El ejército colonial holandés comenzó a construir en Maospati alrededor de 1939, cuando las intenciones de Japón en Asia se hicieron evidentes. Wikipedia, basándose en la historia de la base indonesia Elang Tanah Air di Kaki Lawu, afirma que abrió sus puertas a finales de mayo de 1940 con 36 aeronaves en tres escuadrones. A partir del 1 de febrero de 1941, un escuadrón de cazas voló 13 Curtiss 75A-7 Hawks; a finales de 1941, dos escuadrones recibieron 17 interceptores Curtiss-Wright CW-21B, y seis Brewster Buffalos se utilizaron para entrenamiento. El comandante de la base, el capitán HJ van de Pool, murió durante la invasión japonesa.

La armada japonesa tomó Maospati el 8 de marzo de 1942. A diferencia de otros aeródromos javaneses, tuvo poca actividad aérea y se utilizó principalmente para almacenar repuestos. Tras la rendición, el aeródromo fue entregado el 27 de agosto de 1945 al jefe del distrito local y, el 5 de mayo de 1946, al cuartel general de la nueva fuerza aérea, con el médico y piloto Abdul Rahman Saleh como su primer comandante indonesio. El 4 de noviembre de 1960, recibió el nombre de Iswahjudi, un oficial de la fuerza aérea que falleció junto con Halim Perdanakusuma en un accidente aéreo en 1947.

Iswahjudi se convirtió en una base de primera línea durante la preparación de la Operación Trikora, la campaña para arrebatar Nueva Guinea Occidental a los Países Bajos. A partir de septiembre de 1957, la pista de aterrizaje fue reconstruida a 2350 por 60 metros, y las obras finalizaron en 1960, según el artículo de la Wikipedia en indonesio sobre el 14.º Escuadrón. Desde 1961, la base recibió los aviones más potentes que cualquier fuerza aérea del sudeste asiático poseía entonces: según Wikipedia, 12 bombarderos Tu-16, 12 Tu-16KS-1 armados con misiles antibuque y dos aviones de reconocimiento Tu-16R, operados por los escuadrones 41.º y 42.º.

El 14.º Escuadrón, formado en 1962 con MiG-21F, también llegó a Iswahjudi; su historia señala a Indonesia como el primer país fuera del Pacto de Varsovia en operar este tipo de avión. Después de 1965, el suministro soviético de repuestos cesó. Los Tu-16 fueron inmovilizados en tierra en 1969 y retirados en 1970, y los MiG-21 dejaron de operar ese mismo año.

El Nuevo Orden reconstruyó la fuerza de cazas con aeronaves occidentales. El 14.º Escuadrón voló aviones Avon Sabre de fabricación australiana desde 1974 y, a partir del 21 de abril de 1980, Northrop F-5E/F Tiger II, que mantuvo hasta el 25 de abril de 2017. En 1989, el 3.er Escuadrón recibió los primeros ocho F-16A y cuatro F-16B; el 14.º Escuadrón recibió posteriormente F-16C/D reacondicionados el 13 de octubre de 2022.

El día más conocido de la base fue el 3 de julio de 2003. El radar detectó cinco F/A-18 Hornet de la Armada estadounidense, procedentes del USS Carl Vinson, maniobrando cerca de la isla Bawean, en el mar de Java. Dos F-16B despegaron de Iswahjudi a las 17:02. Wikipedia, citando a la revista indonesia Angkasa, afirma que ambos bandos utilizaron interferencias electrónicas, que el F-16 líder fue fijado por el radar de un Hornet y que el enfrentamiento, de 18 minutos de duración, finalizó cuando el segundo F-16 movió sus alas y el líder estableció contacto por radio. Estados Unidos declaró que sus aeronaves se encontraban en aguas internacionales y que no habían infringido ninguna ley; Indonesia afirmó no haber recibido ninguna notificación y presentó una protesta.

Todos los pilotos de caza indonesios pasan ahora por Iswahjudi. Los KAI T-50i Golden Eagle del 15.º Escuadrón, entregados por primera vez en 2013, son los aviones de entrenamiento inicial para el F-16, el Sukhoi y el Rafale; ANTARA contabilizó 22 en julio de 2026, después de que se encargaran seis más en 2025. En julio de 2026, el Ministerio de Defensa también encargó 12 Leonardo M-346F Block 20, con entrega prevista a partir de 2030, para reforzar el entrenamiento de los pilotos de caza.

La base sigue siendo un centro operativo. Del 25 de octubre al 6 de noviembre de 2025, albergó el Entrenamiento de Ataque de Superficie Defensivo, que forma parte del Entrenamiento Orientado a la Misión de la fuerza aérea: los F-16 de los escuadrones 3.º y 14.º, los T-50 del 15.º y los Sukhoi procedentes del 11.º Escuadrón en Makassar entrenaron día y noche en ataques contra objetivos terrestres mientras se defendían de amenazas aéreas.