم على الطائرات النفاثة إلى الخارج، وبقيت السرب ١٠٣، بحسب القوات الجوية، في انتظار طائرات جديدة.

أتاح رحيل القوات الألمانية مساحةً، وسرعان ما استغلتها القوات الجوية. ففي 16 نوفمبر/تشرين الثاني 1993، انتقل سرب طائرات ألوت III، إسكوادرا 552 "زانغويس"، من تانكوس، حاملاً معه خدمات النقل والدعم التكتيكي والتدريب على الطيران والإنقاذ الساحلي إلى بيجا. وبين فبراير/شباط 2000 ويوليو/تموز 2002، أرسل السرب أربع طائرات ألوت إلى بعثة الأمم المتحدة في تيمور الشرقية، حيث حلّقت لمدة 2700 ساعة ونقلت أكثر من 10000 راكب و131 جريحًا. ومن عام 2004 إلى عام 2010، شارك السرب أيضًا في عروض فريق روتوريس دي بورتوغال للمروحيات.

وصلت أول طائرة من طراز أغوستا ويستلاند AW119 Mk II كوالا في 16 فبراير 2019. نفّذت طائرة ألوت III طلعتها الجوية الأخيرة في البرتغال في 17 يونيو 2020، بعد أن بلغ مجموع ساعات طيرانها، وفقًا لتقديرات القوات الجوية، أكثر من 300 ألف ساعة على مدار 57 عامًا. تتميز طائرة كوالا بعوامات، ورافعة إنقاذ، وحمولة معلقة تزن 1400 كيلوغرام، تشمل دلوًا لمكافحة حرائق الغابات. تتسع الطائرة لسبعة ركاب بالإضافة إلى الطيار، ولا يزال السرب يقوم بمهام النقل التكتيكي والتدريب والإنقاذ.

تفاوتت مواقع التدريب الأساسي للطيارين. فقد تمركزت السرب 101 "رونكوس"، التي اشترت 18 طائرة من طراز سوكاتا تي بي-30 إبسيلون عام 1989، في بيجا منذ عام 1993، ثم انتقلت إلى سينترا عام 2009، وعادت في 1 يوليو 2020. وهي الآن بصدد استلام طائرات إمبراير إيه-29 إن سوبر توكانو، التي ستتولى مهام التدريب والهجوم الخفيف التي كانت قد تركت بيجا مع طائرات ألفا جيت عام 2005.

تأسس السرب 601 "لوبوس" في مارس 1986 في مونتيخو للقيام بدوريات بحرية ومطاردة الغواصات. وصلت أول طائرة من طراز P-3P تابعة له، وهي واحدة من ست طائرات P-3B أسترالية سابقة أعيد بناؤها للبرتغال، في 7 أغسطس 1988. وخلال عملية "شارب جارد" في البحر الأدرياتيكي، من عام 1992 إلى عام 1996، نفذ السرب 576 مهمة جوية بإجمالي 3712 ساعة طيران. انتقل السرب إلى بيجا في 19 فبراير 2008، مما منح قاعدة ألينتيخو دورًا بحريًا لأول مرة.

استُبدلت طائرات P-3P بخمس طائرات P-3C CUP+ هولندية سابقة. وصلت أول طائرة في أغسطس 2010، ونفّذت طائرة P-3P طلعتها العملياتية الأخيرة في 13 أكتوبر 2011، بعد أكثر من 25,000 ساعة طيران. توجهت الطائرات الجديدة مباشرةً إلى المحيط الهندي: 40 مهمة وأكثر من 320 ساعة طيران في عملية أتالانتا التابعة للاتحاد الأوروبي انطلاقًا من سيشل عام 2010، ثم 30 مهمة و245 ساعة طيران في عملية درع المحيط التابعة لحلف الناتو عام 2011، والتي يصفها السرب بأنها أولى تجاربه القتالية.

في سبتمبر 2023، وافقت البرتغال على شراء ست طائرات من طراز P-3C تابعة للبحرية الألمانية سابقًا، مزودة بمجموعات تحديث منتصف العمر وقطع غيار ومعدات اختبار وأجهزة محاكاة. هبطت أول طائرة في بيجا الساعة 2:20 ظهرًا يوم 9 فبراير 2024. إنها حلقة تاريخية مثيرة للاهتمام: القاعدة التي بنتها ألمانيا لتدريب طائراتها تستقبل الآن طائرات ألمانية فائضة مرة أخرى، كما حدث مع طائرات ألفا جيت عام 1993. لم يُعلن بعد عن عدد الطائرات التي ستُستخدم في الخدمة وعدد الطائرات التي ستُستخدم كقطع غيار.

