サン・イシドロ基地建設以前、ドミニカ共和国の軍用機は、1944年1月22日に開港したサントドミンゴのアンドリュース将軍飛行場から飛び立っていた（スペイン語版ウィキペディアによる）。その後、空軍は同飛行場の収容能力をはるかに超える規模にまで成長した。1947年のリオ条約締結後、米国はP-47Dサンダーボルト25機とAT-6練習機30機を供給し、1952年にはスウェーデンがヴァンパイア戦闘機25機と多数のP-51Dマスタングを売却した。1950年代半ばまでに、ウィキペディアによると約240機の航空機が保有されていた。.

新基地は1953年3月23日に開設され、プレジデンテ・トルヒーヨ空軍基地と名付けられた。全長2,134メートルのアスファルト舗装の滑走路は、03/21の方向で、当時のジェット機には十分な長さであり、現在も空軍の主要滑走路となっている。スペイン語版ウィキペディアによると、最大の飛行隊はトルヒーヨの息子ラムフィスにちなんで名付けられたという。基地の名前は独裁者の死とともに変わり、1961年5月30日にトルヒーヨが暗殺された後、サン・イシドロ基地と改名された。.

ブリタニカ百科事典は、1930年の軍事反乱で権力を掌握した陸軍将校トルヒーヨが、軍隊の指揮、家族による要職任命、そして政敵の暗殺によって31年間も権力を維持した経緯を詳述している。彼の名を冠した基地は、海外から雇った兵士で満たされており、彼が恐れていた亡命者による侵攻に対する防衛線であると同時に、その支配を支える重要な柱でもあった。.

1965年4月24日、改革派の将校と民間人が、失脚したフアン・ボッシュ大統領を復権させるために国立宮殿を占拠した際、保守派の軍部はサン・イシドロから応戦した。米国議会図書館の国別研究によると、エリアス・ウェシン・イ・ウェシン将軍率いる忠誠派は4月25日に戦車攻撃と爆撃で反撃したが、立憲派は首都を守り抜いた。.

英語版ウィキペディアには、共和派のP-51ムスタング4機が国立宮殿やその他の陣地を爆撃したこと、そして4月26日にP-51とヴァンパイア2機がサントドミンゴを機銃と20mm機関砲で掃射し、500ポンド爆弾を投下し、HVARロケット弾を発射したことが記載されている。ムスタング1機は地上機関銃で撃墜され、ウィキペディアではこれを戦闘で撃墜された最後のムスタングとしている。.

アメリカ合衆国は4月28日に介入した。ウィキペディアによると、第82空挺師団第3旅団は4月30日からサン・イシドロ空軍基地に着陸し、アメリカ議会図書館によると、最終的にアメリカ軍の総兵力は2万人に達した。ワシントンは、立憲派は共産主義者に支配されていると主張したが、立憲派は選挙で選ばれた政府を回復していると主張した。この基地は、1965年9月3日に暫定政府が樹立されて終結した介入の橋頭堡となった。.

1965年以降、空軍は規模を縮小した。ヴァンパイアは1974年に退役し、ムスタングは1984年にようやく退役したため、サン・イシドロ基地は軍用P-51の最後の拠点となった。ウィキペディアによると、最後の10機のうち9機は1988年にアメリカのコレクターに売却された。8機のA-37Bドラゴンフライは麻薬密輸機の追跡のため1984年に到着し、2001年に退役した。.

英語版ウィキペディアによると、1998年9月22日、ハリケーン・ジョージが基地を壊滅させた。再建により、1999年11月からENAER T-35Bピラン練習機が導入され、その後スーパー・トゥカノが導入された。最初の2機のA-29Bは2009年12月に納入され、8機すべてが2010年10月までに受領された。スペイン語版ウィキペディアによると、戦闘飛行隊「ドラゴネス」は2010年に再編成された。.

この基地は空軍の本部であり、その顔でもある。米南方軍によると、2024年2月20日、米国の臨時代理大使が1480万ドル以上のセスナ監視機をここに引き渡した。Infodefensaは、2024年3月から4機のレオナルドAW169ヘリコプターが到着し、2026年4月22日に基地近くで1機が損傷したが、負傷者は出なかったと報告している。2026年2月28日、空軍はサン・イシドロに情報局の新しい指揮統制センターを開設した。.

毎年2月、同基地では空軍創設記念式典が開催される。Zona Militarの報道によると、2025年2月10日から15日にかけて開催された第77回記念式典には、10カ国以上から集まったパラシュート降下競技選手による祭典に10万人以上の観客が集まった。確認した情報源によると、サン・イシドロ基地には外国の航空機は常駐していない。.