O exército colonial holandês começou a construir em Maospati por volta de 1939, quando as intenções do Japão na Ásia se tornaram claras. A Wikipédia, baseando-se na história da base indonésia Elang Tanah Air di Kaki Lawu, afirma que ela foi inaugurada no final de maio de 1940 com 36 aeronaves em três esquadrões. A partir de 1º de fevereiro de 1941, um esquadrão de caças operou 13 Curtiss 75A-7 Hawks; no final de 1941, dois esquadrões receberam 17 interceptores Curtiss-Wright CW-21B, e seis Brewster Buffalos foram usados para treinamento. O comandante da base, Capitão H.J. van de Pool, foi morto durante a invasão japonesa.

A marinha japonesa tomou Maospati em 8 de março de 1942. Ao contrário de outros aeródromos javaneses, este teve pouca atividade aérea e foi usado principalmente para armazenar peças sobressalentes. Após a rendição, o campo foi entregue em 27 de agosto de 1945 ao chefe do distrito local e, em 5 de maio de 1946, ao quartel-general da nova força aérea, tendo o médico e piloto Abdul Rahman Saleh como seu primeiro comandante indonésio. Em 4 de novembro de 1960, recebeu o nome de Iswahjudi, em homenagem a um oficial da força aérea que morreu com Halim Perdanakusuma em um acidente aéreo em 1947.

Iswahjudi tornou-se uma base de linha de frente durante os preparativos para a Operação Trikora, a campanha para tomar a Nova Guiné Ocidental dos Países Baixos. A partir de setembro de 1957, a pista foi reconstruída para 2.350 por 60 metros, com as obras concluídas em 1960, de acordo com o artigo da Wikipédia em indonésio sobre o 14º Esquadrão. A partir de 1961, a base recebeu as aeronaves mais poderosas que qualquer força aérea do Sudeste Asiático possuía na época: segundo a Wikipédia, 12 bombardeiros Tu-16, 12 Tu-16KS-1 armados com mísseis antinavio e duas aeronaves de reconhecimento Tu-16R, operadas pelos 41º e 42º Esquadrões.

O 14º Esquadrão, formado em 1962 com MiG-21F, também chegou a Iswahjudi; sua história considera a Indonésia o primeiro país fora do Pacto de Varsóvia a operar esse modelo. Após 1965, o fornecimento soviético de peças de reposição foi interrompido. Os Tu-16 foram aterrados em 1969 e retirados de serviço em 1970, e os MiG-21 deixaram o serviço no mesmo ano.

A Nova Ordem reconstruiu a força de caças com aeronaves ocidentais. O 14º Esquadrão operou Avon Sabres de fabricação australiana a partir de 1974 e, a partir de 21 de abril de 1980, Northrop F-5E/F Tiger II, que manteve até 25 de abril de 2017. Em 1989, o 3º Esquadrão recebeu os primeiros oito F-16A e quatro F-16B; o 14º seguiu com F-16C/D reformados em 13 de outubro de 2022.

O dia mais memorável da base foi 3 de julho de 2003. O radar rastreou cinco caças F/A-18 Hornet da Marinha dos EUA, do porta-aviões USS Carl Vinson, manobrando perto da Ilha Bawean, no Mar de Java. Dois F-16B decolaram de Iswahjudi às 17h02; a Wikipédia, citando a revista indonésia Angkasa, afirma que ambos os lados usaram interferência eletrônica, que o F-16 líder foi atingido pelo radar de um Hornet e que o combate de 18 minutos terminou quando o segundo F-16 balançou as asas e o líder estabeleceu contato via rádio. Os Estados Unidos alegaram que suas aeronaves estavam em águas internacionais e não infringiram nenhuma lei; a Indonésia afirmou não ter recebido nenhuma notificação e protestou.

Todos os pilotos de caça indonésios agora passam por Iswahjudi. Os KAI T-50i Golden Eagles do 15º Esquadrão, entregues pela primeira vez em 2013, são os aviões de treinamento avançado para o F-16, o Sukhoi e o Rafale; a ANTARA contabilizou 22 unidades em julho de 2026, após a encomenda de mais seis em 2025. Em julho de 2026, o Ministério da Defesa também encomendou 12 Leonardo M-346F Block 20, com entrega prevista a partir de 2030, para reforçar o treinamento de pilotos de caça.

A base também continua sendo um centro operacional. De 25 de outubro a 6 de novembro de 2025, ela sediou o Treinamento de Ataque Defensivo de Superfície, parte do Treinamento Orientado à Missão da Força Aérea: F-16s dos 3º e 14º Esquadrões, T-50is do 15º e Sukhois vindos do 11º Esquadrão em Makassar treinaram dia e noite em ataques a alvos terrestres, enquanto se defendiam contra ameaças aéreas.