Het Nederlandse koloniale leger begon rond 1939 met de bouw van de basis in Maospati, toen de intenties van Japan in Azië duidelijk werden. Wikipedia, die zich baseert op de Indonesische basisgeschiedenis Elang Tanah Air di Kaki Lawu, meldt dat de basis eind mei 1940 werd geopend met 36 vliegtuigen verdeeld over drie squadrons. Vanaf 1 februari 1941 vloog een jachtvliegtuig squadron met 13 Curtiss 75A-7 Hawks; eind 1941 ontvingen twee squadrons 17 Curtiss-Wright CW-21B onderscheppingsvliegtuigen en werden zes Brewster Buffalos gebruikt voor training. De basiscommandant, kapitein HJ van de Pool, sneuvelde tijdens de Japanse invasie.

De Japanse marine veroverde Maospati op 8 maart 1942. In tegenstelling tot andere Javaanse vliegvelden werd er weinig gevlogen en diende het voornamelijk als opslagplaats voor reserveonderdelen. Na de overgave werd het vliegveld op 27 augustus 1945 overgedragen aan het lokale districtshoofd en op 5 mei 1946 aan het nieuwe hoofdkwartier van de luchtmacht, met de arts en piloot Abdul Rahman Saleh als eerste Indonesische commandant. Op 4 november 1960 kreeg het de naam Iswahjudi, naar een luchtmachtofficier die samen met Halim Perdanakusuma omkwam bij een vliegtuigongeluk in 1947.

Iswahjudi werd een frontliniebasis in de aanloop naar Operatie Trikora, de campagne om West-Nieuw-Guinea op Nederland te veroveren. Vanaf september 1957 werd de landingsbaan herbouwd tot 2350 bij 60 meter. De werkzaamheden werden in 1960 voltooid, volgens het Indonesische Wikipedia-artikel over het 14e Squadron. Vanaf 1961 ontving de basis de krachtigste vliegtuigen waarover een Zuidoost-Aziatische luchtmacht destijds beschikte: volgens Wikipedia 12 Tu-16 bommenwerpers, 12 Tu-16KS-1's bewapend met anti-scheepsraketten en twee Tu-16R verkenningsvliegtuigen, gevlogen door het 41e en 42e Squadron.

Het 14e Squadron, opgericht in 1962 met MiG-21F's, kwam ook naar Iswahjudi; volgens de geschiedenis was Indonesië het eerste land buiten het Warschaupact dat met dit type toestel vloog. Na 1965 stopte de Sovjetlevering van reserveonderdelen. De Tu-16's werden in 1969 aan de grond gehouden en in 1970 uit dienst genomen, en de MiG-21's verlieten de dienst in hetzelfde jaar.

De nieuwe orde herbouwde de gevechtsvloot met westerse vliegtuigen. Het 14e Squadron vloog vanaf 1974 met in Australië gebouwde Avon Sabres en vanaf 21 april 1980 met Northrop F-5E/F Tiger II's, die het tot 25 april 2017 in gebruik hield. In 1989 ontving het 3e Squadron de eerste acht F-16A's en vier F-16B's; het 14e Squadron volgde met gerenoveerde F-16C/D's op 13 oktober 2022.

De bekendste dag van de basis was 3 juli 2003. Radar had vijf F/A-18 Hornets van de Amerikaanse marine, afkomstig van de USS Carl Vinson, gevolgd die manoeuvreerden nabij het eiland Bawean in de Javazee. Twee F-16B's stegen om 17:02 uur op vanaf Iswahjudi; Wikipedia, die het Indonesische tijdschrift Angkasa citeert, meldt dat beide partijen elektronische jamming gebruikten, dat de leidende F-16 werd vergrendeld door de radar van een Hornet en dat het 18 minuten durende gevecht eindigde toen de tweede F-16 zijn vleugels bewoog en de leidende F-16 radiocontact maakte. De Verenigde Staten verklaarden dat hun vliegtuigen zich in internationale wateren bevonden en geen wet hadden overtreden; Indonesië zei geen kennisgeving te hebben ontvangen en protesteerde.

Tegenwoordig doorloopt elke Indonesische gevechtspiloot de Iswahjudi-opleiding. De KAI T-50i Golden Eagles van het 15e Squadron, waarvan de eerste in 2013 werd geleverd, dienen als opleiders voor de F-16, de Sukhoi en de Rafale; ANTARA telde er 22 in juli 2026, nadat er in 2025 nog zes waren besteld. In juli 2026 bestelde het ministerie van Defensie ook 12 Leonardo M-346F Block 20's, die vanaf 2030 in gebruik genomen moeten worden, ter versterking van de gevechtspilotenopleiding.

De basis blijft ook een operationeel knooppunt. Van 25 oktober tot 6 november 2025 vond er een training voor defensieve grondaanvallen plaats, onderdeel van de missiegerichte training van de luchtmacht: F-16's van het 3e en 14e squadron, T-50's van het 15e squadron en Sukhoi's, ingevlogen vanuit het 11e squadron in Makassar, trainden dag en nacht in aanvallen op gronddoelen en het afweren van luchtdreigingen.