הרבה לפני שהייתה בסיס אווירי, פאלאנקרו הייתה חוות בקר לצד נהר מגדלנה, הכביש הישן של קולומביה לקריביים. על פי ויקיפדיה האנגלית, האסיינדה פאלאנקרו שימשה את חברת התעופה הקולומביאנית-גרמנית SCADTA כשדה תעופה משנת 1919, השנה בה חוק 126 יצר את התעופה הצבאית הקולומביאנית. מטוסים ימיים ולאחר מכן מטוסים יבשתיים עצרו כאן במסלול שחיבר את ברנקייה לפנים הארץ.

המלחמה עם פרו הפכה את האתר לבסיס צבאי. אזרחים וחיילים פרואנים כבשו את לטיסיה שעל האמזונס ב-1 בספטמבר 1932, וקולומביה, שהיו לה קומץ מטוסים ולא היו לה בסיסים ליד הגבול, רכשה מטוסים בחו"ל במהירות. ויקיפדיה אומרת שהממשלה בחרה בפאלאנקרו ב-1932 כבסיס צבאי מרכזי; הנשיא אנריקה אולאיה הררה חנך אותו ב-27 באוגוסט 1933 כשדה התעופה הלאומי של לה דוראדה. כאשר הסכסוך הסתיים, פורקו בסיסי האמזונס ואנשיהם נשלחו לבסיסים חדשים כמו טרס אסקינס, פאלאנקרו וסן חוסה דל גואביארה, על פי היסטוריית השירות של ויקיפדיה האנגלית.

פלנקרו הפך לבסיס מטוסי סילון בשנות ה-50. ויקיפדיה הספרדית מתעדת מפציצי A-26C Invader שהוקצו משנת 1955 ומטוסי קרב מדגם Canadair Sabre Mk 4 משנת 1956. קולומביה עברה למצב על-קולי בשנת 1972 עם שמונה עשר מטוסי Mirage 5, והסוג עדיין טס מפאלנקרו בשנת 2009: ב-15 במאי באותה שנה, Mirage 5 FAC 3031 לא הצליח להגיע לכאן, וטייסו נפלט.

אחריו הגיע הטייסת הישראלית, כפיר. קולומביה רכשה שנים עשר מטוסי כפיר C2 ישראליים לשעבר ומטוס TC2 אחד בשנים 1989–1990 ושדרגה אותם לתקן C7; בפברואר 2008 היא חתמה על חוזה של 24 מטוסים נוספים מדגם כפיר לשעבר, והצי טס כיום בשם כפיר C10/C12, הכינוי בו משתמשת אינפודפנסה. ויקיפדיה האנגלית מנתה 23 כפירים בשירות בשנת 2019. הם טסים על ידי טייסת הקרב Escuadrón de Combate 111 'Dardos', טייסת הקרב היחידה של קולומביה, והיו בשימוש נרחב בתקיפות קרקעיות נגד לוחמי הגרילה. סיום המטוס הוכרז על ידי הנשיא גוסטבו פטרו באפריל 2025, והראשון הוצא לגמלאות כשומר שער במאי 2025, אך אינפודפנסה דיווחה כי מטוסי כפיר C10/C12 טסו סיורים חמושים מעל צפון המדינה בהוראת הנשיא אבלרדו דה לה אספריאלה בספטמבר 2026.

ב-30 באוקטובר 2009 חתמו קולומביה וארצות הברית על הסכם משלים לשיתוף פעולה ביטחוני והגנה. בית המשפט החוקתי של קולומביה מפרט את המתקנים שפתח לאנשי צבא אמריקאים: בסיסי האוויר ג'רמן אולאנו מורנו בפאלנקרו, אלברטו פאוולס רודריגז במלאמבו ולואיס פרננדו גומז ניניו באפיאי, מבצרי הצבא טולמאידה ולרנדיה, ובסיסי הצי בקרטחנה ובבהיה מאלגה. דו"ח של שירות המחקר של הקונגרס האמריקאי משנת 2012 מציין כי העסקה, שאפשרה לחיילים אמריקאים להשתמש בשבעה מתקנים צבאיים, "הלהיטה עוד יותר" את נשיא ונצואלה, הוגו צ'אבס.

ההסכם לא שרד את הביקורת החוקתית הקולומביאנית בצורה זו. בפסק הדין Auto 288 מיום 17 באוגוסט 2010 (תיקים D-7964 ו-D-7965, בכתב האישום של השופט חורחה איוון פאלאסיו פאלאסיו), קבע בית המשפט החוקתי כי הטקסט יצר התחייבויות חדשות עבור קולומביה מעבר להסכמי שיתוף הפעולה של 1952, 1962 ו-1974, ולכן הוא אמנה, וכי לא יוכל להשפיע עד שיעבור את הביקורת האוטומטית של הקונגרס ובית המשפט. מה שעשו כוחות ארה"ב בפאלנקרו במסגרת הסכמים קודמים חורג מתחום פסיקת בית המשפט ואינו מתואר כאן.

קולומביה חתמה על 17 מטוסי גריפן של סאאב באמצע נובמבר 2025; אינפודיפנסה דיווחה על טקס החתימה ב-14 בנובמבר, יום השנה לחיל האוויר. סאאב הודיעה על החוזה ב-15 בנובמבר 2025 בשווי 3.1 מיליארד אירו עבור 15 מטוסי גריפן E חד-מושביים ושני מטוסי גריפן F דו-מושביים, שסופקו בין השנים 2026 ל-2032; אינפודיפנסה דיווחה על המחיר כ-1.402 מיליארד אירו ותיארה את כל 17 המטוסים כדגם E. כאן נעשה שימוש בנתוני סאאב.

פלנקרו יהיה ביתם. על פי אינפודיפנסה, חיל האוויר חתם על חוזה בשווי 1.49 מיליון דולר עם Consorcio ASA ב-31 בדצמבר 2025 עבור האנגר ראשי בן שתי קומות בשטח של 7,800 מ"ר עם שמונה עמדות חניה ושתי עמדות תיקונים, שמונה מקלטים מסוג בונקרים, בונקר תגובה עם ארבע עמדות מטוסים ותחנות צוות, מעבדת לוחמה אלקטרונית מדגם Gripen, מרכז אימונים טקטי בשטח של 1,650 מ"ר עם ארבעה סימולטורים, ו-35,410 מ"ר של סינר חדש. העבודה צפויה להסתיים עד ה-30 בנובמבר 2028.