1990年まで、バーレーンの空軍はリッファに拠点を置くヘリコプター部隊であり、1985年12月からはムハッラク国際空港からF-5タイガーIIが運用されていた。1987年のピースクラウン計画によるF-16ブロック40戦闘機12機の発注は、状況を大きく変えた。新型ジェット機には旅客機とは別の専用基地が必要となり、本島の南部の開けた場所に、長い滑走路と分散型シェルターを設置できるスペースが確保された。.

日付はバーレーン国防軍からの情報です。1990年5月28日、当時のバーレーン国防軍司令官で、現在のハマド・ビン・イサ・アル・ハリファ国王は、「設立の第一段階の完了後」にイサ空軍基地を視察し、F-16の就役を記念しました。F-16.netによると、最初の4機は5日前の1990年5月23日にバーレーン人パイロットによってバーレーンに到着しました。正式な開所式はその後行われ、1993年2月2日、基地の名前の由来となったイサ・ビン・サルマン・アル・ハリファ首長が、バーレーン国防軍の銀婚式記念式典中に基地を開所しました。.

すべての情報源が一致しているわけではない。GlobalSecurityによると、基地は1989年5月に最初のF-16が到着した直後に開設されたとされており、BDFやF-16.netの日付より1年早い。このページは公式発表に基づいている。建設費用については、確認できた情報源では見つかっていない。.

イラクは1990年8月にクウェートに侵攻したが、これは新基地が最初のジェット機を受領してから数週間後のことだった。ウィキペディアによると、1990年8月16日、第561戦術戦闘飛行隊のF-4Gワイルドウィーゼル24機がカリフォルニア州ジョージ空軍基地を出発し、シェイク・イサに向かった。同飛行隊は砂漠の嵐作戦で1,182回の戦闘出撃を行った。米海兵隊も後に続いた。第11海兵航空群はエル・トロからバーレーンに移動し、作戦地域内のすべての海兵隊のF/A-18、A-6E、EA-6B、KC-130航空機を指揮下に置いた。GlobalSecurityは、シェイク・イサの部隊の中にホーネットを装備したVMFA-333とイントルーダーを装備したVMA(AW)-533を挙げている。.

GlobalSecurityによると、F-4Gやホーネットからハリアー、KC-10空中給油機まで、米軍機は合計200機近く、約1万2000人の軍人が駐留しており、米海軍シービー部隊が駐機場を拡張したという。ウィキペディアによると、連合軍の一部の兵士はこの基地を「シェイキーズ・ピザ」と呼んでいた。.

バーレーン空軍は自国から戦闘に参加した。F-16.netによると、バーレーン空軍のF-16とF-5は1991年1月25日から防衛任務、翌日から攻撃任務に従事した。ウィキペディアの作戦に関する記事では、連合軍の戦闘序列にバーレーンのF-16が12機、F-5が12機記載されている。これらの数字はバーレーンと連合軍の記録であり、入手した資料にはバーレーンの損失は記録されていない。.

戦後、バーレーンはアメリカの駐留を正式なものとした。GlobalSecurityは1991年10月22日に締結された10年間の二国間協定を記録している。米国議会図書館の国別調査では、1992年に締結された防衛協力協定により米軍がバーレーンの軍事施設を使用できるようになったとされている。これら2つの記述は、同じ協定の異なる段階を記述している可能性があり、いずれも原文との照合は行われていない。.

イサは、イラク南部上空の飛行禁止区域を監視する米空軍遠征部隊の定期的な寄港地となった。GlobalSecurityによると、第366空軍遠征航空団は1997年9月24日から10月2日まで、F-15C 6機、F-15E 6機、F-16 10機、B-1B 2機、KC-135 2機を伴って同地に展開し、サザン・ウォッチ作戦で444回の出撃を行った。Wikipediaによると、同航空団は1998年に帰還した。.

ウィキペディアによると、2003年のイラク戦争中、シェイク・イサの第319航空遠征群は2003年6月4日に第384航空遠征群に改称され、9月3日に航空団となり、空中給油以外の任務はほとんど明らかにされずに2004年まで駐留した。2009年3月にはアフガニスタンでの作戦を支援するため、第379航空遠征航空団の分遣隊がイサに設置され、ウィキペディアは米国防総省の契約通知を引用して、2020年8月にKBRが基地運営支援を引き継いだと述べている。.

F-16.netによると、RBAF（ラゴス空軍）の第1戦闘航空団はイサに所在し、第1および第2戦術戦闘飛行隊はF-16C/Dブロック40を運用しており、第2飛行隊は機種転換訓練部隊も兼ねている。Wikipediaには、F-5E/FタイガーIIを運用する第6飛行隊と、第4飛行隊（T67ファイアフライ）と第5飛行隊（ホークMk 129）からなる訓練航空団が追加されている。BDF（ラゴス国防軍）は飛行隊ごとの機体番号を公表しておらず、ここにも記載されていない。.

2024年3月、最初の3機のF-16ブロック70（単座型F-16Cが2機、複座型F-16Dが1機）がサウスカロライナ州グリーンビルにあるロッキード・マーティンの工場を出発し、スペインのモロンを経由して輸送されたとThe War Zoneが報じた。これらは、いずれの空軍にも納入された同型機としては最初の機体であり、The War Zoneは後に、これらの機体がイサに到着したと伝えた。バーレーンは16機を発注している。.

2026年2月28日に米国とイスラエルがイランを攻撃したことから始まった戦争により、イランのミサイルとドローンがバーレーン上空に飛来した。2026年4月1日、バーレーン王立空軍のF-16Dブロック70がAIM-120とAIM-9Xでイランのドローン2機を撃墜した。これはブロック70にとって初の空対空撃墜であると、ザ・ウォー・ゾーンはロッキード・マーティンの情報として報じた。バーレーン国防軍は停戦までにミサイル194発とドローン515機を迎撃したと発表したが、この総数には地上配備型防空システムも含まれる。情報源からは、イランがイサ空軍基地自体を攻撃したという報告は得られていない。.