بيجا هي مقرّ سلاح الجو الأمريكي الذي يضمّ أحدث طائراته. تأسس السرب 506 "رينوسيرونتس" في 20 مايو 2023 بموجب الأمر رقم 39/2023 الصادر عن رئيس أركان القوات الجوية، لتشغيل طائرات إمبراير KC-390 في مهام النقل والتزود بالوقود جواً ومكافحة الحرائق. ويُذكر أن اسمه مستوحى من وحيد القرن الهندي الذي أُرسل إلى الملك مانويل الأول عام 1515. هبطت أول طائرة في بيجا الساعة 4:30 مساءً يوم 19 أكتوبر 2023 بعد رحلة تسليم عبر المحيط الأطلسي؛ وقد طُلبت خمس طائرات في عام 2019 بقيمة 827 مليون يورو، مع جهاز محاكاة ودعم لمدة اثني عشر عاماً، لتحل محل طائرات C-130H.

وصلت طائرة ثالثة من طراز KC-390 في 18 يوليو 2025، ورابعة، وهي الأولى المزودة بمعدات التزود بالوقود، في 24 يناير 2026؛ وقد تم طلب طائرة سادسة. وكانت أول مهمة إغاثة بارزة للسرب في 26-27 يونيو 2026، عندما غادرت طائرتان من طراز KC-390 بيجا متجهتين إلى فنزويلا وعلى متنهما 64 من أفراد الطوارئ البرتغاليين ونحو 23 طنًا من المساعدات بعد الزلازل التي ضربت البلاد.

النوع الجديد الثاني هو طائرة A-29N سوبر توكانو. طلبت البرتغال 12 طائرة في ديسمبر 2024 مقابل حوالي 200 مليون يورو، وسُلّمت أولى الطائرات المُجهزة وفقًا لمعايير الناتو في مصنع OGMA في ألفيركا في 17 ديسمبر 2025 إلى السرب 101 في بيجا. وفي الحفل نفسه، وُقّع خطاب نوايا لإنشاء مصنع طائرات في بيجا قادر على إنتاج طائرة A-29N؛ ويشير موقع The Aviationist إلى أن هذا سيكون خط الإنتاج الثالث لهذا النوع بعد البرازيل وفلوريدا. ولم يُعلن بعد عن موعد بدء الإنتاج.

لطالما مثّلت مدارج الطائرات التي موّلتها ألمانيا إضافةً قيّمةً للمرافق المدنية. افتُتح مبنى ركاب مدني، بتكلفة 33 مليون يورو ممولة من صناديق إقليمية أوروبية وميزانية الدولة بين عامي 2006 و2008، بجوار القاعدة. انطلقت أول رحلة تجارية في تمام الساعة 18:25 من يوم 13 أبريل 2011، على متن طائرة بوينغ 757-200 تابعة لشركة TACV وعلى متنها 70 راكبًا متجهة إلى فوغو في الرأس الأخضر. تمتلك شركة ANA Aeroportos de Portugal امتياز التشغيل؛ وتُشير وثيقة معلومات الطيران الوطنية (AIP) إلى قائد القاعدة الجوية رقم 11 بصفته المشغل العسكري، وتؤكد على أولوية النشاط العسكري.

لم يواكب ذلك إقبال المسافرين. أحصى مكتب أوبسيرفادور 6624 مسافرًا و245 حركة طيران في السنوات الثلاث الأولى؛ وتوقفت رحلات الطيران العارض إلى لندن وشتوتغارت وهانوفر، كما أُلغي خط باريس في عام 2014 بعد أربع رحلات فقط من أصل اثنتي عشرة رحلة مُخطط لها. وفي عام 2017، صرّحت شركة الخطوط الجوية اليابانية (ANA) بأن المطار يُستخدم أساسًا كموقف للطائرات وأعمال صيانة، مشيرةً إلى أن الناس يسافرون إلى وجهاتهم، لا إلى المطارات. وتشير ويكيبيديا الإنجليزية، نقلاً عن ANA، إلى أن عدد المسافرين بلغ 5096 مسافرًا في عام 2018.

بدلاً من ذلك، تحولت بيجا إلى موقف للطائرات. تستخدمها شركة هاي فلاي منذ عام 2016 لأغراض ركن الطائرات والصيانة الدورية، كما اتخذتها مقراً لطائراتها من طراز إيرباص A380 من عام 2018 حتى 17 ديسمبر 2020. وافتتحت شركتها الشقيقة ميسا حظيرة صيانة بتكلفة 30 مليون يورو في 12 يناير 2021. ومن شأن مصنع إمبراير A-29N المزمع إنشاؤه أن يضيف استخداماً صناعياً ثالثاً. أما بالنسبة للقوات الجوية، فالوضع هادئ في الغالب: إذ يحتفظ الجيش بالأولوية على المدرج، ونادراً ما يكون النشاط المدني كافياً للمنافسة.